仍属之粮户，且有并无廒仓者矣。夫征完待兑，缓急听之，有司军民俱称省便。船到索兑，缓急听之，粮户军累殊不可胜矣。然欲征兑依期，无如恢复廒仓，坏者增修，缺者创建，责成管粮官于开征报竣。遍历各州县水次，亲验米色，合式者贮仓听兑，不则勿混收也。其交兑之日，但有军民争执，粮官秉公裁定，无偏低昂，以致激争偾事。如是，旗军无辞于粮户，而往返不致稽迟矣；一、善漕后。漕舟抵关，催攒者至此而穷。故于关、通两处，各额设剥舟，分属两部司综其事，然通剥不能敌关剥之半，且远出百里外，以迎数千里舟，安得不疲于奔命哉？故欲急疏重船之壅，无如分事任而严责成，不论地之远近，例之一剥再剥，但总论本年应剥漕粮若干，悉准剥舟之数，关通三七均分，各照应剥帮之数，起完而止。如稽迟冻阻，责有所归，或亦更弦易辙之一助也。”
十二月丁酉，南京太常寺少卿桂有根，再请修南京奉先殿。丙午，命押发远夷王丰肃等于广东，听归本国。先是远夷利玛窦，偕其徒庞迪峨入京，上嘉其向化之诚，予之饩廪。玛窦死，复给以葬地。而其徒日繁，踪迹亦复诡秘，王丰肃等在留都以天主教煽惑愚民，一时信徒甚众。又盖屋于洪武冈，造花园于孝陵卫寝殿前。南礼部特疏参之，南府、部、台、省合疏参之，北科道诸臣参之，故南科臣晏文辉有速赐处分之请。而迪峨等亦刊揭逞辩，千里之远，数日可达，人益疑丰肃等为佛郎机夷种。及文辉疏下，礼部复言：此辈左道惑众，止于摇铎鼓簧，倡夷狄之道于中国，是书所称蛮夷滑夏者也，此其关系在世道人心，为祸显而迟；但其各省盘踞，果尔神出鬼没，透中国之情形于海外，是书所称寇贼奸宄者也，此其关系在庙谟国是，为祸隐而大。阁臣亦力言之。有旨：“王丰肃等立教惑众，蓄谋叵测，可递送广东抚按，督令西归。其庞迪峨等，礼部曾言晓知历法，请与各官推演七政，且系向化来，亦令归还本国。”
四十五年四月丙寅，差御史史姚镛巡按淮、扬。
五月己卯，兵部署部事、左侍郎崔景荣复：“应天巡抚王应麟条议七款：一、议水营以制险夷。据称吴淞江，海道咽喉，三吴门户。其外有行泊沙，又属吴淞之门户。国初海运，特筑宝山，其山外有李家滨，新为海潮冲啮。议以吴淞水营把总移驻宝山，原设总练兵听其节制，水陆互应，内外协防。其上流稗草沙，仍拨游兵哨驻，轮月更代。出汛即以奇兵营官兵尽数替守；一、添水兵以备缓急。谓沿海地方，处处皆冲，而青村、南汇对峙羊山，倭夷乘风瞬息可至。青村向有军选六百名，南汇军选五百六十六名，划地分防，循塘拒守，足资捍卫。旧各有唬船三只，俱招民兵管驾。向因汰革民侠，止存船只，汛时则抽选锋三十六名驾驶，不习风涛，易至偾事。议于奇兵营不时调取合操；一、增船兵以壮敌忾。金山卫介于柘林、乍浦之间，为浙、直要冲，而本卫水营兵夫日渐汰减。现在沙船十五只，每只捕柁兵夫十八名；唬船十只，每只十四名。唬船差小，已难撑驾，而沙船尤藉以冲犁贼舟，堵拒倭寇者，兵少则驾驶尚不能前，何暇冲锋陷阵耶？查得海防旧例，每沙船一只，用兵夫二十五名，又有遇汛，则选军贴驾兵十名。军伍之说，有谓军不惯海，以应得月粮酌扣在官，另募壮勇，务足二十五额数，始堪实用；一、分汛地以便责成。先年，于吴淞总督标下，选奇兵一支，专令上下海洋。平时则巡缉盐盗，冲击大艧，有警则陷阵扼险，随敌堵剿。今议将奇兵部下船兵三百八十八名，除分发各营一百零二名外，尚存兵二百八十六名，沙船八只，每只现存兵二十五名；唬船五只，每只存兵十六名，余存六名，充为识字等项。汛时，调往稗草沙，该代游兵防守；汛毕，驻扎烂沙头汛地，督捕盐盗，仍与各水营轮番羊山哨守。是昔以正为奇，兹复变奇为正，惟调度责成，有裨戎务耳；一、更汛守以固内地。谓杨舍堡守备所分汛地，专守谷渎港，其堡外江中有平宁沙，例拨浙兵三十名守之。今渐长至三十余里，可为盗贼窟穴，而谷渎港日就淤塞，则险已移平宁矣。议将官兵专守平宁，以浙兵守谷渎港，则移易就险，诚为得策；一、集沙船以备缓急。沿海民多造沙船，始贾装运之利，继为通夷之谋，酿衅招尤，启彼叵测之大患，闽浙屡屡见告。今议藉其船以为冲突，藉其人以资捍御，编号立甲，刻字给由。无事听其内地贸易，有事收为海上折冲，诚官民两便至计。第禁例宜严，作何稽查盘验，以觉察奸宄，销弭患萌；一、革掾史以祛冗费。吴淞总镇衙门，旧有京拨掾史一名，日资廪饩，岁多犒赏，徒糜军实，宜议裁革。第掾史之为蠢，不独吴淞一处，其各镇之额设者，蚕食路将，剥削官军，营伍侧目，莫敢谁何。相应一体汰革，诚节冗祛蠹之一端也。”
四十六年正月乙酉，南京兵部等衙门尚书黄克缵等奏修筑浦口城工：“浦城筑于洪武四年，隶以五卫，贮以三仓，为南京保障。弘、正以来，水势侵啮，南城尽圮。今议依山补筑，只围应天卫及三仓在内，而龙虎、武德、横海三卫，移入三仓隙地。共计应筑城九百七十三丈，根脚挖阔七尺，深六尺，荒石四层，