然行远而渴，已自难支，至南旺复分其四以南迎淮，六以北赴卫，无昆仑之源，多尾闾之泄，能无疲于奔命哉？况此泉遇夏秋而涨，遇春冬而涸，遇雨而涨，遇无雨即夏秋而涸。先臣逆虞其不可恃也，乃于沿河陂泽，如所谓昭阳、南旺、马踏、蜀山，安山诸河设立斗门，名曰水柜。漕河水涨听其溢而潴之湖，漕河水消决其蓄而注之漕，积泄有法，盗决有罪。夫然后旱涝俱有恃而无恐，无奈法久禁弛，湖多旷土，人遂垂涎，其间昭阳一湖，已作藩田，其余诸湖，高亢处，半为势豪占种，其最洼下者，或有行潦，闸坝坍塌，地势淤浅，蓄得几许？所谓沟浍之盈涸耳，曾何济于运哉？而职司攒饷者，不过受事之初，督令修浚，下亦以空文应之。顷山东半年不雨，泉流几断，职按图而索水柜，管河府佐茫然也。乞敕总河抚臣，躬亲踏验，凡系先年济运各湖，清查归官；堤坝斗门，亟时修筑。处处蓄潴有余，漕臣不至遇旱而束手矣。”从之。
六月己未，巡抚应天都察院右副都御史王应麟奏：“臣待罪南都，封疆是任，民俗士风所宜申饬，乃不意一时有周玄暐、董其昌二事。玄暐之犯众怒也，以《泾林续纪》为之招，其子复倚势凌轹士民，故士民群起而合诉者五百余人。臣与学盐二臣，会疏上闻。及明旨逮问，臣恐怨毒既深，溃败决裂，仍严谕毋得乘机泄愤，擅为蹂躏。故就逮之日，曾无一人敢轻哗其室，此江南士庶所共睹也。其昌起家词林，素负时望，三月间，忽与生员范启宋并至苏州，互相告讦，方行批发。而其昌华亭之居，业于此时化为煨烬矣。海上之民易动难静，虽发于士子，而乱成于奸民，固不可与玄暐同日而语也。总之，臣望轻才劣，谬处于斯，有负任使。伏乞罢斥，以重纪纲。”上报云：周玄暐已有旨，董其昌事严查首从议处。王应麟照旧。后玄暐竟卒于狱。
七月戊子，礼科给事中余懋孳疏言辟异教，严海禁。大略谓：“自西洋利玛窦入贡，而中国复有天主之教，不意留都王丰肃、阳玛诺等煽惑百姓，不下万人。朔望朝拜，动以千计。夫通夷有禁，左道有禁，使其处南中者，夜聚晓散，效白莲，无为之尤，则左道之诛何可贷也。使其资往侦来，通濠境岙夷之谋，则通番之戮何可后也。故今日解散党类，严饬关津，诚防微之大计。”不报。壬辰，南直常、镇、淮、扬诸郡蝗；土鼠千万成群，夜衔尾渡江往南，络绎不绝者，几一月方止。
八月壬寅，南京兵部尚书黄克缵奏漕粮运丁之累。大略谓：“京卫运粮，船有定额，甲有编签，历年以来，通融掣补。卫军之避差，自万历十四年编丁始，有力之家暗通书役，改窜册籍，不为快丁，则为仓户；不为仓户，则为屯丁；日趋月避，仅鹑衣百结者数千人为运军，其中有狡谲无赖欲衣食于漕粮者，充为旗甲，一经签定，恣意横行，折干盗卖之弊，种种莫诘。以致贻累运官，镌职殒命，而所挂漕粮，计积万石。查万历二十二年，准户部咨开各卫军士，不分领运、操守、杂差及马船快丁，一概尽审，将有力先尽旗甲，次及别差等。臣今已清出窜丁计三千六百一十八名，悉听临运亲审佥点。伏乞申饬以后有仍窜名避役者，照纵放军人歇役律，从重究罪。庶漕运不致终累矣。”癸亥，工科给事中归于顾言：“臣，嘉定县，土田瘠埆，岁收曾不能当府属各邑之半。永乐间，巡抚周忱称土定税，以本县官布十九万匹，准米十九万石，内折色五万匹，所以宽民力也。后乃重折银，改布样，日朘月削，民已称累，然未尝搀入布花额内。至三十五年，户部尚书赵世卿以京军急缺冬衣，暂行挪处，遂将此项布牵合布花，载入考成。后久假相忘，直用布花各色督征矣。顷且令久逋于数年者，趋期于一旦，民以何应之。乞仍旧制，不列之布花项内，俾催科者得先后调停，不至竭泽，则邑民或少苏耳。”不报。
九月甲戌，应天溧阳等处水灾，江宁等处蝗蝻大起。
十月丁巳，巡漕御史梁州彦上漕河事宜：“一、修治黄、泇。自洳渠告成，岁避徐、沛之险，而不虞黄河之近废不复修，廷臣以为漕利，而不知漕终以此受病也。累年来一决狼矢，再决三山，复决塔山，璧马空沉，此塞彼溃。今岁狼矢又见告矣。以洑流涨发，高与堤齐，俯瞷徐城如累卵。决于南则灵、睢为壑，而泇、虞径泻；决于北则以泇为尾闾，运堤宛在水中，漕舟不能飞渡也。为今之计，宜议经久，使徐城不忧，建瓴泇岸，不为黄据。或于徐、灵一带护城旧堤，增卑培薄，缮治坚完，庶几不逢其害。或于直口递北运道，创筑堤岸，迤曲缕河而止，此堤既成，有裨牵挽，兼足为田庐屏障。不然旋塞旋决，民劳已甚，且浊流岁啮，泇底告淤，将无泇矣；一、修治东省以北漕河。漕艘遇洪，必按例具报，而过此则否，岂非以一入东省，便可顺流北趋耶？乃如汶、如济、如卫，昨岁既告胶浅，而今岁白河更甚矣。谓宜核泉湖之旧址，而勿为豪右所浸，疏卫河之淤塞，而勿为私闸所闭，浚白河之壅沙，而勿为浅夫所冒破。夏镇以北，其通行无碍乎！一、缮漕仓。始粮船过洪，原有定限，回空到迟，例有查参，然迟速之关，实于征兑系之。近闻米不贮之廒不仓，