不颓而无伤乎？然则高堰在，为高、宝之利小，而高堰决，则高、宝之害非大也。孰若明议而明开之，使之趋避乎？闻科臣张贞观勘议之时，高宝之民哄如聚讼，然试引高、宝士民有识者，至祖陵一寓目之，则孰重孰轻，有人心者，宜于此焉变也。”疏上。工部复奏，以事难悬度，今既遣科臣会勘，应并行酌议。上从之。壬戌，南京兵科给事中卢大中以地方失盗，参劾巡逻坐营官张天秩革任。因言武臣敢于坏法乱纪者，以革其管事，而不革其职衔。今日革之，明日即钻求进用，随革随补，故套牢不可破。请自今而后，武臣犯赃者，比照文职，终身不叙。兵部复奏，诏悉如议。甲子，户科给事中黄运泰言：“治河之策，当治下流。今日欲安祖陵，不得不泄淮水；欲泄淮水，不得不浚黄河下流，以杀其夺淮之势。倘黄河下流未泄，而遽开高堰、周桥以泄淮水，则淮流南下，黄必乘之。无论高、宝数郡尽为池沼，运道月河，势必冲溃，即淮水且终为黄所遏抑而壅如故。”大旨欲别寻五港口浚之，达灌口，以入于海。工部复请。诏令勘河、管河各官悉心会议。
七月丙戌，户部复：“南京兵科给事中卢大中条议京卫漕船四事：一曰、增修船之工价，以便责成；二曰、酌地方之轮兑，以均苦乐；三曰、立食粮之军单，以杜偏累；四曰、核空船之到数，以便修补。”报可。乙未，总督漕运尚书褚鈇奏漕政五事：一、早给修船，以苏军困；一、严核漂流，以杜假挽；一、严限起纳，以速回空；一、减造漕船，以省糜费；一、晒扬粮米，以杜争哄。户部如其言以请。皆报可。
八月甲辰，勘河给事中张企程奏：“兼程抵泗州，展谒祖陵。见长淮激湍，洪波汩流，诚有如御史牛应元所图上者。前此河不为陵患，自隆庆末年，高、宝、淮、扬告急，当事狃于目前，清口既淤，又筑高堰以避之，堤张福以束之，障全河之水与黄角胜，不虞其势不敌也。迨后甃石加筑，堙塞愈坚，举七十二溪之水汇于泗者，仅留数丈一口出之。出者什一，停者什九，河身日高流日壅，淮日益不得出，而潴蓄日益深，安得不倒流旁溢为陵、泗患乎？今论疏淮以安陵，有谓清口当辟；有谓高堰当决；有谓周家桥、武家墩当开；有谓高良涧、施家沟当浚。论疏黄以导淮，有谓腰铺可仍，有谓老黄河故道可复；有谓鲍、王二口可因；有谓王家坝、五港口可寻。顾淮水之涨，虽由高堰之筑，而工程浩巨，未可议废。且以屏捍高、宝、淮、扬，亦不可少。周家桥北去高堰五十里，有支河下接草子湖，若并未挑，三十余里大加开浚，一由金家湾入芒稻河，注之江；一由于婴沟入广洋湖，达之海。则淮水上流半有宜泄矣。武家墩南去高堰十五里，逼邻永济河，引水由窑湾闸出口，直达泾河，从射阳湖入海，则淮水下流半有归宿矣。此急救祖陵第一议也。”工部复议。诏：“作速疏浚，毋得推诿观望。”癸亥，直隶崇明县知县杨大成犯赃，论赎为民。
九月壬辰，勘河科臣张企程、总河杨一魁等议：欲分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄。盖以淮壅由于河身日高，河高由于海口不深，若上流既分，则下流日减。清河之口，淮无黄遏，则泗之积水自消，而祖陵永保无虞。总漕褚鈇以江北岁遭大祲，民力不堪大役，欲先泄淮而徐议分淮。工部谓：“导淮分黄，势实相须，不容偏废。宜将导淮分黄并疏浚海口等处工程，逐一举行。其中应工费，酌议动支，事完日分别劝惩。”悉报可。丙申，时，治河诸臣议稍异。河臣既欲分黄以导淮，而漕臣以黄家坝之役，工力重大，宜在所缓。御史牛应元折中其说，言：“治水犹治病，病有的证，药有缓急。淮、黄的证也，初因草湾之开，宣泄不利，遂致黄流上壅。继因黄梳之壅，遇涨逼阻，遂致淮流下决。寻因淮流下决，清口空隙，河水乘而上之，遂致有门限沙之势。至沙势堤防，淮壅而溃，为患遂滋。今欲为治标之图，则如漕臣言，导河南下，大破曲防，诸溃俱泄，势便而功甚易。若清口之壅如故，则病根原在。欲为治本之图，则如河臣言，分黄他避，淮流无侵，功大而利远。但水势之通塞难定，而交会之风脉有妨。若岁月不效，则受病无已。”科臣林熙春言：“河臣杨一魁业奉重托，科臣张企程业奉特遣，分黄勘议，业奉明旨，是河臣既身肩大役，原疏所请亦不过六十八万金而止，国家亦何靳于此。惟是蠲免不可不议，劝赉不可不先，侵克不可不禁，纪律不可不严。愿俯允河臣之请，以鼓亿兆之心。”工部两具复。上从之。
十月甲辰，以直隶长洲等十六州、县大罹水灾，准漕粮改折。丙午，蠲免江北被灾州、县自万历十四年起，至万历二十一年止，未完存留钱粮各有差。又准折被灾州、县漕粮各有差。仍清查各州、县备赈银米，酌量时势，分别赈济。戊申，南京四川道试御史陈瑄，旧令宝应，虑厨家桥既开，则必以高宝、邵伯为壑，运道、民产、盐场交受其害，上疏言之，语甚激。且言治水必先疏下流，自兴、盐迤东，如白涂河、石口、廖家港等处，条为数河，分门出海。然后从下而上，将清水口，子婴沟等处疏浚深广，使水有所容。又于瓜、仪多开闸口，以广分泄之路，庶免溃决