。迩年，渐为潮沙填塞。昔所舟楫，今皆褰裳可涉。又其甚则鞠为榛莽之区，夷为通行之径，以致潴泄无方，旱涝为害。中间虽尝修浚，不过具文塞责。是以前年大水，沃野千里，汇为巨浸，至蠲上供钱粮数十余万，所损不细。又苏、松虽设水利佥事，权任甚轻，不足谋事。兹欲兴建大役，为地方水利，乞特敕抚臣提督，选委府、州、县正佐分理相度，先浚支河，使足以达潮水之通流；筑修围岸，使足以御湍流之奔溃。然后举其水之大者，如浚白茅港，以达于江；浚刘河，以达于海。其七浦塘、梅林塘以及河渠潮荡诸水，凡为泥抄壅阏、茭芦沮洳、豪右侵没者，悉加检勘疏导。而又相度水势冲搏之所为板闸，以时启闭，使湖水不致停蓄，海潮得以流通。如人身血脉，去其壅滞，而精神得以流通宣畅，夫然后水旱无恐，而国家财赋有永赖也。其奉敕重臣，必俟工完，方许复命。经委府、州、县官，必待历有劳勚，始准别选。庶事有专责，人各尽力，无所规避。至于工役所需，或奏请赃罚事例银两，或借各府、县无碍官银，或仿宣德年间事例，设济农仓，编导河夫，征派银谷，各贮仓库，以备修治之费。”疏下工部议：“工费烦巨，江南当倭患后，财用殚竭，民力方在休息，骤劳之，未可。宜量浚支河，其大工俟储积赢羡举之。”报可。
四十三年二月癸亥，更定镇守江南，分守江北汛地。以江南属之总兵刘显，专驻吴淞；以江北属之副总兵王应麟，专驻狼山。各更敕书，并铸关防给之。
闰二月己卯，升南京都察院右都御史张舜臣为南京户部尚书。
四月戊子，命前府佥书、署都督佥事方恩允充总兵官，提督漕运、镇守淮安。
五月丁未，户、工二部复：“给事中赵格言，浒墅、扬州、推安等处关、厂各主事及委官干没之弊，乞严禁。”得旨：“榷务累经申饬，给有稽考文簿。所司玩视成风，往往入多报少。委用府佐，徒相比为奸，致亏国课。自今各差主事，有仍前纵肆者，尔部中及在外巡抚御史得通劾之，毋事姑息。”
八月壬申，以水灾免苏、松府属正官入觐。
九月庚子，巡抚凤阳右侍郎王廷、巡按御史朱纲以淮安大饥，奏留本府商税银给军。户都复议：“此系国家正课，但可暂借以纾目前。至于兴利补弊，计安永久，责在有司。今蒿莱之地不耕，流移之民不复，当事者徒闻束手仓皇，垂涎国课，甚无谓也。且营田招抚事宜，诏书具在，容臣等承制申饬之。”上以为然。因切责廷等，令其督率所属，相与实心经理，毋容旷职亏赋，渎扰朝廷。
十月癸酉，以海寇不靖，免淮、扬二府及通州、海门、如皋、宝应等州、县正官入觐。丙申，以淮安府马户逃亡，诏再蠲马赋三年。
十一月壬寅，升浙江左布政使刘望之为应天府府尹。
十二月丁丑，是岁，恤刑官所谳矜疑重囚，南直隶江北五十七人，诏减死戍边。甲申，右给事中杨霆，劾论巡抚应天都御史周如斗科取罚赎及纵弟受属官贿诸不职。下吏部，复言：“如斗昔按苏、松，名称籍甚。今偶罹訾议，非其志节殊也。盖昔当蠲赋之时，而今有督粮之责。安静则颂声易兴，严急则怨交作，所处之势使然耳。况科罚受贿皆风闻，无实证，不当遽议罢斥。”得旨：“令如斗视事如故。”
四十四年正月丙辰，巡按直隶御史温如璋条上备倭方略：“一、修城堡以防要害。苏、松滨海，倭夷出没，宜于川沙、吴淞之间，修复早寨旧城，以防嘉定、上海；刘家河港口更建小堡一所，七浦、白茆等处设水船旱栅，以防太仓诸泾。一、裁武冗以专职守。苏、松参将，宜复驻金山，团练诸军，守苏、松二府。其柘林把总，改驻崇明，统兵防守。金山游击，似为冗员，宜革；一、联修御以固防守。浙、直接境，不得互相推诿。宜将会哨兵船，通令督府，置立哨簿，委官稽查。在狼山、福山者远哨于崇明，而专守三沙一带；在松江、嘉兴者，远探于外洋，而会守独山一带。如江北船不至三沙，浙直兵船不会独山，皆以守备不设论罪。”疏下兵部，复如其议。惟裁武冗一事，仍行抚臣再议以闻。报可。
二月丁丑，巡按直隶御史温如璋条陈议处江南兵食三事：“一、品官优免太滥，诡寄日滋，今不必另定限制，惟仿十段锦册之法行之。其法算该力差、银差之数，总计十甲之田，派为定则。如一甲之田有余，则留以为二甲之用，不足则提二甲补之。剂量适均，轻重合一。乡宦免田，十年之内，止免一年。一年之内，止于本户。其余子户不许一概混滥；一、苏、松比年军兴之际，调兵增饷至四十三万。近岁海警稍息，节经议减，尚岁征银二十九万两有奇，民力不支。宜令抚、按官酌议汰减；一、苏、松、常、镇自嘉靖十六年以后，加派各项钱粮至四十七万八千余两，而工部料银不在此数。乞裁革，以复旧额。”事下户部言：“本部会派钱粮，俱照旧额，未有丝毫加增，独黄蜡、果品之数，加派四府，不过六千九百余两。今如璋所奏，乃至四十七万，不啻百倍，中