巴，南京监察御史任英言：“南京军士，常操不息，往往逃窜。宜照京营例，更番操习。”又言：“教场试用把总，不询平日才能，惟取一时武艺，多不得人。”兵部复奏：“番操事，近守备官议处未报；试用把总，宜行守备等官询访才行，兼取武艺。”上曰：“练习士马，国家重事。朕于严冬盛暑，已悯其劳而休息之。使复更番，恐益怠惰。其仍令常操，或遇风雨则免。余如议。”
十一月戊午，南京后军都督府掌府事、武安侯郑宏奏：“奉敕兼管新江口并督捕盐徒贼盗，获则解送巡江、巡按御史究问。但御史出巡，路远事繁，所送贼徒，淹禁日久。况新江口牢狱不固，难于监守。自今宜径送都察院收问。”刑部以其言为宜。如御史现居南京，或出巡不远，仍如敕旨解送。议上，从之。
成化十二年二月甲午，南京六科十三道各以南京正月阴霾蔽日，地震有声上言。诏曰：“南京根本重地，灾异之事，必有所自。君臣上下，务在同心修省。政事缺失，各衙门其即举行，毋仍玩愒，妨废职务。”
七月丙午，总督漕运、右副都御史李裕等奏：“新开扬州府白塔河，潮水往来，恐久而淤浅，宜下所司与瓜州、仪真诸河道，三年一浚。”又言：“江南孟渎河亦多淤浅，乞下巡抚、巡按等官勘验疏浚，以便漕运。”工部复奏，从之。辛亥，升巡抚山东左佥都御史牟俸为右副都御史巡抚苏、松等处。壬子，移置扬州府钞关于湾头。甲寅，增设直隶江都县留潮、通江二闸。庚午，南京监察御史崔廷圭言：“南京各卫仓，现贮小麦足给十余年，惟所贮布少，不足给赏，请暂以麦折布。”事下户部，以在京官军俸粮，每岁五月、十一月，麦多则全支，少则兼支。今南京兼支，但以四分、三分为率，是以麦积有余。请令以今年该赏军士布三匹者，内一匹折以麦一石；官吏人等十月份折俸布，每匹亦折与麦一石。自后每岁俱如在京例，务以麦全支两月，侯麦少，量数多寡兼支，勿令多积，致不可用。”从之。
十二月癸酉，南京礼部左侍郎倪谦升本部尚书。
十三年壬戌，开应天府六合县道会司。
二月丙子，命守备凤阳、宣城伯卫颖管南京后府事，协同大教场练兵，兼总操江。
四月丁未，工部奏：“南京十三道御史因灾异陈言，谓今岁雨雪，蚕丝必贵，欲节省一切赏赐，以苏民困。而南京给事中亦言，南京、苏州等处织造、买办宜暂停免。本部查自成化十二年正月起，至次年三月止，赏赐夷人等须纻丝三万七千五百五十八匹，天下司、府每年额造止该二万五千七百四十一匹，计所费已过一年额数之半，若更减免，恐国用不足。”命段匹既缺用，仍照旧造办。戊申，命都察院右都御史原杰改南京兵部尚书。丁巳，工部奏：“南京守备、参赞等官，会勘南京奉先殿大庖厨、库房、井亭等损坏，兴工修理，合用杉、楠等木，坐派苏、松等府买办。缘各处还派岁造段匹，既增数倍，又兼连年灾伤，材非土产，民不堪命。宜令民办一半，余于龙江、瓦屑二坝抽用。”从之。
五月丁卯朔，免淮安、扬州、徐州成化十二年夏税麦八万九千余石，秋粮十一万五千四百余石，丝两万五千余两，草十七万一千六百余包，凤阳等十八卫屯田子粒十七万四千二百余石，以是年水大故也。
七月癸酉，命南京前军都督府管府事、定襄伯郭嵩，专督操江。
八月辛亥，诏免淮、扬等府、州、县正官明年朝觐，从巡抚都御史李裕言，民被水灾，宜留正官赈济招抚之也。
丁巳，诏留巡盐御史雍泰抚恤两淮灶丁。时灶丁逃亡，多数盐课消乏，其存者又多单丁，有老死无妻者，以饥寒无倚，生育不继。泰为设法于正课外，劝借盐引赏银，官为给娶成室家者，凡二千余人，其未婚配者尚多。雍泰期满当代，巡抚副都御史李裕请复留一年，以毕其事，故特许之。
九月，淮水溢，淮安府所属诸州县坏官民屋舍，淹没人畜甚众。南京都察院奏：“守御南京浦于口都指挥李信，坐受所部殴杀人者赂，不发其事，罪当留减赎徒，不得管军、管事。”法司奏请如所拟。从之。
十月壬戌，命南京参赞机务、右都御史王恕兼巡江。
十二月丁巳，以水灾免直隶苏、松、常、镇四府并苏州、镇江二卫夏税子粒二十三万一千石有奇。
十四年正月癸未，以水灾免直隶苏州府秋粮。丁亥，守备南京城朱仪奏拟官军寒暑歇操条例，下兵部议。以每年俱于二月、八月起操，至五月、十一月大暑、大寒而操止。其歇操之时，仍十日一赴教场点视。从之。
二月己酉，敕南宁伯毛文往南京操江。丁巳，免直隶徐州所属县夏税小麦六万七千一百五十八石，夏丝折绢三千二十五匹，秋粮七万九千八百五十八石，并徐州两卫夏麦五千四百七十四石，秋粮豆二千七百三十六石有奇。以去年水灾故也。
三月丁卯，以南京参赞机