年秋粮。癸丑，复设苏、松、常、镇四府所属长洲等县劝农通判、县丞各一员。
十月庚申，增设淮安、扬州二府通判各一员，徐，邳、高邮等州判官各一员；宿迁、宝应、江都等县主簿各一员。
十二月甲申，命金吾右卫指挥佥事宋纲守备仪真。时署都指挥佥事都胜，自陈所统地广，综理不周。都御史胡拱辰举纲可任，从之。
十年二月己未，南京大雨雪伤麦。乙亥，户部奏，请行南京文武官以本色两月份支绢布。从之。
三月丙戌朔，免淮安等府及徐州所属去年夏税六万三千石有奇，丝二万一千三百余两。以水旱灾也。丁未，免南京旗手卫成化九年分子粒三万二千七百余石。以水灾故也。
四月甲子，南京协同守备、定西侯蒋琬奏：“比奉命总督操江，所统官军，永乐间初置八千。宣德间增至一万二千，調逃亡之余，止遗六千九百。天顺初，复调建阳卫官军五百，镇江卫官军七百，轮番操习，今俱散逸。乞令所司追补旧额。镇江军士素习水战，乞仍与建阳军士调用。”从之。丁丑，免淮安、扬州等府所属州县及两淮运司安丰等场、邳、寿、庐、扬四卫秋粮子粒米、豆、马草，以去秋水灾故也。
六月壬申，南京户部奏请会同内臣盘皇城各门仓粮。奉御梁鉴等与户部员外郎张顺会盘，过期不至，有误卫卒日食。成国公朱仪以闻。下南京刑部究治，请坐顺罪，而宥鉴等。上从其拟，仍命南京户部与盘各门仓粮，各委一官分理之。
闰六月庚子，命南京管操、武安侯郑宏代蒋琬，兼总操江。兵科右给事中章鉴等因言：“宏已掌南京后府事，兼管操备，今又令管操江，以一人而兼三事，且宏猷为勿著，不可兼任，宜举能者。”上谕：“郑宏管操，止是协同朱仪，以此就令兼管操江，不必更任。”
九月乙卯，免直隶苏、松、常、镇四府所属吴江等十四县并苏州卫秋粮子粒共四十三万四千六百石，马草一十六万九千八百九十余包。以水灾故也。癸亥，户部以淮安、徐州、临清诸水次京储借拨已尽，宜及时措置，以备不虞。遂定拟开中盐引随纳米麦则例。临清、广积二仓，两淮盐十万引，引粟米五斗，麦则五斗五升，淮安常盈仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米五斗，麦四斗五升；徐州广运仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米四斗，麦四斗五升。得旨，从之。
十月壬寅，守备仪真等处指挥佥事宋纲言：“仪真、扬州，高邮三卫及泰、通、兴化、盐城四所京操军士，每遇放班休息，有贩鬻私盐者，不预禁之，惧生他患。乞行巡按御史严加约束，军士有违及所司故纵、同谋者，具闻究治。”上是之。己酉，南京刑部、都察院会官审录死罪囚，总十有三人。其二人殴詈父母，余十一人以杀伤人及故纵强盗抵罪，情可矜疑者，俱具狱上请。诏以殴詈父母者罪恶深重，宜如律诛之，余悉减刑，充边军。
十一月甲子，守备南京、成国公朱仪等奏：“南京旗手等卫正军数少，故其余丁概应差役。今南京锦衣卫奏，以例不勾丁校尉、力士、厨役所遣子男并各卫、所丁多无用军余人等，令充其卫军役。故各卫余丁之无赖者，辄弃原役，诡作无用多丁，觊图粮赏。乞下所司处之。”于是兵部请移文稽核，自校尉、力士、厨役所遗子男之外，凡诸司舍余己告充锦衣卫军余者，俱还原卫补伍，不得滥收，仍究所收若已满千数，即寝其例。”报可。
十一年正月丁卯，应天府府丞白昂奏：“本府上元、江宁二县，每年拨人一百二十名于南京光禄寺养羊。缘地方卑湿，羊多死者，责民赌补甚艰。乞以见养及后该纳者，估价变卖，用羊之日，支给办买供应，如不足，令本府支给官钱补办。旧养羊之户，量存三四名，守视公廨，余悉放免当差。”从之。
二月壬午，改定淮安常盈仓所中盐课则例。先是，仓乏粮，开中推、浙等处盐共五十八万引。至是，户部以米价增贵，则例太高，奏请更之，两淮盐每引原拟粳粟米五斗，今减五升。
三月甲寅，敕南京吏部尚书崔恭参赞机务，仍理部事。
四月丁巳，增设南直隶泰、海二州、赣榆等三县劝农官。事凡裁减衙门及地广民众之处，各增一员，其余俱令现任及管河、管马官兼领。议上，从之。
五月己酉朔，免直隶镇江府秋粮五万四千八百余石、镇江卫屯田子粒五千二百余石，以水灾故也。辛未，免应天府之上元、江宁、句容、江浦、六合县去岁屯田子粒，以水灾故也。
六月壬午，增设应天府上元、溧阳、溧水三县主簿各一员。庚子，敕南京右都御史林聪，不妨院事，提督巡江并巡捕官军。
七月丙寅，命修理南京太庙。从南京守臣奏请也。辛未，免南京锦衣等十三卫屯田子粒四万二千五百七十余石，以去年水旱故也。
十月癸