其营为忠贞营。已而粮不继，降者稍稍散去。高氏十三部就食施州卫，其余郝摇旗、马进忠、王进才、张光翠、袁应第、牛万才、张先璧等十余营悉隶腾蛟麾下，军势颇振。然王内制于郑氏，不能出关相应援也（以上南疆绎史、榕城纪闻）。
十月，科臣刘中藻颁谕浙东鲁王，不受，张国维、熊汝霖等拒之也；自是闽、浙相水火矣。鲁行人张煌言自请使闽，从之。原任兵部侍中王期升、御史彭遇颽至行在，加期升总督衔、遇颽佥都御史。大学士路振飞、曾樱封还内传，谓遇颽依附马士英，期升在太湖奉朱盛征称通城王，派饷苛虐，不可用；王乃止。杨廷麟疏至，请王幸江右；何腾蛟请驻湖南，浙中诸将请如衢州。王以芝龙不足恃，欲出赣入楚倚腾蛟。会原任临清知州金堡朝行在，言腾蛟可倚，急宜弃闽幸楚；王大喜，即擢堡兵科给事中，决计由赣以赴长沙。遣大学士苏观生诣南安募兵。户部尚书何楷请告去。相传楷与芝龙不合去，至大田驿，忽夜数十人排户擒殴，去其左耳，未几死之（南疆绎史、小腆纪年、海东逸史、榕城纪闻）。
十一月甲午，类于上帝，以钓龙台为天坛。乙未，禋于太庙。丙午，禡于社稷。丁巳，以郑鸿逵为御营左先锋出浙江、郑彩为御营右先锋出江西，驾幸西郊行推毂礼。先期为坛，设先帝高皇帝位。王御翼善冠诣坛所，百官陪位，武臣戎服听事。王皮弁升坛拜谒，立于神位西、南面，御营先锋北西跪，兵部授钺，王东向揖之。赐饯，光禄寺授爵，御营先锋跪受爵。诫劳毕，谢恩出，率将士跪坛下。王甲冑誓师，乃鸣金鼓扬旌而出。当授钺时，风雨晦冥，大风陡起，坛上烛尽灭，神位皆仆；鸿逵出城，马蹶踣地，
者以为不祥。下诏亲行，以唐王聿钊、邓王鼎器监国，大学士曾樱协同芝龙留守。以吴震文为随营兵部侍郎、王觐光为随营户部侍郎，皆兼吏户礼三部事；张家玉、陈履贞为随营兵科，亦兼吏户礼三科事。命曹学佺修思宗实录，设兰台馆以处之（同上）。
清授张存仁浙江福建总督（贰臣传）。
十二月甲申，王戎服登舟，大学士何吾驺等随行。舟次芋江，五溪百姓壶浆迎者载道，皆赉以银牌。清佟养和、金声桓进剿福建，分兵攻南赣，败永宁王、罗川王、阁部黄道周等。壬寅，道周师至婺源溃，被执。南赣巡抚刘同升卒，命万元吉兼摄其事（南疆绎史、清世祖实录）。
是年，清遣内院洪承畴招抚江南、御史黄熙胤招抚福建，皆芝龙乡人（三藩纪事本末）。
二年（一六四六）正月己酉朔，唐王在建宁，不受朝贺，以三大罪自责，令百官皆戴罪从行。交趾、日本国皆遣使入贡。广东布政使汤来贺运饷十万由海道至，擢来贺户部右侍郎。马士英叩关求入朝，王数其罪，谕守关将士勿纳；士英七疏自理，终不许。鲁监国遣柯夏卿、曹维才来聘，王加夏卿兵部尚书、维才光禄寺少卿，手敕谓：『朕无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵。朕有祚士，终致于王。取浙东所用职官，同列朝籍，不分彼此』。寻遣佥都御史陆清源解饷十万犒浙东江防诸军，而浙中相传闽遣黄鸣骏来科浙中八府粮，盖士英、阮大铖构之也。方国安纵兵夺饷，杀清源（案系三月事），而闽、浙衅益深矣。熊开元罢，以苏观生兼吏兵二部尚书行在文渊阁大学士，出为经略，赐上方剑便宜行事；王御门，赐银印日「瞻奉南北山陵安集军民文武官」。召见泉州方士蔡鼎，授为军师（南疆绎史、海东逸史、小腆纪年）。
二月，马胫岭兵变，命路振飞至浦城安抚之。江楚迎王疏相继至。诏宽逆案之禁，王曰：『北京陷于东林、南都亡于魏党，厥罪维均。今中兴之初，嘉运綦新，附党诸臣，概予洗濯，以收后效』。擢堵胤锡右副都御史，巡抚湖广。丁亥，大雨雹，风霾昼黑，对面不相见。广西有僧自称弘光，召九乡科道议将迎请，廷臣曰：『即真弘光，甫经失国，有尊奉而无迎请』。已而有司审知其伪，下狱诛之。嘉亨俘至，下诸王议，废为庶人，以幽死；诛其臣顾奕、吴之琮、杨国威、张龙翼等（同上）。
太子少保、户部尚书、文渊阁大学士蒋德璟罢（残明宰相年表）。
柱国少保、吏部尚书兼文渊阁大学士路振飞赴浦城安抚兵变；七月督师安关，八月走泉州（同上）。
三月戊申朔，督师大学士黄道周殉节南京；王闻恸哭，辍朝，赠文明伯。王将出汀入赣，与湖南为声援；芝龙使军民数万人遮道号呼，拥驾不得行。芝龙因具表请回天兴，王不得已驻札延平。封成功为忠孝伯，挂招讨大将军印。以张肯堂为留守，旋加少保，总制浙直，给敕印便宜从事。辛未，清兵破吉安，郑彩弃广信，奔入关。
四月五日万寿节，不受贺。未几，抚州亦破。命礼臣追复建文年号，立方孝孺祠。先是，汀邵间有大帽山峒蛮最强，屡征不服，益宗永宁王慈炎诱之出降，以与清兵战屡捷，遂复抚州；清兵围之。郑彩屯广信府，永宁王请救；其监军给事中张家玉以三营往援，围暂解。已而复合，彩军溃，抚州遂破；永宁王死之，峒峦亦散。