天兴府、布政司为行殿、福州府为国子监；大赦，称号隆武。追尊皇考为皇帝、妣为皇后，遥上福王尊号曰圣安皇帝。鸿逵封定虏侯，寻晋定国公；芝龙封平虏侯，寻晋平国公；其弟芝豹封澄济伯，郑彩永胜伯；并赐号奉天翊运中兴宣力定难守正功臣。芝龙部将施天福武毅伯、洪旭忠振伯、林习山忠定伯、张进忠匡伯、陈辉忠靖伯，鸿逵部将陈豹忠勇侯、林察辅明侯。以黄道周为吏部尚书武英殿大学士，苏观生为吏部右侍郎兼东阁大学士，福建巡抚张肯堂为兵部尚书兼左都御史，何楷为户部尚书，四川按察使曹学佺为礼部尚书兼兰台馆学士，福建巡按御史吴春枝为兵部右侍郎兼右副都御史，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，黄锦为礼部右侍郎。闽设八巡抚。何吾驺、蒋德璟、黄景昉、朱继祚、林欲楫、姜曰广、吴甡、高弘图、路振飞、曾樱、郑三俊、熊开元、黄鸣俊、顾锡畴、陈子壮、林增志、李先春、陈洪谧、王锡衮、陈奇瑜等，皆遥授阁辅，戎车转侧至者数人。林增志、李先春先至，同入阁办事；然不令票旨，皆王亲为之。王性素俭，少遭患难；既即位，慨然以复仇雪耻为务，布衣蔬食，不御酒肉。敕司礼监：行宫不以金玉玩好陈设，器用磁锡；帏幄被褥皆布帛，绝无锦绣。后宫无嫔妃，御执事者三十人而已。中宫懿旨选女厨十人，王闻之，以为扰民，不许。勤于听政，批阅章奏，丙夜不休。上书陈言军国大事者，辄以手诏答之。素好读书，博通典故，手撰三诏与鲁监国书，群臣皆莫能及。重风节，重文学；收召名士，不次擢用。其志欲大有为于天下，而阨于时势。感路振飞旧恩，募能致者赏千金，给五品秩（残明宰辅年表、南疆绎史、明纪、清白士集、海上见闻录、榕城纪闻、三藩纪事本末、小腆纪年）。
六月，浙东张国维、朱大典、孙嘉绩、方逢年等迎鲁王监国绍兴。时浙西已降附，清兵方在江楚；吏部侍郎杨廷麟、兵部侍郎万元吉、国子祭酒刘同升等以义师往来捍御，克复吉安、临江等处。遂加廷麟兵部尚书兼东阁大学士，赐剑便宜从事；元吉副都御史，总督江西、湖广诸军；以同升为南赣巡抚。时唐王优礼郑氏，以闽事属之ｏ芝龙长子森入见，奇其表，赐国姓，改名成功，命提督禁旅，以驸马都尉体制从事。芝龙议陈战守事宜，自仙霞关外当守者计百余处，应设守兵若干。其战兵以今冬简练，明春出关，一出浙东、一出江右，计兵二十余万。合闽、粤饷不支一年，仍请于两税正供内米一石预借银一两，令群臣捐俸，劝绅士输助，察府县历年积榖银两未解者悉催赴行在，遣侍郎科道征发。吏部主事王兆熊兼御史督御饷急迫，不输者，榜其门曰「不义」；于是闾里骚然矣。芝龙又请清理寺田，可得饷八十万，王不听。户部侍郎李长蒨请广开事例，从之。无论厮养隶卒，皆得给札授官。犹苦饷不足，守关兵仅数百人，率疲癃不堪用。设储贤馆，定十二科取士，以苏观生领之；已而招徕者多挟邪士，王亦厌罢。王以盗贼之兴，皆由贪吏虐民，欲效高皇帝之法惩之。建阳知县沈■〈火豦〉贪酷被劾，特敕诛之，辅臣申救，不听；由是人稍知惧。廷臣日请出关，王屡戒征期，芝龙辄以饷绌为辞。会赐宴大臣，芝龙自以侯爵欲位首辅上，黄道周争以祖制武职无班文臣右者，终先道周，芝龙鞅鞅不悦。道周知芝龙无意视师，乃自请出关，号召义旅，且藉以联何腾蛟图恢复；王许之。请兵请饷，芝龙皆不应，仅给羸卒千人，赉一月饷，赍空敕数百道而行。时七月辛未也（南疆绎史、清史纪事本末、海上见闻录、小腆纪年）。
唐王隆武元年（一六四五）八月，幸大学。乙酉，颁祖训五十七条于阁部科道，大学士林欲楫率诸臣表谢。庚寅，命肃卤伯黄斌卿出镇舟山。命吴江诸生孙文中赍手敕召路振飞；及其至，拜太子太保、吏兵二部尚书、文渊阁大学士，官其子太平为兵部员外郎。壬辰，册曾妃为后，赠后父曾文彦为吉水伯。癸巳，行郊天礼于南郊，芝龙、鸿逵称疾不从，户部尚书何楷劾其无人臣礼，宜正厥罪；王喜楷敢言，命掌都察院事。命妇朝后于太和殿。邵武知府吴炆炜、推官朱健闻敌畏葸，弃城先逃，下狱诛。靖江王嘉亨僭号桂林，执巡抚瞿式耜幽之，两广总督丁魁楚遣总兵陈邦传往攻；封魁楚平粤伯，加式耜兵部侍郎。式耜得释，即令中军焦琏合邦传兵擒之，械送福州。行保甲法于天兴府。定锦衣卫军制，设中前后五所，每军百户曰一威所，八威所为一禁军。时兵事皆掌于郑氏，芝龙自知众论不平，不出关无以弭众，乃请以鸿逵为大元帅出浙东、彩为副元帅出江西；各拥兵数千，号数万。既出关，托候饷，仍驻不行。鸿逵驻仙阳镇，虑有上书言事者，严禁仙霞关不听四方儒人入。王檄催孔亟，不应。彩行百里而还，称饷缺，留如故。
九月，清兵取徽州。时李自成兵败，走九宫山，为村民鉏击以死，楚督何腾蛟以闻。其众无所归，推其兄子李锦为主，同自成后妻高氏、高弟一功等乞降；腾蛟与摄抚堵胤锡往受之，一时增兵数十万。王大喜告庙，进腾蛟大学士，封定兴伯；胤锡右副都御史，实授湖北巡抚，总制其军。降将皆授总兵官；赐李锦名赤心、一功名必正，高氏为贞义夫人，号