俾之诵读，将以陶镕其蛮性。而吴光亮亦撰化番俚言三十二条，缕缕数千言，饬通事时为讲解，俾之同化。至是又颁教条五教：一曰正朔，二曰恒业，三曰体制，四曰法度，五曰善行。五禁：一做飨，二仇杀，三争占，四佩带，五迁避。设番学堂于台北府治，择土目之弟而教之。一道同风，渐革顽陋。其不服者则移师讨之。剿抚并用，可谓能得其宜矣。
当开垦罩兰之时，移民日至，伐木治田，每遭番害。十一年四月，统领林朝栋率栋军三营，以郑以金为副，统领柳泰和亦率所部二营，进驻罩兰。遣人说苏鲁、马腊邦两社归顺，不从，且结东势角大湖各番以抗。五月，分兵三路而入，相持数月，地险不可攻。翌年七月，朝栋进兵陷围。报至，铭传自将麾下百名及兵勇屯丁大千五百人，大举以剿。番惧而窜。驻大营于埋伏坪，大隙、什只屋两山各建炮台，为合围计。然番每匿林中，以时狙击，死伤颇多。九月，进兵，捣其社，不见一人。归途遇覆，又损数百。于是戍兵三百五十名，以绝其道。番困无所得食，介老屋峨社土目请款。十月，始撤兵归。铭传以土目有功，授六品衔，改名白麻凤。先是屈尺番污来社亦每出杀人，十一年九月，统领刘朝佑率铭军三营讨之，番降。十二年春正月，大嵙崁番乱，铭传自将三营，至甘指坪，讨之。番惧乞降，颁以衣食而镇抚之。已而盍文坪之番叛。八月，甘指坪亦动，颇不受约束，乃议剿之。分兵两路，一自水流东以攻盍文坪，一自甘指坪而进竹头角。宜兴社土目纠合各社，竭力以抗。山路危峻，瘴毒盛，未易进兵，官军战病而没者数百人。相持四月，乃谕番约和，撤兵归。十月，巡道陈鸣志、统带镇海后军副将张兆连先后禀请，后山番社尚多未抚，南至卑南恒春，北抵苏澳奇莱，若由水尾适中之地，与前山彰化开通道路，联络声气，先抚后山中路，则南北望风向化。否则一抚之后，仍然隔绝，徒糜经费，难求实效。铭传从之。檄署台湾镇总兵章高元率炮队，并镇海中军前营、定字左营及练兵七百，附以人工，由集集开山而东。兆连由水尾而西，克期会办。高元乃自拔埔社而至丹社岭，计程一百二十有二里。兆连亦至，计程六十里。自冬徂春，一律开辟。当是时兆连以管带黄定国、毕宝印招抚水尾南北川、丁仔老二十有四社，次由花莲港至苏奇沿山一带，又抚他良等十有二社。兆连以太鲁阁，木瓜等势最强，若得内附，余番可服。乃率兵三营，进驻山口，劝其纳款，否则开炮以攻。土目惧乞抚，而大马鞍、大巴垄等五十有三社亦就抚。移军卑南，以次而进。平埔之南，以吕家旺为最强，恃其丁众，抗不奉命，附近各社多观望。兆连进兵山麓，命通事米清吉让之。土目知不敌，乃就抚，并约附近巴六凡等二十有六社妇化，而八栳等十有三社亦来。卑南与凤、恒地相毗连，危峰迭嶂，人迹不通，野番盘踞其间。其在凤山者以三条仑为大，在恒春者以牡丹湾为雄。兆连督凤山营都司蓝凤春、管带林维桢分道而进，招抚六仪等十有五社，阿眉等二十有二社，中心仑等四十有二社。管带黄定国、毕宝印亦抚大兰大、打腊等十有二社。地极深密，皆处山上，素不与人往来，至是乃出。先是铭传檄统带镇海前军副将陶茂森招抚凤山前山各番，于是沙摩溪等六社、柏叶等十八社、粪箕等四社均内附。当高元开山之时、自水底寮至埔裹社，沿途招抚北港、万雾等五大社、眉加腊、吻吻等四十有四小社。又自拔埔至丹社之时，亦抚卓大、意东等六十有一社。嘉、彰之交有番据焉；斗六门县丞陈世烈设抚垦局于云林坪，郡番、峦番、丹番等五十有三社均内附，薙发输诚。此为最悍之族，而跳梁于中路山谷者也。巡道陈鸣志檄镇标中军易豫俊以抚大喃等等三十有四社，又以游击刘智坤续抚大武ＬＬ、内攸等四社。唯新竹五指山番凭其险阻，颇不受约束，迭戕垦户，众请讨。十二月，铭传檄统领林朝栋自十八孩儿社以攻石加碌之南，营官郑有勤率副营攻其北，各以化番为道，深入七十余里，开路筑卡，以压迫之。石加碌五社及哇西熬等十有七社皆乞降，并抚密拿栳等二十有四社而归。十三年，铭传奏言：『臣自上年十月，亲督大队，剿怃中、北两路生番，归化后，现在数月之间，所有后山各路生番二百十八社，番丁五万余人，一律归化。前山各路续抚生番至二百六十余社，番丁薙发者三万八千余人。水尾、花莲港、云林、东势角等处，可垦水旱田数千万亩。不独开疆辟地，且可免民番仇杀之祸。皆朝廷威灵，远播遐荒，遂使深山幽谷茹毛饮血之类，咸知向化归仁，化狉獉而登衽席，实非臣所敢逆料。唯抚招愈多，经费愈巨。现已捐输截止，支绌异常。经饬各军仍回防所，筹划设官分治。俟有经费，再行续抚，以期全台生番一律归化』。
初，北港溪番就抚后，人民多往开垦。而林朝栋亦给垦内国姓、干溪湾、抽藤坑等处。锄耰并进，可辟田园数百甲。然阿冷、白毛两社番辄出杀人。朝栋止之，不听。请讨。八月，以兵二千五百分四道而入。扼要之地，各建炮台。番不敢出，伏丛莽以狙，颇多死伤。稍来社土目乃为斡旋，愿受约。十月，撤兵归，设隘于险，驻勇守之、是年埔裹社熟番、水社、田头、猫兰、沈