应募者与以便宜，日给口粮，人授地一甲，助以牛种农器。三年之后，始征其租。当是时闽粤之人多赴南洋，远至澳洲，谓万金可立致，故来者较少。恒春知县黄延昭禀言：『台湾开拓后山，于兹三年，生番渐次受抚，而招垦尚无成效。今大军分驻后山，需粮较多，粮价贵，输运甚难，宜广募农民，以开荒土』。从之。于是招集台人，假以农器，人月给口粮六两。垦成之地，三年免租，以为鼓励。然台东土地虽肥，瘴疠尚盛，居者多病没，故农功犹未大启也。
先是日军撤退之时，狮头社番乘虚出，戕杀兵民。元年二月，葆桢奏请进讨。以提督唐定奎统淮军，三路而入，别募乡勇千余为道，随山刊木。二十日，中军提督周志本、副营提督章高元深入其地，番伏险拒，未能进。二十二日，志本督所部，自南势湖而前，左岩右溪，径窄不易行。番五百余突起迎击，官军攀缘上，激战两时，乃败之。直捣草山，毁其社，阵斩十数级，副营左哨官游击束维清死焉。三月十七日，定奎进攻竹坑社，为狮头出入之道。以提督张光亮率武毅左军为中锋，左军游击陈有元、何迪华为左，右军副将宋先聘为右。又以武毅营总兵章高元、候补知府田勤生绕竹坑山后，以拊其背。殪番数十，遂破之。进攻龟纹。先聘军其巅，以绝接济。兼旬不雨，酷暑如蒸，光亮遂没，德成、高元亦病莫能兴。四月十五日，定奎自督各军，攻内狮头，连破其卡。龟纹以二百余人来援，遇伏而溃，斩其番酋之弟。而提督周志本率副将刘朝林以中军前营进攻外狮头，提督梁善明为左，总兵余光德为右，并进破之，各有斩获。番穷乞降，定奎计之，示以七约：曰还薙发，编户口，交凶犯，禁仇杀，立总目，垦番地，设社学。乃以龟纹社酋总土目，俾率其众。改竹坑社为永平，本武社为永福，草山社为永安，内外狮头社为内外永化。六月，班师归。勅建昭忠祠于凤山，祀将土。
是年北路统领罗大春通道奇莱，频与番战。至大南澳，番拒阻，辄杀行人。乃别辟一路，旁通新城，以避海滨悬崖，而阻凶番歧出之途。十一月，命千总冯安国率兵涉溪，番突出击，众可千人。官兵力战，殪其数人，乃退。官兵亦略有死伤。十五日，行至谷中，高山壁立，忽闻铳声，番大呼而至。屡战两时，番至愈多。守备黄明厚语国安曰：『彼倾众而来，其中必虚，可取之』。遂分一队捣其社，阒然无人，唯见髑髅满架，毁之。番见火起，如鸟兽散。千总吴金标亦沿途招抚木瓜、大巴垄等二十有九社，番丁一万七千七百十九人。木瓜最悍，以穷来归。乃以宣武左右两军，分戍东澳、大南澳、大浊水、得其黎、新城、加礼宛、花莲港、吴全城等，以备不虞。唯中路一队少遭番害而已。
二年，太鲁阁番乱、讨之。大鲁阁为台东野番，负其险阻，辄出杀人。大春进兵破其社。番伏山上，下巨石，幸少死伤。乃戍兵于三栈溪畔，曰顺安城，为久住计。番无可归，介通事乞降，许之。获凶首三人，戮于台北。三年，奇密社番杀总通事林东涯以叛。八月，统领吴光亮檄林福喜往讨，不克。乃自将，合孙开华、罗魁、林新吉之兵伐之，番降。约以明春各献米一担，至期果至。光亮命闭门，屠之，溅血声喧，死者百六十有五人，仅余五人幸免。自是遂弱。
红头屿在恒春海中，距县东八十里，土番居之，性驯良，牧羊山中，翦耳为志，无相争诈。地沃，多椰树，莳杂谷，渔畜为生。周可六十余里，山高至五、六十丈。有社七，错居四隅，男女不及千人。语言略似西洋，实莫测其所由。前时汉人曾与互市，然未隶版图。是年知县周有基率船政学生游学诗、汪乔年始至其地，抚之。又有火烧屿者，横直二十余里，与红头屿并峙，距卑南六十里，居民五百余人。商船避风，间有至者。
四年春正月，商人陈文礼至加礼宛垦田，为番所杀。营官命赎罪，不从，且杀兵丁，与竹篙宛番谋叛。报至，六月，陈得胜率新城之兵讨，不利。光亮自将，以张兆连自花莲港，刘风顺自吴全城，吴干初自六合庄，吴孝禄自农兵庄，刘国志自浊水营，进兵合剿。七月二十六日，攻竹篙宛，破之，乖势捣加礼宛。番不能支，窜于东角山。会大风雨，多饿死。老番乞降，许之。以酒布贾其地，东至加礼宛溪，西至山，南至荳兰，北至加礼宛山。凡荳兰溪以北为官地，南为番地，各事开垦，毋相侵凌。改加礼宛为佳落，竹篙宛为归化，番乃服命。十年，率芒社番乱，讨之。
法人之役，刘铭传视师台湾。及平，经画善后，奏言办防、练兵、清赋、抚番四事于台中，改台湾县为安平，置云林、苗栗两县，升台东厅为直隶州，基隆通判为北路抚民理番同知。十二年四月，铭传任巡抚，奏设台湾抚垦大臣，巡抚兼任；以在籍太仆寺正卿林维源为帮办，驻大嵙崁。分全台番地为三路，自埔裹社以北至宜兰为北路，以南至恒春为南路，台东一带为东路，置抚垦局及其分局。设番市司事，以理贸易，振兴茶、脑，充其经费。以是拓地日多，租税骤增，台湾局面为之一新。
初，开山之后，台东、埔裹社、恒春、凤山各开义塾，教番童，颁训番俚言，