早有见闻；此次奉旨饬查，李侍尧祗可诿为未经查访确实，及军务紧急之时未便将柴大纪参奏，以文其从前不即参奏之过。今据李侍尧奏到之折，果不出朕所料。李侍尧受朕厚恩，不意其扶同徇隐竟至于此！福康安于具奏之初，虽未将柴大纪实在款迹据实指参；而朕因福康安既有此奏，始向德成查询，是柴大纪贪劣各款得以逐细究出，尚由福康安发其端。至李侍尧调任闽浙已及一载，且驻札厦门，常接台湾地方官禀报，较之邻省传闻更为确切。既据称「到闽时，即风闻戍兵多有卖放私回之事」；何以不即据实查参？此何等事而可从缓办乎！至其纵令兵丁在外营生，甚至开赌窝娼、贩卖私盐，更出情理之外；而柴大纪所报现存戍兵止有七千余名，此外藉称伤亡失散，委无可查，更不成话！此等情节，李侍尧即因彼时军务紧急、柴大纪正在守城，未能遽行参办，亦应将其在任款迹密折奏闻；俾朕得早知情伪，则当其防守嘉义时，朕即怜其出力，亦不致破格加恩，屡膺懋赏。今柴大纪既迭荷殊恩，其贪劣款迹始节次败露；是台湾逆匪滋事，竟由柴大纪平日贪纵、废弛营务牟利，酿成如此重案。朕因此宵旰焦劳，筹办军务，经年尚未蒇事；而各省派调官兵、接济粮饷所费不赀，且地方百姓受贼戕害扰累者更不可胜计。设非朕留心询访，节次降旨令将柴大纪款迹查参，李侍尧必致始终缄默不言；最此等贪污酿变之人不但幸免重戾，且冒受渥恩。李侍尧瞻徇容隐之罪，尚复何辞！又，柴大纪经杨廷理诮让，始带兵出城。李侍尧既知柴大纪有如此恇怯畏贼情事，何难即向永福、杨廷理确切札询并将其在任各款一一访查得实；而折内尚称「其在盐埕桥打仗及克复诸罗县城最为出力，前此所闻又似难以尽信」，为之含混支吾，以掩饰其从前不及早参奏之非，岂能逃朕洞鉴乎！又据称：「柴大纪固守待援，不肯舍士民而出，实心服其为人」等语。前据福康安札知军机大臣，以柴大纪守御县城并非伊之力量，城中粮食并非断绝；其不肯出城一节，亦系义民等不肯将伊放出、伊亦畏贼不敢出城等语。是此次李侍尧所奏又有讹淆，更不得藉称柴大纪有守城微劳，竟置之不办也。着福康安即传永福、杨廷理二人面加询问，逐一根究；并着将柴大纪贪劣各款据实严参，候朕另降谕旨』。
又谕：『前此台湾贼匪攻扰嘉义时，经常青派令魏大斌、田蓝玉、蔡攀龙先后带兵前往援应，途中遇贼拦截，随征兵丁多有损失。又，贵林、杨起麟由盐水港、鹿仔草前赴嘉义，遇贼被害，所带兵丁俱为贼匪冲散。又，郝壮猷在凤山失事，驻守兵丁亦俱溃散，后又有陆续投出者。已节次谕令福康安、常青、李侍尧查明具奏。此等兵丁奉派随征及防守县城，一遇贼匪攻扰，即纷纷散失，绿营恇怯积习最为可恶！此内除自行投出外，其余散失兵丁，未必尽系被贼戕害；或临阵脱逃、潜匿不出，甚至投入贼党助贼抗拒官兵，皆所必有。自应严切查明，分别核办。计此旨到日，剿捕事务自当早已完竣；着福康安等即将前此屡次散失兵丁，除陆续投出外，实在阵亡者若干名？查明确数，交地方官上紧缉拏。其从贼之兵，情罪更重于从贼之民；拏获时，尤应从严办理。至福康安「攻克小半天」一折，系十二月十九日拜发，距今已逾一月；如尚未有擒获贼首信息，则是生番等狡犷性成，始终不肯将林爽文献出，福康安徒事招赏，殊属无益！昨已有旨令福康安等将各隘口之兵撤回，前赴南路将贼匪搜剿净尽；再移兵向北，擒拏逆首。计节次调派各省驻防绿营官兵并屯练降番及台湾额兵约有六万，即其中有伤亡损失者，存兵尚不下四、五万，足敷剿捕之用；即直进内山，亦何所虑！福康安择其精锐带往南路，随营剿贼；其鹿仔港、盐水港、鹿仔草各要隘处所，亦着派二、三千兵分投驻守。其余伤病残废之兵若概留该处，既不能得力，且须给与口食并转需人看守，殊属无益；着福康安等细加酌量，将此等无用之兵先行送回内地，既可以挑出冗兵，又可节减繁费。此旨到日已属二月中旬，该处气候已渐炎热，官兵在彼难以久驻；福康安等务须悉心筹划，设法赶办，毋又致师老力疲，蹈常青等之辙』。
二十五日（戊子），闽浙总督李侍尧奏：『据厦门同知刘嘉会禀称：「有船户林允瑞于十一日行抵厦门，据称于正月初五日在后垄妈祖庙亲见官兵将林爽文押解，装在木笼；问知官兵从内山拏获」等语。臣查此信既经该船户目击，必非妄传』。谕军机大臣曰：『林允瑞自后垄开驾，所供有拏获林爽文之处，又系得诸目睹，自必确实。前因福康安等攻破贼巢后，林爽文逃入内山，屡经降旨严饬。福康安等接奉谕旨，心怀愧惧，必将前次所赏宝石帽顶、四团龙褂敬谨收贮，不敢穿戴。今首逆业经擒获，虽为时未免稍迟，而办理尚属妥善；所有朕恩赏之顶戴自当接受。福康安等于拏获林爽文后，谅已遵照前旨带兵前赴南路擒捕庄大田，收复凤山。庄大田与林爽文同恶相济之犯，林爽文虽已就获，庄大田亦须生擒解京审办，方足以伸国宪而快人心。况林爽文已经就获，庄大田之势更孤，自易于擒捕。即使该犯逃入内山，亦无难带兵直入搜拏，并勒令生番等擒献。想福康安断不因拏获林爽文遽以为完事