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不期诏举明经，有司把他与高仲举都荐入京。程君楫授了四川岳池县教谕，高仲举授了试御史。仲举留京。程君楫自携了妻子到任。此时天子遭元鞑子搔扰，也都染了夷人风习。又是兵争之后，都尚武不尚文。这些生员都里递报充的，那个有意在文字上？他却不像如今的教官，只是收拜见，索节钱，全不理论正事的。日逐拘这些生员在斋房里，与他讲解，似村学究训蒙一般。有亲丧又与周给，加意作兴。还有一种奇处。他善能行遁法，每日在岳池与诸生讲谈，却又有时在朝邑与旧相知亲友议论，每晚当月白风清时，仍旧去观察天象。到了一夕，是洪武甲戍十月间，忽见荧惑星守在心度上，这荧惑星为执法之星，出则有兵，心度是天子正位。金火犯之，占为血光不止。火来守之，占为国无主。程君楫见了失惊道：“不好了，国家从此多事了。这不可不对朝廷说知，令他预防。”只见他夫人道：“天道渺茫，那可尽信。你又不是司天监，说甚么星象。”程教谕道：“这事众人不知，我独晓得，怎么不说？若得听信，免起干戈，岂不是南北生灵大幸。”即便上本道：“荧惑为蚩尤旗，所在兵兴，窃恐明年北方有暴兵起，乞固边防，饬武备，杜不虞，以安新祚。”本上，只见这些当国的道：“有这样狂生，妄言祸福。”又有几个心里皆在那厢要处置燕王的，疑心他来游说，即差官召他至京廷问，使命到来。其妻的道：“教你莫做声，果然今日惹出事来。”程教谕道：“何妨？我正要面阙一说。”其妻道：“你既去，我孤身也难回家，不若随你入京，看个下落。”两个一路到京，只见建文君责问他妄言惑众，要把他来处死。程教谕也不慌忙，叩头道：“小臣据所见直言，期圣上消弥，不意反见罪。今且囚臣，若明年不验，杀臣未晚。”建文仁慈之君，便命囚于刑部。可怜程教谕。
直声拟作朝阳凤，囊首嗟同槛内猿。
入得刑部来，这狱卒诈钱，日间把来锁在东厮侧边，秽污触鼻，夜间把来上了柙床。有几个捉猪儿，骂狗儿，摆布他要钱。有几个作好道：“程老爹也是体面中人，不可冲撞他。管狱老爹要见面钱，提控要纸笔钱，我们有些常例，料必晓得，料必拿来，难道肯爱几个钱，把身子吃苦？”又有几个来激的道：“他这些酸子官，拿得甚钱出，不过把身子与面皮捱捱吧。”做好做歹，甚是难听。及至程奶奶着人来望，送些饭来，这些狱卒见他不来使用，故意着牢中死囚都抢去吃了。正在难过，喜得高御史知道程教谕被监，恐怕狱中人难为他，便也着长班来吩咐狱官、狱卒，叫不许唣，又不时差人送饮食、衣服来与他，又知他夫人在京，也不时送与柴米，夫人又自做些针指，足以自给。
囚禁半年，不料永乐爷封为燕王在北平。因朝中齐尚书、黄太常虑诸王封国太大，兵权太重，要削他们封国，夺他们兵，废了周王、齐王，渐次及燕，以致起兵靖难，取了蓟州，破了居庸，攻下怀来，天下震动。其时朝廷差长兴侯耿炳文为将，督兵三十六万，前往征讨。高御史因上本道：“教谕程济，明于占候，谙于兵机，乞放他从军自效。”建文君准奏，即便差官召他入朝，升他为翰林院编修，充军师，护诸将北征。程编修谢了恩回家。夫妻相见，犹如梦中，各诉苦楚，共说高御史好处。正欲去拜谢，只见高御史已来拜，程编修即忙出见，谢他周给。高御史道：“这是朋友当然，何必称谢。但只是北方兵起，已如兄言，不知干戈几时可息。”程编修叹息道：“仁兄，小弟时观星象，旺气在北，南方将星暗汶无色，胜负正未可知。”高御史道：“以兄大才，借着帷幄，必能决胜，勿负国家。”程编修道：“知而不言，罪在小弟，言如不用，弟亦无如之何。”两个别了。这厢自听耿总兵择日出师，随军征讨，大兵直抵真定。程编修进见道：“敌兵虽屡胜，然人心尚未归，况辽东杨总兵，大宁刘总兵，各拥重兵，伺其肘腋，未敢轻动。公不若乘此兵威直抵北平，三面受敌，可以必胜”不知这耿总兵，长于守城，怯于迎战。且道自是宿将，耻听人调度，止将兵分屯河间、郑州、雄县等处，不料靖难兵乘中秋，我兵不备，袭破雄县，并取郑州，直攻真定，杀得耿总兵大败入城。朝中闻知，召回耿总兵，另用曹国公李景隆，不知这曹国公又是个膏粱子弟，不谙兵机，又且复谏自用，忮刻忌人。始初闻知耿总兵不听程编修，以致失律，便依他言语，乘靖难兵在大宁，乘虚攻他北平，及至都督瞿能攻破张掖门，反又恐他成功，传令候大兵同进。一夜之间，被燕兵把水淋了城上，冻得铁桶一般，如何攻打，军士们又日在雪中，冻得手足都僵，如何会战。那些靖难兵马都是北人，受惯寒苦，全不在心上。先是燕王提攻大宁兵来救，次后城中杀出，内外夹攻，景隆大败而走。后复战于白沟河，先胜后败，随走济南，被围三月。程编修与铁参政、盛统兵，出奇战却，内召还景隆，以盛庸为将，编修遂与景隆还京师。
四年正月，复与魏国公徐辉祖率师援山东，四月在齐眉山下大破靖难兵。魏国公与何总兵福，平总兵安，都议勒石纪功，建碑齐眉山下，以壮军威。碑上尽载当日总兵，