停江淮漕运。
六年二月丁亥，中军将军裕克广固，南燕主慕容超出走，追获之，送建康斩于市，齐地平。是月，广州刺史卢循反，破庐陵，长沙。三月，征中军将军裕还，江州刺史何无忌与卢循战于豫章，死之。
四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩，并州刺史刘道怜入卫京师。
四月癸未，裕至京师。
五月丙子，豫州刺史刘毅与卢循战于桑落洲，败绩。丙辰，尚书左仆射孟昶自杀，中领军谢混代之。
己未，大赦。乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，梁王珍之屯南掖门，寇军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯南岸，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门。裕使宁远将军索邈领鲜卑突骑千余，皆五色被练，自淮北至于新亭。使咨议参军刘粹辅子义隆，镇京口。卢循党徐道覆请于新亭至白石，焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“不如按兵待之。”裕登石头城望循军，初见引向新亭，顾左右失色，既而回泊蔡州，乃悦。于是众军转集。裕恐循侵轶，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、乐园、廷尉三垒，皆以兵守。刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，死亡十七八。丙寅至建康，待罪。裕慰勉，使知中外留事。毅乞自贬，诏为后将军。
卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言悉众自白石步上。裕留参军沈林子、徐赤特戍南岸，断查浦，戒令坚守勿动；裕及刘毅、诸葛长民北出拒之。庚辰，卢循焚查浦，至张侯桥，徐赤特将击之，林之曰：“不如守险以待大军。”赤特不从，遂出战；伏兵发，赤特大败，单舸走淮北。林子及将军刘钟据栅力战，朱龄石救之，乃退。循引精兵大上，至丹阳郡，裕帅诸军驰还石头，斩徐赤特，解甲，久之，乃出屯于南塘。
六月，以中军将军裕为太尉、中书监，加黄钺；裕受黄钺，余固辞。
七月庚申，卢循南遁。诏解严，裕治水军于东府。甲子，裕使辅国将军王仲德等帅众追卢循。
十月，裕帅兖州刺史刘藩等甫击卢循，以刘毅监太尉留府，后事皆委焉。癸巳，裕发建康。
十二月壬辰，太尉裕率诸将大破卢循于左里，遣刘藩等率轻军迫之。
七年正月己未，太尉裕还军京师，改授大将军，加班剑二十人。
四月，卢循投水死，交州刺史杜慧度斩其尸，传首京师。
七月，以刘道规为征西大将军，开府仪同三司。
是岁，并州刺史刘道怜为北徐州刺史，镇彭城。
八年正月，丹阳尹郗僧施迁，以刘穆之代之。
二月，以吴兴太守孔靖为尚书右仆射。
七月甲子，武陵王季度卒。庚子，征西大将军刘道规卒。
八月，皇后王氏崩。辛亥，高密王纯之卒。
九月癸酉，葬僖皇后于休平陵。己卯，太尉裕害兖州刺史刘藩，尚书左仆射谢混。庚辰，裕矫诏罪荆州刺史刘毅，大赦。遣王镇恶陷江陵，刘毅自杀。裕以豫州刺史诸葛长民监留事，以北徐州刺史刘道怜为兖、青二州刺史，镇京口。壬午，裕帅诸军事发建康。
十一月己卯，太尉裕至江陵。
十二月，加太尉裕太傅、扬州牧。吏部尚书谢裕领军将军。
九年二月乙丑，太尉裕至自江陵，潜入东府。
三月丙寅，裕害前将军诸葛长民。奏行大司马温庚戍土断制。于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者，不在断例。戊寅，加太尉裕镇西将军，豫州刺史。
四月壬戌，罢临沂，湖熟皇后脂泽田四十顷，以与贫人，弛湖池之禁。
七月，益州平。
十二月，安平王球之卒。是岁，高句丽、倭国及西南夷铜头大师献方物。移秣陵县于斗场桓社之地。
十年三月戊寅，地震。
是岁冬，城东府。（《建康实录》：会稽文孝王道子宅。谢安薨，道子领扬州刺史，于此理事，时人呼为东府。至是筑城，以东府为名。其城东北角，有灵秀山。）
十一年正月，裕以荆州刺史司马休之等贰于己，帅师伐之，休之等遁走。庚午，大赦。丁丑，以吏部尚书谢裕为尚书左仆射。辛巳，太尉裕发建康，以中军将军刘道怜监留府事，刘穆之兼右仆射，事无大小，皆决于穆之。又以高阳内史刘钟领石头戍事。
三月辛巳，淮陵王菹卒。壬午，有群盗数百，夜袭冶亭，京师震骇，刘钟讨平之。
五月，论平蜀功，封刘裕子义隆彭城公，朱龄石丰城公。丁未，加太尉裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝赞拜不名。晋陵之谢方明迁南郡相。