太尉玄使御史杜林防卫会稽王道子至安成，林承玄旨，鸩道子，杀之。
是月，曲赦广陵、彭城大逆已下。无麦禾，大饥。
二年正月乙卯，太尉玄自称大将军。丁巳，玄杀冀州刺史孙无终。
六月，加建威将军刘裕彭城内史。
八月，玄自号相国，加九锡，备典物，讽帝御前殿授之。殷仲文、卞范之劝大将军玄早受禅，以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒。
九月丙子，册玄为相国，总百揆，封宜都、南平等十郡为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有禅让，卿以为何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”谦喜曰：“卿谓之可，即可耳。”（按：此刘裕以欺媚桓谦，然亦见裕久蓄篡晋之志。）
十一月，诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庙神主于琅邪国，穆章何皇后，琅邪王皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。
十二月庚寅，玄筑坛于九井山北。壬辰，桓玄即皇帝位，大赦，改元永始；以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯，追尊父温为宣武皇帝。
桓玄筑别苑于冶城，移冶城寺僧出居太后寺，广起楼榭，飞阁复道，延属于宫城。
三年正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。玄以其祖彝以上名位不显，不复迫尊立庙。秘书监卞承之谓徐广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣!”
玄自即位，常不安。二月己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之惧，曰：“奴辈作矣!”
刘裕从徐、兖二州刺史桓修入庙。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有知鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可者；俟关河平定，然后别议之耳。”
二月乙卯，建威将军刘裕帅沛国刘毅、东海何忌起义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口、青州刺史桓弘于广陵，裕以刘穆之为主簿。丁巳，义师济江，刘裕率二州之众千七百人，军于竹里。
三月戊午朔，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落桥。玄使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中后将军卞范之屯覆舟山西。己耒，裕军食毕，进至覆舟山东。玄潜使殷仲文具舟于石头，帅亲信数千人出南掖门，西趋石头，与仲文等浮江南走。
玄遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏服裕。裕与刘毅等分为数队进突谦阵，裕以身先之，将士皆殊死战。时东北风急，因纵火焚之，烟炎熛天，谦等诸军大溃。庚午，刘裕置留台备百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事，假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉及子绥、司州刺史温详。丁卯，刘裕还镇东府。丙戌，密诏以幽逼于玄，万几虚旷，令武陵王遵依旧典称制，总万几，加侍中、大将军，惟桓一族不宥。
刘敬宣、司马休之自南燕南走至淮泗间，闻桓玄败，遂来归。
四月，武陵王入居东宫，内外毕敬，迁除百官称制书，教称令书。桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣等共击破之。
七月戊申，永安皇后何氏崩。
八月癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
九月，刁骋谋反，伏诛。刁氐素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之。
十月，刘裕自领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。
三月甲午，帝至自江陵。乙未，百官诣阙待罪，诏慰曰：“此非诸卿之过。”庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，诏曰：“朕以寡昧，遭家不造。逆臣桓玄，乘衅从慝，穷凶肆虐，滔天泯夏。诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨斯飧。若坠渊谷，未足斯譬。皇祚有晋，固纵英辅，镇军将军，青、徐二州刺史裕忠诚天发，神武命世。义声一唱，二溟波卷，英风振路，宸居清翳。冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈迭挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱，而宗庸命德，圣哲攸先。镇军可进位侍中、车骑将军、录尚书。毅进位左将军，无忌