官文等奏：筹定长江收税章程，请以洋茶捐改子税。金陵援贼大举攻曾国荃雨花台军营。己巳，允刘于浔留江南办防。庚午，李世宗击退南岸援贼。甲戌，谕赦被胁逃出难民，无籍可归者妥为安置，其甘心从贼者杀无赦。申严失守城池律。
七月己丑，钦差大臣、漕运总督袁甲三病免。命李续宜为钦差大臣督办军务，仍以吴棠署漕运总督。庚寅，李鸿章军克金山卫城，浦东肃清。丙申，李鸿章会洋兵克青浦。庚子，允冯子材请，简汰镇江军勇。是月，蠲缓江苏铜山等四县被扰新旧额赋。
八月戊午，常镇道李鹤年留毛昶熙军营。丙寅，还给洋人添设炮台经费。壬申，李鸿章奏：官军解北新泾之围，沪方肃清。甲戌，定镇江设关征洋税章程。乙亥，总署奏：遵议镇江设关。
闰八月戊子，以都兴阿查奏洋人在周家圩掳人、焚船，命总理各国事务衙门理论。庚子，谕江苏等省，来年新漕征收本色解京。辛丑，曾国藩请简大臣会剿军务。不许，仍慰勉之，并传旨存问军营疾疫将士。壬寅，命富明阿驰赴扬州，帮办都兴阿军务。己酉，总理各国事务衙门奏：俄国现派水师赴中国助剿。命曾国藩、薛焕等妥议。俄助剿不至，或有他说，并厚索饷需。请添拨购外国船炮银两。请饬沿海各口岸，遇有洋货商走私济匪，认真查拿，照会英国。
九月甲子，粤逆李秀成率党大举援金陵，谕曾国荃坚守。都兴阿奏：盘获通贼都司刘大彰，诛之。己巳，镇江官军平汤岗贼垒。庚午，粤逆李秀成大股援金陵，攻扑雨花台曾国荃军营。甲戌，李鸿章合英、法军复嘉定。允荷兰国立约通商，命薛焕、李鸿章妥办。乙亥，以总理各国事务衙门奏，谕曾国藩、文清、穆克德讷、耆龄、刘长佑、薛焕、李鸿章、左宗棠、徐宗干酌挑武弁在上海、宁波学习外国兵法，以备统带训练，不再令外国经管。常胜军如不听调，李鸿章派员接替。丁丑，谕曾国藩等预选将弁演习外国船炮。戊寅，总署奏：议定长江通商章程、税务章程，咨沿江督、抚查复。以总署奏购买外国船炮将到，谕官文、曾国藩酌留外国水手届时熟商。
十月辛巳，粤逆大股围扑南翔等处沪军营盘。甲申，曾国荃自闰八月十九日至是月初四日受攻四十六日，击援贼李秀成、李世贤等于雨花台一带，大破之。李鸿章为江苏巡抚。李鸿章奏：大破谭绍洸之众，四江口解围。壬辰，拨广东银十万两解镇江军饷。甲午，以李鸿章奏，谕外国带队之员毋庸另易服色。乙未，裁汰故洋将华尔所部兵勇。谕准俄国兵船在上海助剿，毋入江。乙巳，命督、抚各就地方情形妥议补兵制。黄翼升率水师剿贼于芦墟镇等处，进逼苏州。
十一月甲寅，命总兵吴全美接统水师，仍归曾国藩、都兴阿节制。归并江南、北粮台为一，责成许道身经理。丙辰，曾国茎军剿金陵援逆，大捷。庚申，金陵粤逆窜扰高资，冯子材军击退之。癸亥，广江苏泰州学额六名、通州五名。己巳，御史陈廷经奏请变通江苏等省武职升迁调补事宜。兵部议由巡抚办理。允之。辛未，允吴棠请，江北新漕仍征折色。丙子，允都兴阿请，运盐济饷。粤逆围浦口营盘。丁丑，薛焕、李鸿章筹办布国换约事宜，谕极为妥协，即迅速办理。
十二月戊寅朔，谕江、浙等处：被贼胁从于城池未下之先、诚心归顺者，无论从贼久暂，均一律准其投诚。其不愿随营者，即饬地方官递送回籍、妥为安插。谕曾国藩、唐训方拨军驻正阳关、寿州。辛巳，曾国藩、李鸿章奏：派李恒嵩会英国奥伦接统常胜军，归李鸿章调遣。癸未，催各省关将洋药税厘银解部。已亥，命江苏巡抚购商米二十万石运津。辛丑，贼目骆国忠等以常熟、昭文降于李鸿章军。癸卯，召薛焕来京，以李鸿章暂署通商大臣。
二年正月戊申朔，刘郇膏为江苏按察使。辛亥，允都兴阿请，裁撤水师旧船，资遣散勇。李鸿章奏总兵勒伯勒东进绍兴，死之。壬子，允曾国藩请，试造外国军火。癸丑，谕：金陵贼自拔来归者严禁屠戮。甲寅，谕曾国藩于内江水师、都兴阿于扬防水师人员内，保举堪膺海外水师之任。癸亥，申谕各省归并厘卡。乙丑，山东沂州贼匪窜匿江苏海州、赣榆，谕吴棠、谭廷襄防剿。是月，蠲缓江苏川沙等三十三厅县被扰新旧额赋杂课。
二月戊寅，以江苏缺米允李鸿章请，招商赴湖广、江北采购运京，免税。庚辰，金陵粤逆李秀成等大股渡江，官军败之。辛巳，催广东迅解镇江军营协饷。丙戌，设上海、广东同文馆。癸巳，冯子材败贼于镇江。甲午，常熟解围。癸卯，粤逆渡江陷江浦，谕都兴阿严防贼窜里下河。谕李鸿章治白齐文罪。乙巳，谕曾国藩饬李世忠迅复江浦。是月，蠲缓歉收江苏高邮等二十八州县厅暨淮安等四卫被灾、被扰新旧额赋。
三月癸丑，谕曾国藩统筹江北军务。丙辰，李鸿章军克福山，解常、昭围。潘鼎新为江苏常、镇、通、海道。癸亥，李世忠请从宽议胜保罪，谕令迅速立功。嗣后应陈事件仍禀明曾国藩核定。李鸿章等军克太仓。甲子，万启琛为江苏布政