逆所据不过海滨穷岛，波上游魂，势不能久。一旦绝其粮饷，阻其出没，遣发大兵，直捣巢穴，必致玉石俱焚，虽悔亦何及乎？其前次陷贼官兵及薪归人等，地方官问明来历，尽心安插，原有田产速行察给，即无田产亦设法周恤，务令得所。”辛丑，增设江南福山营千总一员，把总二员。癸卯，撤江南各省守催钱粮满官还京。
十一月辛亥，以王无咎为江南右布政使。壬子，裁江南下砂场副使一员，设松江府批验所大使一员。丙辰，江南荻港镇地裂水涌，溢陷民房百余家，溺男妇数百余口，覆没商船十余艘。丙寅，免海州本年荒地额赋。
十四年正月庚申，以卢慎言为江南按察使。
三月甲寅，江南、江西总督郎廷佐奏请舒江南三大困：“一、江南官多降调，为钱粮积欠多面考成严也。以数年之积逋，追征于一时，官有必去之念，民无慑服之心，为有司者，尚能力布皇仁耶？请将考成规则，去其降调之例，重不过革职戴罪，仍令在任，课其成功，自必安心治理矣；一、江南自八年至十三年，积欠钱粮四百余万，未必尽欠在民，或官吏侵蚀，或解役朋分，新旧牵混，上下朦胧。请以十四年为止，通将从前积欠，总令右布政使查其已解而无批回、被经承侵欺挪借者，及某官支用提取而不应开销者，注数请追，分为二册。若民间实欠，则又为一册，议定一年止征若干，示民知有应完之数。分路督催，责成各道，握总者为右布政使，按册而稽，专理旧欠。一切新粮，专责左布政使，则征新补旧之弊可除矣；一、江南为数省咽喉，商贾舟楫所聚，向因大军经过，封船载送，商民坐困。或谓禁封货船，但封空船，不知江河之内舍货船则空船无几，岂能载往还兵马乎？臣见江西已经造船备送兵马，江南亦可踵行，庶商困得苏，军机不误矣。”上以其言深切时弊，下所司详议。
五月癸亥，河道总督杨方兴引年乞休。上以其久任河督，勤练著劳，命以原官加太子太保致仕。
七月丙午，谕礼部：“江南省在明朝亦系直隶，故典试皆用词臣，今既改为省，以后着照浙江一体题差。”庚申，谕吏部：“总理河务，事关重大，必得其人，方能胜任。吏部右侍郎朱之锡气度端醇，才品勤敏，着升兵部尚书兼都察院右副都御史，总督河道，提督军务。”
九月辛丑，以亢得时为漕运总督。
十月癸酉，命都统赵布泰等驻防江宁。庚寅，加都督佥事、苏州总兵官梁化凤为都督同知，统率抽调各营一万名，改为水师，仍驻防崇明。两协设副将二员，各统水师二千名，驻防吴淞；游击六员，各统水师一千名，分泊崇明各沙，俱属梁化凤统辖。提督总兵马逢知专管陆师。裁苏州总兵官缺，从总督郎廷佐请也。
十一月癸亥，给事中阴应节参奏江南主考方犹等弊窦多端，榜发后，士子忿其不公，哭文庙、殴帘官，物议沸腾。其彰著者，如取中之方章钺系少詹事方拱乾第五子，悬成、亨咸，膏茂之弟，与犹联宗有素，乃乘机滋弊，冒滥贤书。请立赐提究严讯，以正国宪、重大典。得旨：“据奏，南闱情弊多端，物议沸腾，方犹等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方犹、钱开宗并同考试官并着革职，并中式举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐速行严察明白，将人犯拿解刑部。”
十五年二月庚午，御史上官鉝劾奏江南省同考官舒城县知县龚勋，出闱后被诸生所辱，事涉可疑；又中式举人程度渊者啧有烦言，情弊昭著。应详细磨勘以厘夙奸。得旨：“着严察逮讯。”丙申，礼部议复：“御史上官鉝奏，江南新榜举人啧有烦言，应照京闹事例，请皇上钦定试期，亲加复试，以核真伪。至直省士子云集闱务，不便久稽，其江南新科举人应停止会试。”从之。
三月庚戌，上亲复试丁酉科江南举人。遣卫贞元巡按江宁。戊午，谕礼部：“前因丁酉科江南中式举人情弊多端，物议沸腾，屡见参奏，朕是以亲加复试。今取得吴珂鸣三次试卷，文理独优，特准同今科会试中式举人一体殿试。其汪溥勋等七十四名，仍准作举人。史继佚、詹有望、潘之彪、洪济、黄枢、秦广之、陈遡潢、许允芳，张允昌、何亮功、何炳、曹汉、马振飞、朱扶上、万世俊、黄中、董粤固，韩揆策、谢金章、许凤、杨大鲲、周篆、沈鹏举、史爽等亦准作举人，罚停会试。二科方域、林大节、杨廷章、张文运、汪席、陈珍、华廷樾、顾元龄、刘师汉、夏允光、程牧、孙弓安、叶甲、孙长发等十四名，文理不通，俱着革去举人。”
五月戊申，谕户部：“年来钱粮匮乏，屡经会议，未能实济急需，皆由费用繁多，积弊未革。今惟再筹裁省，严剔弊端，乃可渐致充裕。在京各衙门官，有一缺而设数员者，半属闲冗。着各衙门将满、汉司官，自笔帖式以上俱开列员数、职掌，奏请裁定。在外文武各官，如有赘员亦量行裁减。各省于顺治元、二年间开报荒田甚多，连年虽屡奉清察，未见报明，其中岂无豪强隐占，官吏欺蒙，上