京锦衣卫等、各寺、监、局及神机、宿卫等军通共支米八十四万四千余，此南户部本色岁出入之确数也。以岁入之折色言，应、安、徽、宁等各处杂项银两，通共四十三万三千有奇，乃南京之公侯、府部等衙门，并锦衣卫、所等官吏支销通共该银四十四万四千有奇，此南京户部折色岁出入之确数也。总面计之，本色之出浮于入者，每岁约二十余万石，折色之入歉于出者，每岁约一万余两。况入数有逋欠，无加征；出数有岁增，无岁减。然则留都库帑，虽欲不日殚日匮，岂可得哉！臣前为本色计，请归楚赋；为折色计，求还漕折。今日夜思维，求所以裕入之孔，则积逋当追。查自天启元年至五年，各省、直拖欠折色共一百余万两，本色共八十余万石，容臣一并提催，务期通完，以纾燃眉。求所以清出之窦，则冗食当节。案查天启元年正月实支月粮官军，匠役人等止七万人．今增万人，一年便多支米八万石。留都旧制，有祖军，无募兵；有额粮，无增饷。历年经倭警虏氛，兵部操江，俱各募兵，另立奇兵一营，增额遂满六千，增饷岁需三万二千余两。夫增兵补伍，谁非根本至虑。第足兵先须足食，节流要在穷源，则今日讲求节缩，固臣部所急讲者。乃若以北分南之入，而入孔愈少；以南供北之出，而出孔益多。如辽折一项，臣又窃有请焉。南粮额派，原不甚充，纵令本色稍有赢余，亦听南部自折自用，成案可稽。迩因辽饷无措，搜括南粮，于是仓米改折既多，充饷愈穷。且楚中南解折色，该省并借供黔，五年以来几及十万。况近来织造孔棘，岁额倍增，辽折所留，尚苦不足于供。截长补短，剜肉医疮，此则臣部一段不可语人之苦情，今日不得不彻底吐露，以仰冀宽恩于君父也。”得旨，下部酌议。
九月庚午朔，南京总督粮储、户部右侍郎林宰以京仓积贮出浮于入，胪列救弊之法：“一、严部运，以免稽迟。旧例应解南粮，布政司官一员董其役。该府通判督所属州、县佐，依期赴京交纳，明旨昭然。今何废格也？藩司无论矣，府佐不行，而委之首领；县佐不行，而委之仓巡。至苏、松等处，直付之解户之手，半属豪奴揽棍，银米任其辗转朽腐以充数。逾年累月，无从究诘。乞敕各抚按今后起解南粮，总部必责府佐，分部必责县佐押运，依期交纳，违限严行参究；一、省转解，以免挪移。有司按会计催科于南粮，何尝宽免一分。顾民间之输将已完，州县之挪借百出，移甲供乙，久假不归，化为乌有。乞敕各省抚按，令委官立限，径行赴部交纳，以除转折停留之弊。仍严追实投批回查照，以防解官侵没之奸；一、贮改折，以备不虞。天启五、六年二月，例应大粮放银。前任部臣以库贮空虚，米价腾涌，改支本色，以济时艰。折色待八月补支，而今无有也，两月又多出米九十五万石，仓米安得不匮。臣愚以为如永折一项，自应归仓支用，其各省、卫、所追补未完米价银两，管库司官相应另贮，专备仓中之乏，不在别项支销。乞敕臣部，著为永例。”上命该部速复。壬申，淮、扬各府属，春夏旱蝗为灾，入秋霪雨连旬，河溢海啸。滨海之邑，如泰兴一县，海潮江浪，一夜骤涌，庐舍冲没，人民溺死者无算。总漕苏茂相具状乞赈。下其疏于部。己卯，升南京兵部右侍郎谢启元为本部左侍郎，巡抚应天。辛巳，升户部左侍郎靳于中为南京刑部尚书。癸未，应天府府丞祝以豳为应天府府尹。戊子，升南京光禄寺少卿陆梦祖为应天府府丞。辛卯，起升太常寺少卿李待问为都察院右佥都御史，总理粮储、军务，巡抚应天地方。
十二月壬戌，升总督两广、兵部右侍郎兼都察院右佥都御史商周祚为南京工部尚书。甲子，谕吏部：“淮扬道王化行、扬州府推官许其进，虽经升任，但地方应解钱粮及汪承爵等赃银俱在两臣任内，着照旧料理，完日方许离任。”
七年正月壬申，总督漕运郭尚友、巡按直隶宋祯汉勘报：“淮、扬、徐州等处州、县灾伤，议请漕粮改折。”戊子，盗入桃源县，劫库开狱，杀知县管九功家属三人、典史林天相家属一人，九功、天相仅以身免。总督漕运郭尚友疏闻。命失事捕官住俸严拿，仍查失囚、失银名数，分别参处。丙申，应天抚按毛一鹭、王珙，请建魏忠贤生祠于虎丘山普福胜地。得旨：“据奏，三吴灾沴频告，物力困于输将。厂臣虑周国计，心轸民艰，一应茶果铺垫等费悉行蠲免，机匠沾薄征之惠，供用无贻累之烦。该地方择胜建祠，尸祝以报，朕心嘉悦。其远年逋赋，除上供急需者照旧催解，余何项应免，该抚按还议妥具奏。”
二月辛丑，加南京户部右侍郎林宰为左侍郎，准回籍养亲。壬寅，应天抚按毛一鹭进追过吴养春赃银。得旨：“据奏，追过吴养春赃银一万一千两外，其代认赃银二十三万七百六十九两，郑一诚所领本银七万余两及估变本犯产业银两，俱着勒限严追，务足原题数目，作速解进，以助大工。如有徇情延缓，将该地方官参来处治。”壬子，升刑部右侍郎潘濬为南京刑部尚书。丙辰，户部复：“总督漕运郭尚友灾伤改折疏，分别被灾轻重，如海州、桃源，准折五分；徐州、邳州、清河、宿迁、睢宁、盐城、准折三分；泰州、砀山、