，其来已久。臣今会同内外守备，兵部、巡江御史设法招补，务足原额外，至所专辖水兵，上自芜湖、安庆、荻港，下至圌山，巡江八营，止兵四千七百有奇，大小船一百三十五只。臣挑选精壮，督修沙、唬、楼船，业有次第。该先臣朱洪漠题准，各兵散处江营，防守汛地，上下千五百里，增募标下家丁三百名，隶太平营，日夕操演，以中军环列都城。臣再招力能挥戈挽强三百二十余名，并旧兵共五百二十名训练。其粮饷于梁税兵饷内查给，令可尝继，仍监造铁甲及器械、营房，于巡江赎银设处。至镇江、瓜、仪、白龙庙等要害，亦宜增兵设将，以复旧额。”从之。丁亥，应天府府尹徐必达为南京右佥都御史，提督操江。丙申，升应天府丞郑璧为应天府尹。
十二月庚寅，命东宁伯焦梦能为南京协同守备；诚意伯刘荩臣为南京提督操江兼管巡江。
二年正月乙丑，改南京户部尚书魏养蒙为南京兵部尚书。
二月丁亥，南京巡视营务兼管巡仓御史谭锴以留都重地，绸缪宜周，条为六款：“一、修甲器。各军盔甲器械，朽敝已极，欲一一制造，工部空虚难办。今兵仗局贮有铁盔、铁甲、刀枪，铳炮等器，请容领出修理，无创造之费，而又坚利有用；一、增战马。请敕南京兵部差官于产马处所，选取二千匹，分给各营演习，以备驱策；一、增水兵。沙船、唬船虽称便捷，不堪乘风破浪。乞敕南京兵、工二部，比照圈山式样，造大战船三十只，并募惯习风涛水兵二千，庶不至望洋心怖；一、增教习。练兵必从教师指授，各营虽不乏人，犹存见少。宜增募数十人，平居用以教士，有事藉以冲锋；一、南粮勿复改折。南粮七十余万石，官军之命，胥悬于此。今以边警之故频议改折，致仓廪空虚。此后无轻议改折，庶根本重地可恃无恐；一、水兑勿骤更官。南米有仓收，有水兑，并分司监之。仓差三年，水兑仅三月，席未煖而担旋弛，弊窦相蒙，谁剔夙蠹。宜准仓差之例，积习可新，军民受福。”部复如议。戊子，遣御史林一柱巡按应天。乙未，改南京刑部尚书陈荐为南京户部尚书。
三月甲寅，差潘士良巡按苏、松。
四月壬申，李长庚任南京刑部尚书。
七月庚戌，应天府尹郑璧为时事多艰，陈列五款，亟收人心，以固邦本：一曰、免加派，二曰、禁朘削，三曰、重教化，四曰、练民壮，五曰、时巡历。上可其奏，着该部看议来说。丁巳，升南京光禄寺少卿桑学夔为应天府府丞。辛酉，先是，织造李实以袍价不敷，疏参松江府知府张宗衡、同知杨姜俱各住俸。应天巡抚王象恒疏言：“李实虽参宗衡与姜，意本在臣。盖钱粮出纳，虽在府官，而总理在臣。皇上不督责臣，而薄罚二臣，臣何幸，而二臣何辜？乱激扬之令典，窃太阿之大权，无一可者，且当三空四尽之时，为用一缓二之计，此正二人苦心。于时苏州已解一万八千，松江已解五千矣，续发续解者尚在拮据络绎于途，而乃更蒙罚，则循良何足以措手足也。乞严谕李实，特为安静，勿旁生枝节，贻累地方。更将臣速赐罚处，以为不能承顺织造者之戒。”报已有旨。从御史易应昌议准，改折溧水县漕粮，他处不得为例。
八月辛巳，改兵部尚书王在晋为南京兵部尚书。
九月甲午，改南京户部尚书陈荐为南京吏部尚书。庚子，南京都察院掌院事、兵部尚书祁伯裕以衰病乞归。许之。改南京刑部尚书李长庚为南京户部尚书。升吏部左侍郎黄汝良为南京礼部尚书。
十月乙丑，升总督漕运、户部右侍郎李养正为南京刑部尚书。丙寅，遣河南道御史周邦基两淮巡盐。庚午，南京御史吕鹏云请练乡兵，命于本地处饷。乙酉，先是，嘉靖四十二年两淮巡盐御史徐爌，题设灶勇二千八百余名，分布三十场，以备倭警。承平日久，徒有其名。漕运总督李养正、巡盐御史房可壮以昔年白莲妖教先煽于扬，近闻滕之遗孽，焚劫至徐，则扬非无事之地。议欲改灶勇，另募壮丁二千，而以灶勇之饷饷之，设将立营，专司训练。部复，从之。
十二月癸未，改南京工部尚书何熊祥为南京吏部尚书。
三年二月己巳，升南京工部左侍郎张辅之为南京工部尚书。丙子，起升原任漕运总督、户部尚书李三才为南京户部尚书。
四月丁丑，以乏饷，裁冗员淮安府知事，训导各一员，邳州儒学训导一员，沭阳县县丞、山阳县河泊各一员。
六月丁亥，遣御史张文熙往苏、松巡按。
八月戊辰，巡视南京京营、吏科等衙门给事中等官姜习孔等条陈营务：“一言、南京各营皆有操场，独巡逻营无之。宜于御马场右偏空地建营厅，而前即小教场之余地，可作操场；一言、水兵弓矢之操，必于陆地。水兵营救场坐落定淮门，沿江原系民田，每年各兵醵还租银，时有争执，兼地连沮泇，入夏潮涨，一望汪洋。各衙门阅操，暂借关庙前发放，每年亦纳地租。如欲比艺，又率而之六营，营垒无定，奔走不遑。该营原有赎房