部原题每三年之中岁考两遍，文章行谊，严为进退。并禁府、州、县收拜门生，及纵容生员出入公门，禀嘱公事。如遇有纠众生事等项，不分多寡，轻则革锢，重则问遣，合学停科，一如前法。上俱允行之，仍命巡抚驻苏州，以资弹压。
四月庚寅，工部以河工急需，请于南京兵部总库动支二十万两；淮、扬马价一十万两。兵部疏议，陪京备用，亦属吃紧，不得已酌动十五万，先后给发。兵部复请，从之。
五月戊寅，原任川贵总督李化龙辞总河新命。上不允，以河工甚急，令速赴任。
七月辛酉，苏州知府周一梧，为生员鼓噪杜门，允其致仕。
九月戊辰，工部复：“直隶巡按杨廷筠疏，南直各卫所漕船，自永乐年间，成造于淮安清江厂，万历十三年，偶以总漕王廷瞻等建议，改造于龙江关。积习日久，奸弊丛生，仍归造于清江厂。今科臣祝世禄复欲改龙江关，殊多不便，莫若照旧于清江厂如式成造。”从之。兵部复：“应天巡抚曹时聘疏：一、议兵食。将选锋二百二十名及城操二百八十名，共五百名，不分汛期、汛毕，日加银一分。连前府兵、民壮共八百名，加以标下陆兵四百名，共一千二百名，增总操指挥一员，连旧设二员，分管划守。每员日给廪粮银一钱。又增哨官一员，共前三员，各日给银五分。应增粮饷，于嘉定县永折漕粮减存折银、常熟原编土兵银及清查各卫冗食、汰省苏州卫军储折银三项内支用；一、议将领。用游击将军，撰给传敕一道，苏州卫属及巡河、巡湖各官悉听节制；一、议纪律。将现在军兵逐一挑选，汰其老弱，易以精锐，编伍训练，申明约束，昼夜更番，与标兵一体操守；一、议射圃。将郡城之中废基一段，辟为射圃，缭以垣墙，树以门户，建造厅房，以便观射栖止；一、议赏罚。于每年终，通查各官有无捕获，课其勤惰，分别去留。坐营官职在督率，亦照此定议功罪。”上俱从之。
十月丁酉，户部复应天抚按蔬：“被灾六分以下吴县等各州、县漕粮，俱不准折。至于二十五年以前未完钱粮，被灾各州、县宽限缓征；二十六，七两年未完，姑准三十二年带征；其二十八、九年与三十年份，各未完钱粮，仍照数征解。母许藉口拖延。”
三十二年二月丙申，户部尚书赵世卿言：“近见苏松税监刘成疏乞轸念灾荒，稍宽商旅。奉旨：‘前有旨，米粮柴薪、民生日用之需，不许征税，以昭恤灾德意。这奏内苏、松四府税课六万，准照全折额课四万两解进。’夫刘成所奏者，原欲减米税于六万之半，而皇上所行者，犹欲酌征于四万之多，岂恻隐一念，貂珰尚自勃勃，顾如天好生而反有不然者。伏乞申一定之诏，察万民之隐，粮税照旧蠲停，原定额银概从减半。”疏入留中。己酉，河道总督李化龙题：“开泇分黄，两工并急。”上曰：“河工既急，所请钱粮，原经题允数内者，准就近借支，以济急用。其余令部议以闻。”
三月乙卯，户部尚书赵世卿言：“河工用乏，宜动支徐州分司库贮商税并漕米变价银四万四千三百三十八两协济。”从之。
四月庚戌，工部尚书姚继可题：“泇河业有成绪，泇成而漕可藉矣。至于黄河冲徙，鱼鳖丰、沛，若非因势利导，何以拯救元元。总兵议于坚城集以上开渠引河，而下流多通，复分六座楼、苑家楼二路，而水势多杀，既可以移丰、沛之患，又不至沼砀山之城，所事莫善于此。”
九月丙辰，升大理寺少卿李尧民为应天府府尹。戊辰，以南京刑部侍郎王基为南京户部尚书兼右副都御史，总督粮储。
十一月乙酉，升通政司左通政周孔教为都察院右佥都御史，巡抚应天地方，督理军储。
十二月己未，兵部言：“淮、徐南北咽喉。按臣目击灾黎愁苦之状，要将本部马价、草场租银二十八年以前议蠲，二十九年、三十年停，俟三十三年带征，三十一年照旧征解。合无量允自二十八年以前已征在官者，截数起解。拖欠在民者，准蠲六分，其应征四分并二十九年，三十年份钱粮，准候三十三年一齐带征完解。三十一年者，照旧征，庶寓宽恤于催科，而同库亦无告乏矣。”报可。
三十三年正月乙酉，总理河道、少保、兵部尚书、丁忧李化龙，奉旨查勘两年河工失事缘由：“大约三十二年之决，丰先单后。丰之失，失于巡守之不严；单之失，失于下埽之不早。而总之则三十一年苏家庄之决酿之也。苏庄之失，或谓先淤后决，或谓先决后淤，南直、山东交相推诿。第查新河放水数日，即有刘肃等口之溢，非下壅，胡遽有此？则开挑不如式之罪；南直任之；水已南行三月，因堤防不固，始有苏家庄之决，非上溃，胡为乎使然？则防护不如法之罪，山东任之。然而补苴多劳，陵、运无恙，功过亦有不相掩者。在事各官，除黜降物故不议外，现在郎中刘不息、参政来三聘、同知张执、刘崇正、计仲謇、知县戴一松相应分别罚治。而臣更有说者，年来缓于堤防，急于挑浚，及至堤坏水溢，尚不引咎于守堤之不力，而且委