毋得各持异议。
九月戊申，添设苏、松、常、镇四府兵船。丁巳，总河尚书杨一魁言：“今岁春间，吕粱二洪浅涸，皆归咎于黄河南徙。臣等设法疏导，河渠流通，漕艘既济。漕臣褚鈇谓，黄堌未塞，全河不来，非一劳永逸之计。臣忝当局岂虑不及此。臣入秋以来，自镇口涉浮桥，由小河历归仁，上泗陵，浮睢水，下徐溪，过夏、虞，抵黄垌，及砀山，详观形势。看得归仁在西北，泗州在东南，相距一百九十里，中隔重冈叠嶂，高逾归仁不啻数仞。况归仁之北有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟，小河口，泄入运河，势如建瓴。即无归仁，祖陵万无足虑也。浊河泥沙淤垫，高出地上，潦则溢，旱则浅。今曹、单河身阔一二百丈，深二三丈，尚不免于横流。徐、邳河身阔不满百丈，深不过丈余，徐州以西深者六七尺，浅者二三尺。而夏、永韩家道口、同家道口、宿州徐溪口，符离河等处，阔百丈余，深二三丈，避高就下，水之本性，河流已弃，自古难复。且往岁河水充盈，见稍利矣，而风波漂溺，镇口病淤，不可谓之非害。今岁河水微涩，见稍害矣，而安流无恙，岁运全完，不可谓之非利。乃议者在往年隐害言利，在今日隐利言害，无怪乎道谋之纷起也。查得正统年间，参将汤节议于徐吕洪、南吕各建闸座，节水通舟，行之有效。嘉靖二十年间，督治漕河侍郎王以旂复请建置。盖运河原不资黄河之水，山东诸泉，实运河命脉，是闸河乃先朝已试成规，今日济时要务也。宜仍复旧制，于镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸一座，以节宣汶、泗之水。况济，兖泉源已浚，用之不竭，而小浮桥、沂河口二水，又足以助之。更于镇口以西筑坝，以截黄河之水，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤口塞之患。过涨则听从由王山滚水坝分泄入姬材湖。盖资其利而去其害，实万全永赖之计也。”部复报可。
十月癸亥，张孟男为南京户部尚书。
十一月庚寅，操江、成山伯王允忠奏陈，于新江口营添设中营，枕藉江洋，拱护留都。部复，于戎务有裨。从之。乙卯，兵部复：给事中郑明选条议南都备倭六事：一、镇要地。令南京备倭佥书出镇京口；一、补水兵；一、复浦口城守；一、造战舰；一、勘伏场。旧有三十六处，年久为墟，宜查勘以为设伏张疑之地；一、安置新旧兵。报可。
十二月戊午，南京兵部尚书周世选、总漕尚书褚鈇，各以病累疏乞休，俱令回籍调理，痊可起用。
二十六年二月乙丑，以河道尚书杨一魁兼管漕运事务。其凤阳等处兼海防巡抚，便着吏部会推来看。从御史马从聘、杨光训、周孔教之议也。从聘言：河、漕一柄两操，矛盾互生。归一则有三便。光训言：河臣杨一魁，曾总漕著绩，宜令兼管，听其便宜。而先是孔教虑倭奴阑入淮、扬，南北断绝，河漕宜总一尚书。遗下衙门，即改为备倭巡抚。至是，工部复请，故有是命。癸酉，南京科臣奏称：“顷者，南京皇城端门外，拿获妖人宋四八，并简得指南书一囊，书中语多荒唐不经，狂逆不逊。昔所称鱼腹、白莲教，大都类此。方今倭蹂于海外，矿凿于区中，河溢于淮南，木采于陇西，民生枯竭，在在生心，何可复容此辈为之煽惑。乞敕行各省、直抚按官，重加禁饬，所在但有左道惑众者，密访严拿，毁其书板，不使流布民间。尤望皇上罢不急之秕政，收既散之人心，撤矿役，散矿徒，使各安其业，各重其生，绝盗之媒。若腹心内地无恙，即倭奴外讧，特皮毛疥癣之疾耳。”先是，南京守备太监获妖人以闻，上命未获人犯，严拿究问。至是，科臣疏入，不报。
六月甲戌，升耿定力为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。丙子，起曾同亨为南京吏部尚书，刘秉星工部左侍郎兼都察院右佥都御史、总理河道、提督军务兼管漕运。己卯，起周世选为南京兵部尚书。
七月丙戌，诏操江、应天、浙江、江西、湖广各巡抚，遇江、淮、扬有倭警，咨到驰援。浙、直有警，亦如之。从凤阳巡抚李志请也。壬子，升陈惟芝为右佥都御史、总理粮储、提督军务、巡抚应天等处。
八月壬戌，工部题复：“总理河漕、尚书杨一魁疏：‘今日之可虑者，不在漕而在河。盖黄河决徙尚无归着，既南忧其淤而不能受，又北忧其来而无所容。势当广挑故道，以为容受之区。’与巡漕御史杨光训请复故道所见略同。至目前为新运计，有徐洪以下二三浅处，或就浅捞浚，或增添月河，更将吕洪、沙枋两处正河筑坝，用闸节水，以便经行。则汶、泗、沂、沟源泉微，吕、周、柳诸湖加之小浮桥源流之水，明春自足济运，不至嗷嗷仰给于黄流。而李吉口以下，浚治之工亦可从容料理，为万全永赖之计。其砀山五圣庙下流一带，中有浅滞处，亦宜量行疏浚。盖河流通则徐、邳不梗而漕利，商、虞不波而陵安，此一举三益之策也。至于查复徐、邳故道之说，果一劳可以永逸，即宜早为设处，以济新运。”上是其议。丙子，总河尚书杨一魁，奏请专设水利、屯田宪臣一员于砀山、安东等地方。下部议