该管河官率领守堤官夫，将各边堤加帮高厚，兼栽柳、苇，修葺闸坝。年终管河郎中会同该道核验开报。三年遣官一阅视；一、甃石堰以固要冲。高家堰近已筑塞成堤，体制高厚，既有桩板，以护其外，复设官夫，以严其防。然终不如石堤，更可永恃。宜于中间二十里低洼处，用石包砌。令徐、颍、海防三道均分道里，各派所属而董其成；一、浚闸河以利运艘。淮河一带，先年，平江伯陈瑄开凿时，原恐阻浅，创立里河，岁一挑浚。今狂流既息，积沙未除，外河日深，内河日浅，宜照南旺事例，三年两挑。挑期俱在通济闸筑填之后，动支岁修钱粮，多募夫役，限一月通完。至于扬、仪河道，亦应时常捞浅，以专责成，以防冲决。河水暴决，势在速治，今后遇有水涨暴发，非司道驻扎地方，该掌印官径自派募人夫，动支物料，多方防守。如水势异常，夫料不足，听其借支贮库别项银两，一面通详司道，一面便宜筑塞，不必拘泥关白而后行事；一、防徐北以固上流。徐北黄河，旧由萧县出小浮桥，河深近洪，能刷洪以深河，实利运道。嘉靖四十五年河决邵家口，出秦沟入运。秦沟河浅近闸，每积淤以塞河，实害运道。今幸复趋小浮桥，且议修筑行、缕二堤为之捍御。而邵家坝为秦沟旧口，亦宜倍加修理，以绝秦沟上流。然有堤不守，与无堤同。今徐北至单县界，见修坝堤长一百五十余里，而夫役止七百余名，其何能济？宜照徐南事例，每里补足十名；一、备积贮以裕经费。河道钱粮，山东、河南额派原多。南直河道起丰、沛，至淮、扬，延袤千有余里。淮以北则黄河汹涌，淮以南则湖水弥漫，葺修防守，费用浩繁。及查岁额，桩草银两仅二千有奇，加以连年灾殄，每岁征收不满数百，安能支持千里之河。宜从长计议，或河南、山东河道银两，或运司挑河盐银，或徐、淮各处钞税，或抚按赃罚，多方措处，每岁共凑银三千两为定额，解贮淮安府库，专备两河修守之费。”部臣酌议复请，上皆从之。己酉，裁淮、扬等府本色马匹，减新增一分二厘，仍旧四分，著为定例。从南京太仆寺卿萧廪所请也。癸亥，夺应天府府尹陈于陞职，因差官捕解脱逃故也。
四月壬申，以两淮各灶场饥，命该处按臣发运司贮济银一万二千两赈之。癸酉、江北等处连年饥馑，命支营田银一万五千两并各仓贮粟赈之。丙戌，降应天府府丞杨标为湖广左参议。
闰四月癸卯，升光禄寺卿傅孟春为南京都察院右佥都御史，提督操江。
五月己卯，户部因差主事侯世卿往管淮安府常盈仓，遂请照各边管粮例，将本仓及徐州等处管理主事，俱以三年为限，久任以便责成，从之。丁亥，总理河漕潘季驯奏复漕河旧规，六月初旬，于通济闸筑坝；九月初旬开坝。下所司知之。丁酉，改户部尚书、总督仓场汪宗伊为南京吏部尚书。都察院复：“山东抚按何起鸣、钱岱劾奏淮安知府宋伯华，违例驰驿。”得旨：“清查驿递，明旨禁敕，三令五申，为臣者乃不体朝廷德意，抗违明旨，玩法殃民，本当重治，姑宽处，宋伯华着降六级调用。”定江北积谷额数，淮安府一千五百石，扬州府一千八百石，著为令。
六月甲辰，以淮安府安东县田荒民逃，准改折漕粮，具于该府铸钱余利及军饷、商税并该县运军行、月粮等银抵解。其本色暂借修河漕米四千石，限三年后带征补还。丁未，夺南京工部尚书沈应时俸一年。以部差不奉行考核，为科臣傅作舟所纠也。辛酉，改潘季驯为南京兵部尚书。
七月庚午，升光禄寺少卿曹大野为应天府府丞。乙亥，升光禄寺少卿胡嘉谟为都察院右佥都御史，提督操江。甲申，苏、松水利御史林应训奏称，所属地方，复被水灾，议设法蠲赈。上以报灾请恤，乃地方抚按事。应训疏泄无功，又代请掩罪，命工部同该科会查以报。既而部、科以为地方水患，固人事未尽，亦天时适逢，宜宽之，以责后效。乃令之策励供职。
八月庚申，南直隶淮、扬等处水灾，诏准改折漕粮及停征岁额，以被灾轻重为差。从巡按御史陈用宾请也。
九月壬午，改南京刑部尚书何宽为南京吏部尚书。乙酉，升南京都察院右都御史陈瑞为南京刑部尚书。辛卯，南京府军并建阳等卫所屯田灾。命南京户部选委司官一员，同管屯御史亲诣查勘，将本年屯粮，以被灾重轻，递减其折银分数。
十月丁酉，应天巡抚孙光祐，请咨送朝鲜国飘流夷人梁成贵等二十余人，给与沿途应付，押还本国。从之。戊戌，南京户科给事中王蔚论劾南京工部主事陈春差往仪真贪纵状。上命锦衣卫逮春。辛丑，礼科给事中帅兰以淮、扬、苏、松等处饥，言民苦水灾，颠连万状。如有司失职，稗政尚多。征输之弊，未尽清也，书保之蠹，未尽祛也；追呼纷扰，未尽息也；罚赎滥科，未尽厘也。查盘滋索诈也，揭访纵仇恶也，供亿糜财货也。而讼讦则奸宄未杜，习俗则淫摩未惩也。此数弊者，其属于民之自戕者十一，而官之剥乎民者十九。宜行各抚按痛加修省，严督各州、县有司，着实振刷，其有害乎民者尽除之。章下所司。乙巳，应天抚臣孙光