后南京户、工二部将各行应办之料，量其多寡，少者先价后料，其多者，如合丝、红花之类，分为数次给价。庶各行无贷支之苦，而官府亦免侵渔之弊；一、戒取索以杜贪残。南京各行既有领价之难，搭货之损，各物料办齐，各监局官多立名色，以恣侵渔。今后一应进供物料，验中即便收纳。仍严约束库局官员并家人等役，有仍前放肆勒取常例者，准许科道官参究。”得旨允行。丁卯，改南京礼部尚书赵锦为南京吏部尚书。起原任太仆寺少卿辛自修为应天府丞。壬申，升刑部左侍郎陶承学为南京礼部尚书．丁丑，遇抚应天、都察院右副都御史胡执礼疏称：“三吴水利，工费浩繁，今先开苏州府之吴淞江，吴江县之长桥，松江府之黄浦等，请将本府原派剩未解宗人府等衙门米折银八千两，工部料银一万二千两以充修浚之费。”从之。
五月辛酉，以高邮湖堤告成，赠恤原任工都侍郎吴桂芳如例，淮扬海防副使程学博等十员升赏有差。壬戌，改迁萧县治及城垣、衙宇、儒学，准留徐州解部税银一千四百七十九两二钱五分二厘，其不敷银八百九十两二钱六分，亦于所属收贮抚按赃罚内，动支凑用。
六月辛巳朔，巡按直隶御史林应训题：“臣为开浚吴淞江中段，久驻昆山，乃知安亭东西等都沙土瘠薄。国初每亩仅从五升、一斗起科，复经派以官布等项轻赍，故小民犹得存活。至嘉靖十七年于今，征三斗重额，以致贫民逃窜，田地益荒。今欲复荒田，必先开水利，欲复荒民，必先停追逋，次议减削。盖各区地方，地废人亡，钱粮无所出，且各区岁征，平米大约六万有余石，而极荒逋负，……仅折银数十两耳。在国家缓此不足为损，在穷民负此实不能完。臣谓宜令该县极荒之田，未完逋负尽行停追。将来荒芜可垦，而新赋犹可望其不废也。至若田有上下区之分，查得嘉靖三十八年间，曾将下区每亩减耗七升八合，止科二斗二升九合二勺，共该减米一万一千余石。当时荒民稍稍安集，未几而法随坏矣。臣清查滩占田地，以资工费。即昆山一县，已经查出涂田万余亩。若就中分别新旧科粮，大略可补该县荒田减削之数。至嘉定县东北皆上区，滨临江海，历年新涨涂田，亦不下数千亩，久享厚利，俱未升科，以之补荒，有何不可。臣谓宜将二县新涨滩田，委官尽数丈量明白，定为等则，升科若干，然后将荒区之田，斟酌赃罚，庶几粮轻而民无畏。将来荒芜可垦，而正赋可望，其能充也。”部复如议。乙巳，总督河漕，都察院右都御史潘季驯条陈治理六事：“一曰、塞决口，以挽正河；二曰、筑堤防，以杜溃决；三曰、复闸坝，以防外河；四曰、创滚水坝，以固堤岸；五曰、止浚海工程，以免糜费；六曰、寝老黄河之议，以仍利涉。”部复如议。有旨：“治河事宜，既经河漕诸臣会议停当，着他着实行各该经委分任人员。如有玩愒推诿，虚费财力者，不时拿问参治。”
七月壬子，工部复：“总河都御史潘季驯等奏，河工浩大，须多官分督。往年一逢升迁，竟自代去，以致钱粮不明，勤惰莫稽。今后凡有升调，留待工完将经手钱粮并其勤惰稽查明白，方许离任。至若分部司属，奉有专敕，而有司视之蔑如，动有掣肘。今后除地方守巡各有专职，自行督责外，凡供事河工者，俱听分司责成，如有玩愒不遵，该上司参奏。”有旨：“河工事重，必须委任责成，以后该管河官暂停升调，候河工完日，分别赏罚。委官贤否，但以该管河道官为主，别道不得干预。”戊午，以天气暄热，免南京刑部罪囚论死发遣者四人，免追赃者七人。甲子，定苏、松、常州三府额解布每匹长三丈二尺，阔一尺八寸，重三斤四两，如法织造，不得违式。免淮、扬、徐所属十一州、县本年现征夏秋起解钱粮之半。丙子，总督河漕都御史潘季驯等题称：“宝应湖于本年六月内陡起暴风骤雨，将本堤复行冲决。盖由河上诸臣，期以苟且了事，而但为月前之谋，惮任劳者，莫亲版筑之务，巧避怨者，不严程督之功。钱粮虚糜，而冒破之核不行，功筑圮坏，而偾事之罪不加。稍有一篑之功，便移大以竞赏；脱至溃决之祸，则遮护以托逃。若不因此重加究治，何以示惩。”上是其议，着河漕衙门着实参奏。丁丑，升工部左侍郎何宽为南京刑部尚书。
八月甲申，开朱辉港、钥匙河、清江等处为粮船湾泊，其工费即于两淮赃罚及河工银内动支。丁亥，户部题：“万历七年，两直隶并各省漕运事宜，例应会同各衙门会议，今题巡漕都御史江一麟疏：一议补造漕船，以足装运。南京锦衣、旗手等五总下缺浅船八百只，要将七年以后各运轻赍内，应解河工米银暂留二年，共计得银五万二千两。再于河道原借七万九千七百余两，应于南京解列粮剩、马价补还漕库银内动支二万八千两，就于瓜、仪二处设厂打造。及称清、卫二厂正造年例船只中，有未造者，一并查刷督造；一议杂物则例，以定漕规。旧制不论船之新旧，一概止给年例四两，以为桅篷杂费，价既不敷，旗甲不无赔垫之苦。今以万历七年为始，各卫浅船杂费，凡遇初造年份，即总给银二十三两六钱五分，照数买办。以后九年，陆续给银二十两九钱七分凑买。俟十年改