九月甲寅，祀故大学士顾鼎臣于其乡。鼎臣，苏州昆山人。昆初无城，鼎臣始议建之。比岁海寇入寇东南，诸郡邑无城者悉遭屠戮，而昆山独以城保，多所全济。乡人追思之，请立祠邑里，以示崇报。守臣以闻，报可。又改南京工部尚书马坤为南京户部尚书。甲子，升总理河道左都御史王学益为南京工部尚书。以倭患，诏通、泰、高邮三州，宝应，如皋、泰兴、安东、山阳、江都、清河、盱眙八县，是年本折马匹尽行蠲免。其海州、邳州、仪真、兴化，盐城、宿迁、桃源、沭阳、赣榆、睢宁诸州、县本色马匹尽征其值，并原折马价减银二两。从抚臣王诰请也。丙子，以水灾免直隶徐、萧二州县税粮。以倭患免宝应，清河、安东、盱眙四县税粮，各如例。仍命振恤伤重之家。丁丑，以盗越南京城，劫上元县狱，罢抚宁侯朱岳、守备太监郭城任，回京闲住；夺兵部尚书张鏊俸三月，下知县刘以真等南京法司问。
十二月辛卯，升刑部右侍郎潘恩为南京工部尚书。
三十七年二月己卯朔，命南京前府佥书、署都督佥事许信提督操江。
三月丙子，更定两淮掣盐之法。运司一遇各边中完工本盐商赍到勘合，不分正余盐引，即听各商自向小灶买捆出场，依期循单赴掣。仍量减盐引价，淮南每引上纳五钱，淮北三钱五分一厘二毫五丝。其掣盐之时，每单淮南六万六千引，外加三万四千引为一单；淮北三万四千引，外加一万六千引为一单。定以半年之内，淮南掣四单，淮北二单，不许过期停壅。从御史张九功奏也。
四月戊寅，诏留苏州府本色正兑粮二万石，松江一万五千石，充本处兵饷。辛卯，升广西布政司左布政使熊洛为应天府府尹。
五月丁巳，巡按直隶御史张九功奏：“徐、扬、淮、海之间，倭夷骚扰，地方残破，兼以赋繁役重，民皆相率转徙，就食他所。非得贤守令，不能安辑。宜于进士中择有才干者，慎简以充，仍责之久任，非六年以上，毋迁。”浙江御史钟沂亦言：“今守令为民害，弊在催科，而催科之弊有二：有当入租时不即征收，至积逋累年而后峻法以取盈者；有假征输之名，分外诛求，至为吏胥所苦，其费反浮于正数者。由前言之，则玩愒宜惩；由后言之，则克科宜禁。二法虽若相反，其以救弊安民则一也。”诏悉从之。
六月已卯，时，南京上元县有越狱之变。南京刑部尚书冯岳言：“近来五城两县系狱数多，皆因各衙门滥受民词，不送法司谳决，故淹禁日久，至于生变。请尽录系囚，随轻重决遣之，而严有司侵官乱法之禁。”报可。丙申，以苏、松、应天府谷价太轻，诏于原议改折兑米数中，每石暂减银一钱，不为例。从抚臣赵忻奏也。
闰七月丁丑，以寇患免松、苏、常、镇四府正官入觐。
九月丙申，升云南左布政使鲍道明为应天府府尹。
十月丙寅，改定仪真守备汛地，以新港至瓜、仪、六合隶之；江防以天长南及江都、高邮隶之。陆防仍听狼山副总兵节制。先是，嘉靖十九年分江南北备寇汛地，江南专属金山都司，江北尽属仪真守备。既而以地方多故，复于东海、大河口、周家桥设把总，掘港改守备，盐城增参将，各有汛地。已而，仪真守备犹遥制之，体统不便。于是，巡抚都御史李遂以为言，乃有是命。
十一月壬午，诏锦衣卫差官校械系应天巡抚都御史赵忻、松江府同知刘敏政、吴县知县曹一麟至京讯鞫。先是，忻行部至松江，会金山军乱，鼓噪露刃，直抵松江城下，久之方解。时崇明戍军亦以索饷不获，缚海防同知周鲁、署印判官薛仕，囚之教场数日。给事中苏景和闻知，乃上疏劾忻淫酗贪墨，恡赏激变状。因言敏政、一麟皆其所厚吏，三人相与济恶殃民，不可一日居位。疏入，上怒。乃命逮忻等问之。已逮至，下法司问，言忻等皆以催征过刻，行事乖方，致招物议，未有贪纵实迹。乃命降忻、敏政各二级，忻调外任，一麟罢为民。癸未，升江西右布政使陈锭为都察院右副都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丙申，以水灾蠲直隶淮、扬二府各属州、县税粮有差。
十二月丙午，升南京大理寺右寺丞赵孔昭为南京都察院右佥都御史、提督操江。丁未，法司上是岁天下恤刑官谳矜疑重囚之数，南直隶江南六十三人，江北八十八人，命减死戍边。
三十八年正月壬午，巡按直隶御史尚维持言：“吴淞、柘林、川沙、阳舍、孟河五处均为苏、松、常、镇四府要害。吴淞旧有守御所，而四城未设专官，乞各铸给千户所印，及注选仓大使一员，以司粮饷。其苏松参将，宜驻金山，督守柘林、青村、南汇、川沙诸处；常镇参将宜驻阳舍，督守圌山、孟河二地。而浙直总兵，专驻吴淞，居中调遣便。”兵部复议：“各将改驻，当如所奏。其四城设守御所必须改调官员，抽补军士，坐派月粮，计划允当，方可议行。若但从戍守之宜，则官可从便而委，军可随数而调，粮可随地而处。有警则责其防御，无事仍听其番休。印不必给