弛海禁。谓滨海细民，本籍采捕为生。后缘海禁过严，以致资生无策，相煽从盗。宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海道官编成排甲，稽验出入，照旧采捕；一、一事权。谓江海之防，祖宗设官分职，各有定守。迩缘倭患猖獗，随宜更设，以致事权不一，南北扞格，彼此推调。操江都御史出外驻扎，而听劾于巡江御史，既失居重驭轻之势；金山副总兵即旧之备倭总督，乃无会哨江北之权。钱粮仰给巡抚，兵船无所分属，卒然有警，难以调度。请以江海之防，分为三节：自南京至仪真为上节，责之操江衙门而会哨于仪真；自仪真至狼、福二山为中节，责之常、镇、仪、扬参将、把总，会哨于狼、福，而巡江御史驻扎镇江，参辖之，自狼、福至金山卫、江海相界为下节，责之苏、松参将、把总，而金山副总兵常川会哨，巡江御史兼辖之。其兵船、钱粮，各以所属巡抚料理，庶统属分明，临事可得实用；一、足兵饷。谓水陆客兵，缺行粮数月，乞留漕粮三十二万七千石，分贮要地，充十万客兵七八月之用，仍查催未完军饷粮银处补；一、举遗材。谓地方多故，负才遗佚之士，有扼腕思奋者，如原任翰林院编修唐顺之、右中允秦鸣夏暨参政胡松、翁大立、周相，副使李文进等，俱宜录用，以济时艰。”疏入，下所司复议，俱从之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：“狼、福二山，乃海寇出没之处，请增募水兵万人，福仓沙船三百艘，分发参将等官操练。”兵部复议，从之。
三十六年正月辛酉，升南京锦衣卫佥书、署都指挥佥事黄印为署都督佥事，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。
三月壬辰，兵部复：“南直隶督抚等官胡宗宪等奏，直隶沿海之地，水兵把总则有吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总，然各守汛地，不相联络。宜添设游兵一部，拨给福船五十艘，令把总官一员统之，以为声援，仍听副总兵调度。”报可。乙未，总督漕运兼巡抚都御史蔡克廉请筑宝应县城，以防倭患。工部议复，从之。
二月甲寅朔，升总督陕西三边右都御史贾应春为南京户部尚书，户部右侍郎吴嘉会为本部左侍郎，总督漕运，巡抚凤阳；赵忻总理粮储，巡抚应天。庚申，升总督湖广、川、贵右都御史冯岳为南京荆部尚书；南京户部右侍郎王诰为右都御史，总督漕运，巡抚凤阳。辛巳，提督操江都御史高捷疏陈江防事宜：“一、补额军。原额操江官军一万七千余名，今缺少大半。宜行南京锦衣等卫、所照数补够，毋得营改别差，避重投轻；一、择将领。新江口操江把总、哨总、卫总等官，旧规俱守备衙门推委，官之贤否岂能尽知。宜令操江会同选补；一、重责成。江海水面，原无限隔，虽经分屯把守，逐节会哨，若使拘汛地不相应援，亦难防贼。宜将兵分正奇，南北内外，互相援剿，有功失事，各视主客通论；一、悬异赏。倭寇新来之船中无所有，及其满载而后尾击，其地方已受害甚矣。请以迎击来船之赏，列之遮击去船之上，去船止论首功，来船兼论船只。”兵部议复，报允。癸未，升吏部右侍郎孙升为南京礼部尚书。
四月甲午，寇犯江北。先一舟自如皋县掘港登岸焚劫，贼凡七十余人，官兵合势急击，歼之于白蒲镇。庚子，江北倭寇大至，自海洋二洲、掘港、吕四场等处登岸，凡二千余人，流劫海门县。壬寅，倭至通州，攻城不克，遂分二路西行，犯如皋、泰兴。是日复有倭舟七艘，自金沙登岸。
五月癸丑，泰州倭转掠扬州及徐州，官兵御之皆溃。贼遂薄新水关，矢及城中。庚申，高邮倭入宝应县，信宿而去，突犯淮安府，掠船四十余艘。旋复入宝应县，烧毁官民厅舍。己巳，以扬州倭患，听留两淮余盐银三万两，仍提编明年均徭助用。壬申，宝应倭掘北土坝，泄河水入，乃驾舟溯东乡，由盐城至庙湾入海。居数日，开洋东遁。丙子，泗州倭分众犯清河，攻入县治，纵火焚劫而去，遂侵淮安府。庚辰，巡按直隶御史尚维持奏留松江府漕米五万石，以备兵饷。从之。辛巳，寇入安东县，进屯县治，纵火劫掠。
六月乙酉，淮、扬兵备副使于德昌督水陆兵击寇于安东县，参将刘显率苗兵直前冲贼，亲斩其渠首，贼众披靡，诸军鼓噪继进。贼走争舟，水陆兵夹击之，斩首百余级，贼多焚溺死者。余众乃驾舟奔遁，退泊云梯关。寻自刀门港遁。南京科道等官刘尧诲等言：“倭寇掠攻扬州、高邮，势且侵及天长、六合，去留都不数舍。夫淮、扬为运道要冲，则当为国家血脉之虑；留都系陵寝所在，则当为国家根本之图。惟陛下速敕诸臣，刻期剿灭，仍当重究参将黑孟阳等，以严失事之罚。”上以为然，命南京兵部抚、操官及督、抚诸臣，亟调兵驱剿，不得怠缓。仍拟黑孟阳死罪。革把总韩德桢、守备王表职，俱令立功白赎。辛丑，有折桅寇舟一艘，飘泊海州东陬山，居数日，夺舟而去。
八月乙未，浙直总督胡宗宪，淮扬巡按马斯臧各以江北倭患平定来闻。诏兵部侍郎江东统兵还京。东奏留参将徐珏所领保定兵驻扬州，防冬汛；游击丘升、夏时所领山西、河南兵各遣归该镇。上许之。