部尚书王学夔为南京吏部尚书。癸亥，升云南左布政使吕颛为应天府府尹。乙丑，改南京刑部尚书万镗为南京礼部尚书。己巳，升福建布政司右参议何鳌为应天府府丞。
三月壬申，改南京工部尚书刘讱为南京刑部尚书。丁丑，南京给事中李万实，论提督操江都御史周释昏懦无为。诏调南京别衙门用。壬午，开工部左侍郎屠楷为南京工部尚书。戊子，升山东右布政使李遂为南京右佥都御史、提督操江。
四月辛亥，户科都给事中罗崇奎言：“货利所在，最易溺人。今各省钱粮，皆左布政使一人主之。夫支调烦则有增减羡余之积；事权一则有欺隐自便之私。而巡按御史不肯任怨稽察。及至交代，遣一州县属吏查核具文而已。臣请自今凡查盘各布政司钱粮，必御史亲至。如御史势有不及，则专用右布政画期监视。凡封钥出入，必相关白，以制专便之私。”疏下都察院勘议。左都御史屠侨等议曰：“钱粮隐弊，不在仓库积贮之时，而在收放低昂之际。放欲御史不时巡视，有弊即纠，非但以磨校簿书为能尽其私也。自今布政司钱粮出纳，不得以火耗、公用为名，额外多取。左、右布政使文移必同签押。至于收放，则须公同出纳封记，不得以沿习故常，互相嫌让，御史则加意综核之。其在南直隶府、州、县者，巡按御史均有稽察之责，亦依此法从事。”议入，从之。
七月庚寅，工科给事中赵輄奏：“迩者，臣验收南直隶等处所解诸戎器，多粗恶难用。查得嘉靖二十一年，诏令各处军器折征料价，以苏民困，二十五年始复本色。今该库所积尚可给数年之用，乞照前例，令各处工料俱折价解部。”从之。
九月戊寅，户部复：“巡盐御史陈其学疏陈盐法四事：一、筑海堤。谓通、泰二十盐场，应增筑堤堰，其工费即以所贮赃罚等银充之；一、清关税。谓商人掣盐过钞关，旧例止纳正税一票，今委官留难重榷，以至三票，宜行禁革；一、减盐价。谓余盐价银每二百六十五斤，淮南征银六钱八分九厘，淮北征银四钱九分，宜比旧各减二分八厘，以恤商困；一、禁私贩。谓江浦、六合一带，私盐盛行，宜将浦子口城里设巡捕盐官，其守御等官，并听巡盐御史查比约束。”奏入，从之。乙酉，以水灾，诏徐州并萧、砀等州县改兑粮米，俱于临、德二仓拨补支运，仍量征脚价。其各卫、所屯田子粒亦照例折银输纳。
十月戊午，升河南左布政使王汝孝为应天府府丞。
十一月己卯，升兵科都给事中胡叔廉为应天府府丞。
十二月丙申，巡按直隶御史陈其学奏：“徐州吕、梁二洪，先因水涸陵险，设有洪夫二千四百有奇。自嘉靖二十三年，黄河自西来注之，漕挽顺利，人力甚省，乃洪夫仍取盈旧额，徒滋虚糜。乞量行裁损，以宽萧、砀民力。”疏下工部，请命总理河道官酌议，报可。己未，凤阳巡抚龚辉奏：“淮安、赣榆、沭阳、安东、清河及海、邳等州县，连岁灾伤，户口逃亡大半，而钱粮照额科派，积年逋负，徒存虚数。又将现在疲民代偿，日朘月削，存者必逃，逃者不返，穷困之极，恐酿他变。乞将积欠凤寿仓粮尽行蠲免，庶凋残少苏，逃移复业。”户部复：“宜行抚臣选委廉干官查核仓粮，如系侵欺隐射，务令追征；若果小民逋负，以十分为率，每年带征二分；其荒芜转徙，务令有司加意招复。若有实效，不次擢用。”诏从其议。壬戌，改南京吏部尚书王学夔为南京兵部尚书，参赞机务。
二十九年正月乙未，改南京工部尚书屠楷为南京吏部尚书。
二月壬子，南京兵科给事中甄成德疏江防四事：“一、修教场以时简练。新江口营旧有水、陆二操。水操于码头，陆操于教场，后皆为江水冲没。当敕所司建置；一、处操船以备远图。新江口操船未及修造之期，辄先漏损，宜量给补葺费，仍令工部官不时阅视；一、严按伏以防不虞。沿江伏兵之地，东曰观音港，西曰上新河、和尚港，皆当严备。而兵部者往往卖闲私役，即兵亦惰弛，未尝往来侦伺，请一切裁之以法；一、查原额以实军伍。江防官军，寒暑不辍，往往诡籍逃伍，十减二三。宜悉计处补，或改正，或清勾，可令各伍充实。”事下兵部议，俱可。从之。
三月癸酉，改南京户部尚书韩世英为南京兵部尚书。癸未，户部言：“两淮行盐地广，私贩盛行，官盐十不能行三四。且各处每岁追缴退引，拖欠常多，致商人辄隐射为奸。请如御史杨选议，敕清军御史兼理。仍行各路，申明禁例，务杜绝私贩，疏通正引。”从之。
四月己亥，以淮安所属四县灾，改岁派马折色三年。壬戌，升浙江左布政使张烜为都察院右副都御史，总理粮储兼巡抚应天。
六月丙辰，巡按直隶御史赵锦奏：“江洋群盗，多系贩盐草窃之辈，出没萑苻间，什五为群，时发时止。驱逐剿捕，直有司之事耳。今无故设一大将，开府镇江，又远调淮、大、通、泰等卫官军，饷以苏、松、常、镇四府钱粮，所在骚然，奔命不给，而实无一事可以自效。冗员冗食，