尚书乔宇所奏事例，每船内拣选纲头，给付花栏小票，明开船只装扛水夫之数，于经过管河等衙门投递验放，有司驲递，照票应付。如遇生事害人者，即申巡抚、兵备等官指实参奏。再乞敕南京内守备，戒谕各监、局进鲜官员，不准多带好徒生事，仍张榜于沿河地方禁约。”上是之。甲午，户部奉旨会议上赈恤事宜：“一、折漕粮。请将江南等处被灾地方，本年应纳改兑粮米准改折银九十万石，内直隶江南各府五十万石，江北各府四十万石，行各抚、按通融分派。每石连脚耗征银七钱，以备月粮折放。所余运船，听令修艌存恤；一、发内帑。请将内帑太仓银各发十五万两，直隶江南十万两，江北五万两，差官运送巡抚衙门，量灾轻重给发州、县官，与预备仓粮、赃赎相兼给赈；一，惩侵欺。言江南钱粮多被粮吏将已征在官者侵费，贿嘱官吏，捏作未征，冀幸赦免。请访拿到官，责限完解，违者从重问遣；一、任抚牧。请行各巡抚官捐停不急，专区处钱谷，择属分赈。其应征钱粮，听巡抚便宜从事，或酌丰俭均节，或即赈数代补，务于征派中存赈恤之意；一、行劝借。请于被灾地方，军民有出粟千石赈饥者，有司建坊旌之，仍给冠带。有出粟借贷者，官为籍记，候年丰加息偿之。不愿偿者，听照近例，准银二十两者，授冠带义民；三十两者，授正九品散官；四十两授正八品；五十两授正七品；各免本身杂差。仍禁有司逼强及饥民挟骗等弊；一、处财用。谓今议赈者，或欲捐赋发帑，或欲补官补吏，或欲借余财，省快船，或欲借抽分，折竹木，为说不一，均切民瘼。但事各有掌，擅难议覆。乞敕各部，隨宜详复施行。”议上。命发太仓银二十万两，分给赈济，余悉如议。乙来，兵部言：“南直隶地方灾伤，应天极重，派去马价，暂且停征。”从之。
十月辛丑，升工部右侍郎沈冬魁为南京礼部尚书。己未，命借留直隶、江、浙漕运京粮三十万石于南京给军，似南运粮每石折银七钱解补，不为例。
十一月丁卯朔，改南京参赞机务、兵部尚书秦金为户部尚书。庚午，以旱灾免镇江、苏州、常州、松江等府税粮有差。辛未，以应天等府灾伤，暂停征所欠马价。
壬午，改巡抚应天李充嗣为南京兵部尚书，参赞机务，太子少保如故。戊子，升南京户部右侍郎吴廷举为都察院右都御史、总理粮储，兼巡抚应天等处地方。升户部左侍郎边宪为南京刑部尚书，庚寅，先是，大学士杨廷和等以直隶江北水灾异常，疏请集议赈救，并蠲一应岁派额办钱粮。上令户部集廷臣条陈救荒八事。疏入，上曰，灾伤重大，军民困苦，存留起运粮米，岁办等项钱粮，尽与停免。癸巳，孝陵神官监太监杜震等以陵寝墙垣颓损，奏乞修理。命南京工部，会同内外守备官，即相度修理。甲午，命南京兵部右侍郎席书兼都察院右佥都御史，赈济江北地方。
十二月庚子，以灾伤免应天、淮、扬等府、徐州嘉靖元年、二年，未征草场子粒银两。甲辰，南京兵部右侍郎席书上言：“今岁南畿旱涝相仍，民饥殊甚，已经有司疏闻，下廷议赈恤。第饥民甚多，钱谷绝少，恐难给济。须别等第，酌缓急乃可。……考古荒政，可行于今者，惟作粥一法。不烦审户，不待防奸，至简至要，可以举行，……今总计南畿，作粥江南北，可四十二州县。大都、大县设粥十六所，中县减三之一，小县减十之五，诸所设粥处，约日并举。凡以饥来者，无论本处、邻境军民、男妇老幼口多寡，均粥给济。起今十一月半，抵麦熟止，计用米不过十六万石，可活人二十余万，扶颠起毙，未有急于此者。因作为赈粥活民事宜，开列条款，装潢成帙以献。”疏上。上即命书从便宜行于江北，仍谕江南巡抚一体施行。丁未，蠲免应天府等州，县并各卫、所被灾田粮有差。戊申，停征淮、扬、徐等府、州嘉靖元年、二年，未及三年额办牲口，俱俟年丰带征。己酉，赈济南京屯牧军余。
三年春正月丙寅，南京地震有声。丁亥，南京户部尚书顾颐寿奏：“南京官军匠役，月支米十万余石，今括各仓所储，才足十万之数。近蒙截留兑运粮米三十万石，并改苏、松、湖三府京库折银可备米十万石，合之仅有五月粮耳。目今米价腾贵，人心忧惶，及查各省逋欠数多，乞照户部原拟，差官四员，分行郡县。”户部复议：“仍行各抚、按官严限查催。”从之。壬辰，户科给事中张汉卿等言：“先该户部复题，应天等府地方亢旱，欲将淮、浙运司余盐银两，及南京折纳干鱼并变卖没产银两，动支赈济。但前项区处银两，类非现在。往赈官员何所措手。饥困之民，朝不谋夕，若俟文移往来，缓不济事。乞特发太仓银两，星驰往赈，庶几有济。”上曰：“直隶地方，灾伤重大，人民流离困苦，朕心恻然。户部即发太仓库银十五万两，付差去赈济侍郎，都御史等官，分赈应天，淮安等府，务使穷民各沾实惠。”甲午，南京兵部右侍郎席书以南畿地方灾重，乞借淮、徐二仓积贮支运粮米，及南京乌龙等仓续到粮米，急赈救民。得旨：“准拨淮、徐二仓米各五万石，南京户部截留漕粮十万石，命侍郎席书随宜给赈。”乙未，以灾伤免南京锦衣