收贮赈济，仍听侍郎王琼提督。”诏从之。
三月甲午，以旱灾免南京锦衣等卫、所屯粮有差。仍令差南京科、道官各一员，查具顷亩总数以闻。壬寅，南京户部议复：“南京内、外守备等官奏请以户、兵二部及应天府寄库皂隶赃罚席竹、盐引等银七万一千余两，赈济都民。”户部议：“秋成尚远，宜令原委官员，粜卖杂粮，斟酌给散，庶几活人颇多。仍行侍郎王琼，综理稽考，务在放支明白。”诏从之。谕王琼委官从宜粜卖，给赈务得实用，毋致侵欺妄费。
六月辛酉朔，巡按直隶御史赵时中奏：“通州等处坍江田地税粮，乞如兴化县例，通作存留或派附近仓分，米一石，折银四钱，麦、豆一石，各折银三钱。”户部议如所请。诏从之。甲子，户部议复：“巡按直隶御史李廷梧奏苏、松、常、镇四府大饥，乞将正德三年未完税粮，及各年应解物料，暂蠲免。”诏令已征者解部，未征者俟丰年补之。丁卯，升工部左侍郎俞俊为南京工部尚书。丙戌，总督苏、松等处粮储都御史罗鉴奏：“所属各卫，缺官军俸粮，并各部岁派物料无措，乞以其地度僧等银借用。”有旨责鉴招权妄议，紊乱事体，令冠带闲住。遂革原设都御史，以御史苏锡代之，专理不得更代，著为令。甲申，升江西左布政使周宏为应天府府尹。
十月戊戌，升南京兵部右侍郎孙需为南京礼部尚书。庚戌，升南京光禄寺卿李堂为南京左佥都御史，提督操江。甲寅，巡按直隶监察御史李廷梧奏：“勘苏、松、常等府，俱被水灾，而松江地势洼下，淹没尤甚。乞减免兑军粮米，量折以银。”户部奏：“东南财赋，京师之所仰给，起征兑运，皆不可缓。况原额秋粮，在苏为二百三万八千三百石有奇，在松为九十三万九千二百石有奇，在常为六十万六千九百石有奇，中间起运者十之八九，存留者十之一二，若不从宽处分，恐民穷逃窜，无益于事。合于抚按转行管粮官，免极贫小户存留之数。其运兑米，苏州量折二十五万石，松江二十万石，常州府五万石，石七钱，仍扣算耗粮，以补不足，及两京该运之数，令管粮御史通融斟酌，务在得宜。”从之。
十二月丁酉，吏部尚书兼翰林院学士梁储改南京吏部尚书。戊戌，改南京大理寺卿屈直为左副都御史，总督漕运。庚子，升南京右都御史张宪为南京礼部尚书。壬子，户部复：“淮、扬二府灾，请免下户税。又徐州并属县灾尤甚，请折起运兑军粮三万石，石银七钱。”从之。
五年正月癸未，升南京吏部右侍郎朱恩为南京礼部尚书，兵部右侍郎刘缨为南京刑部尚书。恩，旧尝有德于瑾，及瑾用事，深自结纳，二年间，自按察副使五迁，遂至尚书。丙午，升南京鸿胪寺卿丁凤为应天府府尹。
三月丙辰朔，命南京内官监太监董文、永顺伯薛勋、工部尚书俞俊督修孝陵明楼及懿文灵殿。辛未，以水旱免应天、镇江、常州、苏州、松江等正德三年逋税。
五月乙卯朔，升南京太仆寺少卿张凤为南京都察院右佥都御史、提督操江。己未，命都察院右佥都御史魏讷，巡抚苏、松等处，专管粮储。先是总督、右副都御史罗鉴以挪借钱粮得罪。吏部议请裁革。至是，又以苏、松、常、镇水灾，请仍设大臣督理，故有是命。
六月壬寅，升南京刑部右侍郎李善为南京工部尚书。
八月乙酉，户部以苏、松等府奏灾，请令总理粮储都御史魏讷赈济，从之。甲辰，罢苏松等府新佥民壮。始刘瑾添设江南巡捕御史，点佥民壮，所在骚扰，至是巡捕御史已革，故并罢之。戊申，升南京吏部右侍郎孙交为南京吏部尚书。
九月丙寅，改工部尚书毕亨为南京工部尚书。己卯，改刑部右侍郎陶琰为南京工部左侍郎，兼总督漕运。壬午，以致仕南京礼部尚书张宪为南京工部尚书。癸未，升广西左布政使孙春为应天府府尹。
十月辛丑，免应天府秋粮有差，以巡按御史洗光奏报水灾故也。戊申，敕南京工部右侍郎周宏提督修理孝陵。
十一月己未，诏以苏、常、松江三府水灾，凡起运京库及南京各仓税粮、丝绢、绵布，俱量改折色。存留者，本色、折色中半征收，仍存省脚价，以补应兑之数。各卫、所屯粮子粒，俱视灾之轻重除免。从巡抚御史请也。癸酉，命免宝应县河泊所鱼户杂泛差役。
六年正月庚午，改南京户部尚书张澯为南京吏部尚书，升户部左侍郎乔宇为南京礼部尚书。乙亥，升吏部左侍郎李瀚为南京户部尚书。己卯，以水灾免淮、扬等处州、县正德五年粮草子粒有差。
二月丁酉，罢巡抚苏、松等处都御史罗鉴。庚子，命南京右佥都御史张凤巡抚苏、松等处地方，总督粮储。
三月丙寅，起致仕南京礼部尚书孙需为南京工部尚书。甲戌，改南京都察院右佥都御史张凤于都察院，仍令巡抚苏、松。以吏部言旧制苏、松巡抚，无南京衔也。
四月辛巳，以应天府所属上元、江宁、句容、溧阳、