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七月己丑，命南京都察院右佥都御史杨守随提督巡江，带管操江。前此，巡江都御史有不预操江者，南京都察院移言兵部，宜仍旧兼管。兵部复请，从之。癸巳，升常州府通判姚文灏为工部都水司主事，专治苏、松等七府水利。赐之敕曰：“直隶苏、松、常、镇并苏州、镇江等卫所，地方广阔，钱粮浩大，每岁收成，全资水利。积年以来，河港、沟渠、湖塘等项，尽皆壅塞，或被势豪之家占为己业。旱无所溉，雨无所泄，以致田谷不登，军民缺食。近差工部侍郎徐贯，会巡抚等官通行疏浚，已奏功完，但恐岁月浸久，港渎渐致堙遏，水利不能兴举，圩岸愈见坍塌，财赋无处出办。特升尔前职。……尔其勉之，慎之。故敕。”
八月甲寅，先是，建议者请裁革松江府云间递运所，知府陈让言：“本所岁运官物，不当革。”兵部复奏，从之。
九月丁未，裁革淮安、扬州二府管河通判及仪真等县管河主簿各一员。
十一月乙酉，户部会各部、都察院议处明年漕运苏、松等府该起运南京仓粮，请免民起运，就于兑粮水次，如数支与南京漕运官军，准作行粮，每石加水脚米一斗三升。
十二月壬申，先是，应天府府尹冀绮与通判范昌龄忿争，为南京科道所劾，下南京刑部逮问。时绮方朝觐来京，因请自诣刑部对理。狱具，拟赎杖，送吏部查例发落。上命复职，仍罚俸两月。既而，科道交劾绮并及其素行贪污之状，请如例改调别任，或罢归田里。不允。
九年正月甲辰，以水灾免应天、常州、镇江三府弘治八年夏税八万七千八百石有奇。
二月甲戌，以水灾免直隶徐州弘治八年秋粮三万三千余石，草四万四千六百余束，及徐州左等二卫屯粮一千二百七十余石。
三月甲申，以灾伤免直隶苏州府弘治七年起运南京夏、秋粮七万八千余石。
闰三月丙子，南京十三道御史劾奏参赞机务、南京兵部尚书侯瓒及户部尚书叶淇、南京工部尚书冯贵、南京国子监祭酒罗璟、应天府府尹冀绮，俱不职，请黜之。诏淇等俱令自陈。
四月甲申，改南京吏部尚书张悦为南京兵部尚书，参赞机务。己亥，升刑部左侍郎戴珊为南京刑部尚书。
七月壬子，提督苏、松水利、工部主事姚文灏言：“近年以来，黄河决于北，三江溢于南，患亦甚矣！陛下哀悯元元，分遣大臣，奔走治理，筑河而河成，浚江而江导，民食以足，漕运以通。然创制立度，以为经久之计，又今日事也。臣幸得备使令在三江之间，讲求六事以闻，伏乞裁择。一、设导河之夫。苏、松、常、镇沿江近海诸港浦，潮沙之积有常，而疏导之功不继，所以患多而利少。前代或设撩清之夫，或置开江之卒，专一浚治，不限时月。近岁役夫皆临期取于里甲而无经制，小民劳扰，吏缘为奸。富者累年不役．贫者无岁不差。乞将各府导河夫役，悉照江北运河及浙西海塘夫例，每年于均徭内定拨，专一用工，庶几无患；一、发济农之米。宣德初，巡抚侍郎周忱建议，苏、松等处田地虽饶，农民甚苦。其修筑圩岸，开修沟渠，类皆乏食。遂于各府设济农仓贮余米，每年百姓修浚沟渠，支给赈助。历岁既久，名存实废，水旱之备日弛，公私之积渐微。乞申明旧例，每年修圩治渠之日，量给农民一月之食。所费不多，而利实宏博；一、给修闸之钱。臣历考浙西水功，未有不赖官钱而成。故前代提督之使，任内往往有用缗钱数千万者。今江北运河及各洪闸，每年额收桩、草等钱，以备应用。惟臣所治，无一钱之畀。况各处闸坝颓废颇多，修理工价，动以千计，非得官钱决不可为。乞自今修理闸坝，合用料价，请于府县无碍官银支用，庶无废事；一、开议水之局。臣闻浙西水利，国之大计，宋儒胡瑗，教授苏、湖，尚且置斋教学者讲此。范仲淹知苏州，亦尝令所司，每年秋、冬讲求利害，春二月，用工修浚。诚以他州之官来治此州之水，不资讲究，何以施为。乞于苏州府开一局，访求境内素习水利者四五人，每岁秋冬至局，行移各府治农通判，皆来会习，备议利害及修治方略，一月而罢，事似微而效则大也；一、重农官之选。臣又观范仲淹水利议曰：苏湖常秀，膏腴千里，国之仓廪，数郡之守，宜择精心尽力之吏，不可以寻常资格而授。况令治农官专理农田、水利，尤宜慎选。乞将各府治农通判，俱于进士内选用，县丞俱于举人内选用。果有成绩，应内补者，照例行取，应外转者，比众超迁，如此则任用得人而水利自广矣；一、专农官之任。臣惟浙西水事与三时务农之功相表里，非其他土木之役，必待农隙而为。故各府治农官，虽终岁勤动尚不能举其职。近年以来，例以闲官目之，或差遣勘事，或委令捕盗，职既不专，事难为效。乞今后府、县治农官，俱照推官例，不许别差，专一治水与农，庶责任有归，而偷惰无所容矣。”命所司看详以闻。工部复奏：“导河夫役，宜行巡抚与本官酌量地方缓急，佥点备用，可省之处，不须滥设。修理坝闸，听量支官钱。若海口河滩生长芦