，南京户部左侍郎侯瓒为南京工部尚书。甲午，南京工科等科给事中毛珵等言：“八月十一日，南京地震，屋宇播动，继而风雨晦冥，雷电大作，及苏、松等处夏间大水，淮、扬等处蝗飞蔽天，此皆灾异之大者。”
十月庚申，南京监察御史朱德等上言：“比者灾异迭见，而南京一路尤甚。旱涝不常，军民告病。甫及秋收之际，蝗蛹骤生，禾稼伤残，继又地震不宁，屋宇摇动。伏乞慎思灾异之由，善应天地之戒。循名责实，因事纳言，遂条陈五事：曰省力役；曰宽征赋；曰治赃顽；曰稽实用；曰务远图。”命下其章于所司。
十一月乙亥，以水灾免苏、松、常、镇、应天等府所属并苏州、太仓等卫弘治四年夏、秋粮税有差。庚寅，巡抚南直隶都御史侣钟言：“江南今岁水旱相仍，苏、松等处低田伤于水，而徽、宁等处高田伤于旱，将各府岁纳纻丝、纱罗、绫绢、绒线等件，及皮、蜡、殊蜜、青绿铜、钢铁、银箔等物，暂且停止。其苏、湖二府，今岁免军粮米，请以五十万石折价收银，石止折七钱。军民有愿纳银入粟，量给散官冠带，或纪名于籍，建坊牌以表之。各府、县有罪应赎者，俱令纳米于被灾处所，以备赈济，并浒墅钞关所收三年、四年未解银钱以助之。”户部复议，从之。己巳，都察院右都御史秦纮为南京户部尚书。
五年二月癸卯，以水灾免苏、松等府、卫粮草子粒有差，其非全灾者，暂停征纳，以三分为率，自弘治五年为始，每年带征一分。甲子，直隶苏州卫指挥张钦以不能捕盗，调湖广永州卫带俸差操。其嫡母黄氏，以年老无他子奉终养，许之，命终养后，仍调前卫。
三月丁丑，总督漕运兼巡抚都御史张玮奏：“直隶淮安府灾，乞将本府钞关所收钱钞，折收粮米一年，以给官吏，旗军月粮。”户部复奏，从之。命逮问应天府府尹冀绮，以迟误南京陵庙祭祀牺牲，为守备成国公朱仪等所奏也。
四月甲辰，命南京江阴卫带俸都指挥佥事耿麟充参将，协同漕运，兼守淮安。
五月乙未，裁减南京神策等二十五卫知事务一员。
六月丁未，以水灾，免直隶淮、扬等府弘治四年税粮有差。庚申，命给致仕南京工部尚书胡拱辰诰命，从其请也。
七月甲戌，增南京巡街御史为二员。故事，南京巡街止御史一员。至是，从监察御史曹玉奏，乃增一员。丁丑，南京监察御史马炳然言：“南京新江口并大教场，俱侯伯重臣坐营，而神机营并小教场二处，止用指挥坐营管操，请如在京诸营例，改任侯伯都督以重其事。”兵部复奏，从之。甲午，以水灾免苏、松、常等府正官朝觐，从巡抚都御史侣钟奏也。兵部尚书马文升等言：“苏、松水灾，恐饥民乘此为变，请敕镇巡等官，加意赈给，仍操练军士，以戒不虞。”从之。丁酉，户部言：“江南苏、松等府连岁荒歉，民间运粮米，每石用银二两。前弘治四年，苏州兑运粮米已准将五十万石折收银五十万两，冀舒民困。今年请再行之。其应天、松江、镇江等府，亦请于兑运粮内，折收四十八万六千八百九十石价银，灾重者每石折银七钱，稍轻者收银一两。”从之。
八月乙丑，以水灾免南京、苏、松等处之额外织造者，并取回督造官员。丁卯，命发应天府预备仓粮二万三千九百余石，给南京应天等三十九卫屯种军余之缺食者。
十月丙辰，裁革松江府黄渡河泊所。户部会议各处巡抚都御史所陈事宜：一、苏、松等府水灾，两京文、武官员及公、侯、伯、驸马俸粮禄米，乞每石折银七钱，径解两京户部，按季给领；一、南京各卫仓，每岁俱分委员外郎、主事等官监督收放，仍乞另委郎中一员往来巡视；一、扬州府海门县设置江海之滨，潮水冲没为患。乞令迁移于东高阜之处，庶民居官舍，两无所虑。
十一月乙亥，以水灾免应天，苏、松、常、镇等府弘治五年岁办皮张，蜡蜜等料三之二；令军民人等有愿纳银米以助赈济者，授以军职，不治事，不为例。
十二月甲寅，增设应天府高淳县县丞、主簿及管马主簿各一员，其儒学教谕、训导及税课局、阴阳、医学、僧道会司官各如原拟全设例除补。原隶漂水县巡检司一、坝二、河泊所二，俱改属高淳县。从本府奏也。
六年二月丙辰，以水灾免南京卫、所弘治四年屯粮六万四千三百四十石有奇。戊午，命苏、松、常等府，该运弘治五年京仓折色米，量留三十万石于本处赈济，从巡抚都御史侣钟奏也。
三月甲戌，南京吏部尚书王乞致仕，不允。
四月己亥，初，成化间，从南京守备官议，每岁江南州、县运粮至南京，令官军就水次兑支三月，计省其加耗及输挽之费，可得余米十万石有奇，贮之预备仓，以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧，上仓而后放支。户部奏言：“兑粮水次，一岁坐得十万余米，法无善于此者。宜复兑支例，而以其余积就贮各卫仓作正支销。”从之。