令搬运，人情不堪。请自今以先运至者扣算正余，尽数兑支三月，续到者，分判各卫仓，以免民日久劳费。”又请以本部寄应天府库秋粮折俸余银万六千五百余两，及两淮等盐运司盐引纸价余银八千八百余两，籴米实常平仓，以备赈济。又南京各仓、场修仓、收粮军斗、草库余丁，月给口粮三斗，其正军不得重给。下户部议复，从之。庚子，吏部听选官徐灏言：“自通州至南京河路，牵船夫数愈多，而弊愈甚。乞照旧例，各处止派二千名，分为两班，以苏民困。”从之。
三年正月辛未，升南京太仆寺卿秦崇为应天府府尹。癸亥，南京内府花苑，上元、江宁二县岁拨夫二百，供浇灌之役，民颇被其扰。左都御史马文升及应天府丞冀绮请罢之。守备太监陈祖生等因陈累朝种树及夫役增减之数，乞存留如旧。事下南京工部议处，右侍郎黄孔昭言：“种树以备宗庙荐新之用，园丁亦难量革，请如天顺八年旧例，仍岁拨夫八十名。”从之。
二月甲午，户部以水旱灾，请免直隶淮安府弘治二年分秋粮米九万六千七百余石，草二十六万七千三百四十余束；扬州府米豆共四万八千五百四十余石，草八万七千四百八十余束。壬寅，以水灾免直隶苏州府崇明县弘治二年分秋粮米五千二百六十余石，草六千四百三十余包。
三月丁卯，先是，以直隶淮安府连年荒歉，减免秋粮数多。从都御史秦纮奏，令本府板闸、钞关所收钱钞，以米代之，每钞一贯，收米一升，以给本处官军俸粮，以后仍旧。至是，都御史李昂奏：荒歉未复，仍乞折收米一年为便。从之。乙亥，以水旱灾，免直隶淮安、扬州等府弘治二年米、豆。
四月丁亥，升巡抚延绥等处、都察院右都御史黄绂为南京户部尚书；吏部左侍郎刘瑄为南京工部尚书。辛丑，禁南京后湖耕种樵牧及盗泄水利者。从大理寺少卿杨谧等奏也。
六月甲申，吏部议复南京吏部尚书王伤等所奏修省事宜：一、谓南京户、兵、刑、工四部政务颇繁，今兵部止有尚书一员，户、刑、工三部各止侍郎一员，请于兵部增侍郎，三部增尚书各一员；一、近例被灾各处，四品以下官，三年、六年考满，悉令纳米，免其给由赴部，恐贤否无辨，仍宜照旧赴部考核；一、南京吏、礼二部，各添写本监生二名，兵部再添一名，并户、工二部写本监生，俱从吏部行取，其在京各衙门写本清军监生，亦从吏部转行国子监取拨；一、南京各衙门办事当该吏典数多，在外两考役满者，因畏避巡按御史考试，到部数少，不勾拨用，请添拨福建之邵武、湖广之德安二府以益之，仍令御史考送。上命南京户、工二部各添尚书一员，吏、礼、兵三部各添侍郎一员，写本监生准照旧数添。两京取拨监生仍旧，吏典不必经由御史等官考送，止该部严加考选，不许姑息。丙申，南京工部奏：“应天府并直隶镇江府所属芦洲柴课，宜仍照现在额数，解办折色银两并本色芦柴，修南京外罗城垣及金川等十七门。”
七月己卯，以旱灾免南京广洋等二十七卫屯粮之半。
闰九月丙申，发南京龙江盐仓批验所余盐五十万斤有奇鬻银，为查理后湖黄册之费。
十一月癸未，刑部左侍郎白昂奏处置河道事宜，乞令扬州府管河通判常居瓜州，总管闸坝，不许回府。辛卯，命淮安府板闸、钞关船料钱钞再折米一年，以充官军、师生之给。从总督漕运都御史张玮之言也。
十二月庚戌，总督漕运都御史张玮言：“徐州小黄河旧在州城西北，上通沁水，下接漕渠。宋熙宁间，河决为患，守臣苏轼堤以巨石，镇以黄楼，自是水不为患。近年黄河复决，改流城北，其势汹涌，坏两岸军民居舍及城郭，俱可忧，臣会巡按、管河等官议疏浚，……务为经久之计。”从之。
四年正月乙酉，升南京兵部左侍郎郑时为南京刑部尚书。
四月戊申，命南京都察院右佥都御史王轼兼提督巡江。
乙酉，调扬州府知府冯忠别任，黜通判杨棨为民。棨因上元节造烟火之戏于天妃宫，忠往观之，随者甚多。夜归，众争过浮桥，溺死数十人。事闻，下巡按御史逮问，遂是有命。
五月戊子，工部以直隶苏州灾伤，乞免织造各色绢匹。不允。
六月庚戌，直隶淮安知府徐镛奏：“本府常盈仓岁收粮不过四五万石，乞取回监收内官二员，收粮经历一员。”下户部议以为便。上命汰经历，内官仍旧。
七月壬午，命增盖南京后湖库三十间，以原库收贮黄册盈满，明年将造册故也。丙申，以灾免直隶扬州府及高邮等卫、所弘治三年粮草有差。
八月乙巳，南京监察御史杨琎言：“宋汴京留守兼开封尹、赠观文殿大学士、谥忠简、宗泽墓在丹徒，乞依岳飞故事，于墓所及其生之乡，并建祠秩祀，以为忠义之劝。命下其奏于所司。辛未，以旱灾龟直隶扬州卫及通州、泰州、盐城三守御千户所弘治三年屯田粮有差。
九月戊寅