公因往长沙。七月，驻湘潭。九月，永明王立粤中；丁亥四月，陞公兵部左侍郎，总督恢剿军务。车驾自桂林幸武冈，刘承胤掌兵专政；而忠贞营十家兵颇强，声言入湘南就粮。承胤惧为所并，以为非公莫制；于是加公衔，敕督兵出江、楚。七月，上疏请诛承胤。公在湖北，藉督师何腾蛟为表里。刘承胤者，故何公部将；及荐为总兵，遂称门生，稍倨肆。后联为姻亲，不复受约束。迨驾幸武冈，承胤以定蛮伯进武冈侯，辄挟兵权擅作威福。群臣畏其刚暴，争谄之以自固，交疏颂功德；竟进封兴国公、上柱国。承胤止有二子，五月间以冒功廕锦衣指挥者也。何公闻而欲制之。而承胤骄日甚，思欲与何公抗礼；忌其权出己上，请改为户部尚书，专理粮饷。不听。何公辞朝归镇长沙，廷臣奉敕郊饯。何公托病驻城外荒寺，不言行期，盖防承胤也；果伏千骑于道中，欲暗害何公。时赵印选领滇兵五百随何公，皆悍卒；中道伏起，印选率部下尽谶之。承胤讳之，人莫敢言。公因上疏劾承胤专恣不法，截杀督师重臣，谋危社稷；请正典刑。承胤见公疏，始知惶惧。
八月，常德陷；公乃率马进忠、王进才、牛万才、张光萃等驻札永顺、保靖二土司界上。九月，大清兵逼武冈，车驾将幸柳州；方出城，承胤即遣人迎降，兵部侍郎傅作霖死之。报至，公与诸将谋请荣王监国，冀禀号令，以镇抚人心；乃于舟次启王，王固让不肯。既而知车驾无恙，遂中止；惟传令各营协力防守。十二月，率忠武营兵复常德，进复辰州。自退保土司以来，采薇茹蕨，淹及半载；公愤不能恢复，乃刺血书二祖、列宗之牌位，恸哭欲自杀。诸将感动，三军皆哭，哭声震山岳。马进忠、王进才等辄夺兵而出，公亲甲冑督阵，率姪正明血战三日，遂复辰、常，俘获甚多。事闻，诸将各陞叙有差。于是乘胜图下江、汉，军声复振。戊子正月，「过天门山」诗云：『终朝马背随风雨，尽日刀尖度死生。全副骨峰贫已赤，一双眼角老难青。才淹骚、赋非伤主，学窃「春秋」未解兵。四十八年心事左，只因多难独精神』。三月，檄忠武营诸将与忠贞诸将合营，同驻常德。公虑马进〔忠、王进〕才等孤军难支，更调高、李等诸部为犄角，为乘胜东下计；诸将皆赴命。有奸人郑古爱者，东西唆搆；诸将惑之，始各怀疑忌矣。上「绝口勿谈款和」疏。大清帅驻楚，会使公卿以书招公，公峻拒之。时有倡和议者，公上疏痛陈其不可，时论壮之。
七月，度彝陵至夔州，诘责楚宗朱容藩不当僭监国之号，遂散其党。
十月，还至湘南，督忠贞营诸将复湘潭。公还，马进忠与李赤心不合；恐其相图，遂掠常德，移营湖南矣。公乃调护诸将，鼓励士卒，躬率高、李兵出征；先复湘潭县，次复衡州、郴州。既而进兵江右，所过郡邑多下。师次吉安，得故将归明之报；乃回茶陵。金声桓、王得仁皆左良玉部下旧将，先降大清；忽归明，江右响应。公闻报，即回茶陵；欲与何督帅定谋，合兵江、汉图中原。十一月，陞公兵部尚书，赐尚方剑，便宜行事；专督诸营恢剿。十二月，督兵援江西，至袁州。先是，何腾蛟自粤西还楚，因听细言，致书于公曰：『曩附八行奉侯台端，不卜得达记室否？腾蛟与大清战于严关日月桥，三王却走；进围零陵，指日可下，各郡邑尽入掌中。闻忠贞诸营驻节中湘，分取衡阳；则功又有所属矣。近王、马诸勋举动，甚是乖张；腾蛟已有檄谕之矣，谅此辈必不负腾蛟也』。公得书，语枢贰毛寿登曰：『我等封疆之臣，罪且难赎；何公尚欲言功耶』！至是，金、王诸将为大清兵所困，何公调忠贞营往援，公即率诸将赴之。己丑正月，湘潭复失，大学士何腾蛟死之。二月，公闻变，师还至衡州。时忠贞营与何标下不协，远驻辰、常界上。公乃率滇将胡一清等扎营衡阳，悉力拒守。二月，大清兵破南昌，金、王诸将俱殁。公「过安仁道次」诗云：『乱里看花试一临，廿年零落又春深！柳桃尽入兵戈眼，溪涧争鸣风雨心。野鸟向时三月丽，峡猿枯绝暮山阴。天涯即事浑伤旧，马背须眉自感吟』。公聚军中所赋诗，名曰「马革集」；今逸。公在军中五年，着「春秋说义」五卷，凡万五千余言。
四月朔，大战于草桥，败绩；退札耒阳。阵于衡之草桥，自辰至酉，斩伐相当；大清兵以轻师截出阵后，兵遂败。公乃弃衡州，退札耒阳河上；而永营驻于永兴，相去百五十里。初五日，永兴陷，从子正明死之，诸眷属亦皆遇害。公自耒阳以数千骑退入龙虎关，暂依保昌侯曹志建营。志建素骄横，纵兵掠永、郴界上，又坐视不救援，屡被公诃责，方惭不自安。至是，见公兵败，遂欲乘机害公。夜坑杀公从兵千余人；及旦而公觉，乃入猺峒之何家寨。志建追至，何生等率众力拒之；志建怒，悉屠其寨。公得走粤之贺县，沿途招集散亡，从兵甚众。
六月，时上在肇庆；十五日，公至肇庆。十六日，朝于行在，奉命入阁办事。朝廷先遣官迎公富川之野，比十五晚至肇庆。晤阁臣严起恒，叙故旧谊；明旦，相引陛见。朝廷亲劳之，面命入阁；赐宴，礼意有加。然旁观已有侧目者矣。十九日，奉命安插诸营。时高