刘燕督队自西面发炮下击，弹雨下，死十余人，日兵退去。是夜大雨，国华竟拔队回基隆。四更，张兆连率护卫营冒雨至瑞芳。十日辰刻，国华、连胜亦来会，兆连立九芬桥吹角列队。日本督三、四百人来攻，每十二人一队，两日兵持刀督其后；台军枪炮并轰，日兵颇伤亡，稍退。兆连率队冲入，国华兵不接应。日兵自山顶驰下包抄，断九芬桥归路；兆连被围，受重伤，亲兵死亡略尽。陈得胜率八十人、曾喜照率三十余人，涉溪涧冒死入救；一卒负兆连潜涉溪涧得脱，得胜竟战死，喜照受伤。十一日黎明，日人分两路专攻瑞芳西面土山，刘燕被围；炮勇死八人、伤四人，瑞芳遂陷。中法之役，林朝栋驻狮球岭扼法兵不得前，所部士勇皆劲卒；景崧用广勇，与士勇积不相能，因移朝栋守中路，以胡友胜统广勇四营守狮球岭。于是台北绅民及英人提理皆言速移朝栋扼狮球岭，以守为战，事犹可为；因请基隆同知方祖荫赴台北告景崧，且请景崧驻八堵为死守计。景崧言向午闻败，已令黄义德率护卫营往扎八堵矣。义德至八堵，即驰回，诡言狮球岭已失，大雨不能驻营；且倭悬六十万金购总统头，故乘火车驰归防内乱。景崧不敢诘。是夜，义德部勇索饷大哗，彻夜甚雨。十二日辰刻，日兵登狮球岭，大雨如注；台兵相拒三时之久，始行溃散。日本大将桦山亦于是日攻基隆，张兆连营弃遁归台北。沪尾守备吴觐庭斫断电线，电报局员尽散。俄而雨稍止，街市寂然。幕客熊瑞图等为景崧策：速退新竹，就朝栋、永福图再举。景崧左右均怒目视，觐庭手枪拟瑞图曰：总统不寝者五夜矣，诸军亦宜休息；所画已定，多言者以是击之。景崧默然。酉刻，前敌溃兵入城，城中大乱，积尸遍地，有重伤舁回死者；而广勇、土勇复相残杀，哭声鼎沸。未几，抚署火起，景崧微服遁赴沪尾忌利士德商栈。十三日，乘德兵轮内渡。城中散勇游匪沿途劫掠；藩库犹存银二十四万两，劫夺互斗，库中积尸四百余。德商毕底兰以状驰告日本营，请速派兵来定乱；十五日，始来收城，兵不过八十名。明日，来千余人。十五日，桦山资纪统大军入城，步兵二队驻沪尾、八队驻台北；收残兵四千，檄兵器，送之厦门。
台南刘永福驻营三块厝，旋移凤山县属旗后。和议成，军储、电线、铁路、机器局及茶、糖、盐、磺、樟脑、茄枬沈香与金、煤诸矿大利，举为日本有。台南僻一隅，且海道断，饟械源绝不足守。于是镇道以下各官及台绅邱逢甲等相继内渡。台南土匪蜂起，绅民相率之旗后迎永福，并上「民主总统」印章；永福不受，仍称帮办，入府城议防守。以其子知州成良统福字前军、右军及中、左、右各营守旗后大砰山炮台，提督陈罗统翊安军中、左、右各营合黄金龙军防四草湖海口，台湾镇标中军游击李英统镇海中军、前军各二营并道标卫队合柏正才、吴锦标军防白沙墩海口，周明标、张占魁两营防喜树庄海口，都司柯壬贵统吉林炮队并安平各台炮勇合郑超英、周德启、孔宪盈各营防安平海口：是为台南海口之防。以副将袁锡中统镇海后军防后山埤南诸路，台湾城守参将吴世添率右翼练兵驻府城：是为台南内城之防。其勇营，则副将杨泗鸿所部镇海中军正、后两营、前军右营、武毅右军右营并吉林炮队都司萧三发所部福军前敌黑旗各营、守备王德标所部福字七星队各营、总兵利瓦伊义所部新楚各军（分统为副将杨载云）、知县忠满所部忠靖营、镇海中军先锋营总兵谭少宗所部福字先锋各营、都司邱启标所部台南其义兵营防军各营、知县刘光明所部福字左军中营、右军前营、副将吴光忠所部忠字防军各营；其义兵营，则增生吴汤兴之新竹义民各营、林得谦之十八堡义民军、兵部主事许南英之王国瑞闻台南围练营、生员李清泉、谢鹏翀之五段团练。部署粗备，新竹知县景崧在沪尾，请朝栋参谋岳裔由平顶观音山达八里岔迎之。闻唐已内渡，即奔回彰化。先是，景崧檄前台湾镇吴光亮赴援台北，光亮军至桃仔园、中枥，台北溃勇千余奔至新竹，始知台北失守；见广勇金帛累累，沿途截杀之。林朝栋亦至，派队巡哨，令吴军安扎城外观音亭。是月十六日，台湾府孙传兖卸篆，黎景嵩代之，查库款祗洋银二千。台中协郑荣闻前任程起鹗提存库款二十万两，传兖令王淮三由汴仔头运至福州；遂率练勇掳王淮三，向传兖索饷。朝栋在后垄闻日乓至桃仔园，收兵回彰化；传兖随朝栋眷出城内渡。新竹、苗栗绅民推吴汤兴为首，以御日兵。二十一日，日本斥堠骑兵驻三角涌；山根少将分兵由刘潭甫达大姑崁，为居民袭击，互有杀伤。二十二日，占领大姑崁。二十三日，吴汤兴集各营战于杨梅枥，日兵少却。二十五日，苗栗生员邱国霖败于大湖口，新竹勇丁饷食不足，绅民将提督二营配船内渡。三十日，日本兵至新竹，吴汤兴与徐骧御之；战败，奔苗栗县。新竹铺户等率众迎日兵入城，秋毫无犯；日用麦、米、鸡、鱼、蔬菜，准市价购买，安堵如故。署苗栗县李烇集绅民议战守。徐骧扎头份，与日兵接仗，日兵不能前进。苗栗人姜绍祖年十八，率佃丁百余人赴战；被掳十余人，姜亦与焉。遍询姜名，姜家人慨然承认，遂见杀；而姜幸免，为新竹人保出、再招勇迎战，死于炮火中。