贼巢尽行焚毁。吴鸿源冒暑染疫，暂回嘉义。徐宗干檄元福由间道直趋嘉义，接署水师提督。台湾道毓琛病故，遗缺以知府陈懋烈暂署（东华续录）。
八月，台湾粤勇溃散，左宗棠奏请饬四川建昌镇总兵林文察办理台湾军务。奉旨：吴鸿源所统兵勇数已不少，不能于嘉义解围以后，迅图攻剿，辄于南靖庄等处顿兵数月，致该匪得豫为准备；迨贼守御既坚，又不知分兵别觅间道相机兜剿，以致师老财匮，勇丁哗溃，贼氛益肆猖獗，实属调度乖方。业经明降谕旨，将该员革职拿问；仍着左宗棠、徐宗干确切查明，据实参办，毋稍徇隐。林文察既籍隶台湾，熟悉情形，即着该署提督拣练得力将士渡台，联络绅团，速将该处匪徒殄灭；应需饷项，即饬福建藩司于援浙饷内酌量拨给。徐宗干奏吴鸿源尚知奋勉，暂缓拏问，留营效力自赎。林文察署理水师提督，丁曰健补台湾道（东华续录）。
以英桂为福州将军（东华录）。
十一月，丁曰健由省放洋，对渡淡水，驰至艋舺。令军功范义廷等招募勇丁，前赴竹堑，听候调用。令彰嘉各营及汤得升所带兵勇由西螺、虎尾溪一带进发，联络彰化；令凌定国所率义民克期会剿；参将关定国率驾红单炮船赴梧栖港口，会同同知王桢勇丁合攻葭投庄等处疏通鹿港后路，并派兵与通判张世英之师直捣贼巢。曰健即由牛骂头直剿竹坑，收复大肚溪等处；进至大甲，将匪党刘阿妹掩捕正法。派勇驰往内山，分剿犁期店一带，牵掣内山贼匪，不令出援葭投；而亲至梧栖港派拨勇练，分路进攻彰化境内。连日陆续攻破田中央、海玻厝、水里港、福州厝各贼庄，并将薀仔底十余庄及无名小庄十余所同时平毁，复将葭投尾庄外贼营三座及八张犁、何厝庄贼营七座焚毁，断城粮道。其凌定国一军，亦先后攻破竹仔脚等大小贼庄二十余处，并将海峰仑陈哑狗老巢焚毁，生擒匪党林振等十三名。被胁各庄，望风归顺。
十二月，匪党陈鮄等窜守葭投庄。丁曰健派令文武员弁移营进逼，由水师寮等处奋力进攻，抢入葭投庄内，生擒多名，立将葭投克复；自彰鳌头地方至大肚溪以北，匪庄四十余里，一律肃清。乘胜进攻彰北，与玉明会师，克复彰化，并将鹿港至宝斗一带道路疏通。其南路匪庄，亦经鸿源、元福先后攻克。林文察放洋收泊，会同元福进攻斗六，将附近巢穴数十庄悉数攻毁；复诱令斗六贼匪出巢，设伏击败。悍贼乘势攻斗六土城，阵斩甚多。戴万生逃往彰化之北势■〈氵南〉庄与四块厝地方。
三年（一八六四）正月，戴万生逃至张厝庄。元福带兵将附近西南之目宜山、红毛社、丙郎庄、社头、仑仔等贼庄四十余处，分路剿毁；复与曰健所派勇丁，合破张厝庄。戴万生逃至芋寮仔庄；元福、曰健亲督兵勇，将该庄攻破，生擒戴万生并董九仙、戴印等正法。彰化县属肃清。文察拟留兵勇五千名，此外兵勇及元福所部，咨请督、抚分别撤回（以上东华续录）。
左宗棠奏：曾元福在台年久，应留台郡，俾收驾轻就熟之效。所有福建水师提督，查有现任台湾镇总兵曾玉明堪以署理；所遗台湾镇总兵，即以曾元福署理（左恪靖伯奏稿）。
二月上谕：窜江逆股，已由泸溪小路翻山潜入闽地，光泽、邵武俱形吃重。顷据徐宗干奏，台湾南北两路肃清，各军搜剿余孽，将次竣事；着左宗棠、徐宗干即将台湾撤回得胜兵勇，派赴邵武一带，扼要设防。如有匪踪阑入，即行击剿。台湾匪首林晟等见尚在逃，并着该抚饬令在事文武严密搜捕，勿任漏网。
三月，林文察奏：内山四块厝林匪老巢，经文察督军攻克，生擒匪首林晟（一作赣晟）正法，台湾军务渐次肃清。
四月，左宗棠奏：延平军情吃紧，张运兰一军尚无入闽消息。见台湾大局肃清，林文察既署陆路提督，防剿闽省上游，是其专责，臣与抚臣徐宗干已飞咨调共内渡；恐到任尚需时日，臣于道员康国器截剿常州窜贼获胜后，调其由昌化回营，取道严、衢入浦城达闽，已报启程（以上东华录）。
八月，左宗棠奏：台湾余匪复炽，攻扑彰城，旋即剿平。饬查启衅情形，据署镇曾元福、台道丁曰健禀称：林文察之叔林天河倚势作威，截水霸田，众议沸腾，欲图报复，余匪藉此复肆。丁曰健又称：林文察与曾玉明所部兵勇骚扰地方，均应彻底查究（左恪靖伯奏稿）。
四年（一八六五）四月，彰化内山匪党经曾元福、丁曰健督军剿办，将洪欉等股悉数歼除，台湾一律安定。复严督各军分路搜剿，将著名股首庄明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等擒获。其潜匿平林山顶之悍贼洪花，亦经官军用枪剌毙，其妻李氏身受铳伤，均枭取首级示众；复将草田庄等贼巢攻破，获匪多名，并擒获罗务等匪党，均先后讯明正法。嘉义匪首严办亦经曾元福派队歼毙，获党多名。惟要犯陈鮄尚在逃。
台湾全境肃清，赏道员丁曰健布政使衔、总兵曾元福提督衔。
七月，左宗棠奏：台湾贼匪陈哑狗实由总兵曾元福生擒正法，前署提督林文察遽以传闻入告，以致奏报歧