后；爽文既漳籍，泉人不从乱。贼遣伪官来鹿港收税，泉民林凑等起义，一鼓擒之，故鹿港海口未失，贼所畏惟泉人也。及水、陆两提督兵至，泉人争思助官兵杀贼；两提督不知驱策，彼此观望，坐失事机。上闻之，改授江南提督蓝元枚为福建陆路提督。时谕旨谓大纪、壮猷因仕简、承恩等观望，不无效尤，解大纪署任（圣武记、续东华录）。
谕：福建陆路提督，前因柴大纪守城出力，本欲将伊擢授。但柴大纪于林爽文等滋事之先，不能豫为防范，以致逆匪蔓延，本即有罪；且台湾原设兵额一万余名，该镇督率守城之兵不过一千余名，此外兵丁见作何用，并未据柴大纪奏及，实有应得之咎，不当复邀优擢（东华录）。
四月，命总督常青为将军，督办台湾军务。复调广东兵四千、浙兵三千、驻防满兵一千，以福州将军恒瑞、陆路提督蓝元枚为参赞。寻改授元枚水师提督、柴大纪署理陆路提督，逮治黄仕简、任承恩、郝壮猷等，寻斩壮猷以徇军中（圣武记、续东华录）。
五月，常青、恒瑞至南路，离府城十里，遇贼万余；甫交绥即退，又请增兵。贼以其暇，得蚕食各村，胁其不从者辄焚劫。于是泉人亦附于贼，旬日十余万，庄大田驱以攻府城。其党锡舍攻大南门；番妇金娘以画符为女军师，攻小东门；北路贼许尚等分攻大、小北门。锡舍弟达德劝锡舍降，遣庄允赴府告其族庄子才；为廷理所执，审问得实，使子才作书谕之。锡舍乘间由大南门入，常青令率党出城建功，大田犹不知也。贼四面攻城，及夕将退，锡舍倒戈相向；廷理等乘势追杀，贼大败走。锡舍仍往扎大湖；自是贼匪或时出侵扰、或假道攻击，俱先期预知者，锡舍败其谋也。林爽文攻诸罗；诸罗据南北之中，爽文必欲陷之。自六月中攻围，昼夜不息，赖大纪力守之，为府城屏蔽。又攻盐水港、鹿仔港以断府县饷道，大纪皆分兵击夺之；决其堰涧，破其炮车，以守城兵四千抗贼数万，先后百余战，屡擒伪降谋内应之奸细。又因粮于贼，屡出奇兵，夺其峙积。上以大纪用法严明，命载入行军纪律，为各省法，授参赞大臣。常青遣总兵魏大斌、参将张万魁、游击田蓝玉、副将蔡攀龙、贵林等三次往援，皆为贼所截，张、魏、田、蔡仅得入城，损兵大半，贵林及游击杨起麟皆被戕于贼。诸罗围日密，城中以地瓜、野菜、油■〈米凡〉充食。大纪告急之文，用小字书寸纸，募人间道夜行，始得达府。常青复催恒瑞自府城、总兵普吉保自鹿港进援，各有兵五、六千，畏贼势不敢进；恒瑞复张皇贼势，奏请兵六万。上知诸将不足侍，诏解常青、恒瑞之任（皇朝武功纪盛、圣武记）。
六月谕：柴大纪自驻守诸罗以来，屡次将贼败退，实属奋勉可嘉；柴大纪着即补授福建陆路提督。但柴大纪任台湾总兵已经数年，于该处情形较为熟悉，将来剿贼完竣，所有善后事宜，正须该提督随同常青悉心筹办；柴大纪着以陆路提督兼管台湾镇总兵事务，所有福建陆路提督事务着常泰暂行署理。
调陕甘总督嘉勇侯福康安乘驿来京，面授方略，疾驰赴台为将军。七月，以内大臣超勇侯海兰察为参赞大臣，声言调兵十余万。柴大纪赏给壮健巴图鲁名号、蔡攀龙强胜巴图鲁名号（皇朝武功纪盛、圣武记、韫山堂文、续东华录）。
八月谕：蔡攀龙自到台湾，屡次奋勇杀贼，着有劳绩；海坛镇总兵员缺，即着蔡攀龙补授，以示奖励。
九月谕：据柴大纪奏，官军在诸罗城外剿杀贼匪，城内绅耆铺民挑送饭食、凉水，兵丁得不饥渴。又据常青、李侍尧等奏，牌腹村义民运粮接济诸罗城中各等语。前曾降旨蠲免台湾本年应征钱粮，着再加恩，将五十三年分台湾府属应征钱粮亦概行豁免。
谕：福建水师提督员缺，着柴大纪调补；其陆路提督员缺，即着蔡攀龙补授，并着授为参赞（以上东华录）。
十月，所调蜀番及粤西兵五千先至。有旨：官兵不必至府城，当即向鹿港进发。福康安中途闻贼势盛，奏请增兵而后进；上严饬之，命颁内库所藏右旋螺带往渡海。会飓风，不得渡，守风于崇武澳。二十八日，忽得顺风，一昼夜数百艘尽抵鹿港海口，樯竿如栉，列数里。贼闻之，不测多寡，谓真有十万兵至，始惧，各村庄被胁者望风解散。大兵声言直捣贼巢，而阴趋县治（皇朝武功纪盛、圣武记）。
谕：成都将军鄂辉见在带领四川屯练兵丁赴台湾剿捕贼匪，鄂辉久历行阵，于军旅较为谙习，亦着授为参赞，协同福康安筹办进剿。
初，上命柴大纪捍卫兵民出城，再图进取。十一月，大纪奏言：诸罗为府城北障，诸罗失则贼尾而至府城，府城亦危。且半载以来，深壕增垒，守御甚固；一朝弃去，克复甚难。而城内外义民不下四万，实不忍委之于贼，惟有竭力固守待援。上览奏堕泪，诏曰：大纪当粮尽势急之时，惟以国事民生为重；古之名将，何以加兹？其改诸罗县为嘉义县，封大纪一等义勇伯，世袭罔替，加太子少保衔；并令浙江巡抚以万金赏其家。
八日，福康安等起行。大兵六千，义勇千余，遇