佛潭桥一带余孽盘踞；总兵刘进忠等进剿，于三年九月初四日亲统官兵，阵斩七千有奇，招抚男妇一万三千余名（东华录）。
水师提督施琅疏请攻台，与周全斌等出洋，未至澎湖，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，琅、全斌入京。进琅伯衔，为内大臣，归旗（海上见闻录、三藩纪事本末）。
五月，议政王等会议吏部奏请裁并督抚一疏，得旨：福建仍留总督一员。
六月，李率泰奏：漳、汀地方辽阔，请以守漳道仍驻漳州，巡建道仍兼辖延平，守建道自建宁府改驻汀州，兼辖郡武；从之。
八月，兵部议叙康熙二年进取金门、厦门、康熙三年攻克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒、貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左都督、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。总兵杨富以进援中伤，落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等授职有差。
九月，李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破海寇，斩伪将乌角车等。
上谕：设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫钟等处贼船挽泊，提镇官等并未带领官兵扑剿，至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀，则设立水师提督何用？以后若再如此，定行治罪。
五年（永历二十年、一六六六）正月，李率泰卒。遗奏闽海余氛远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计；惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶，太迟又恐贻患。目下当安反侧之心，日久务防难制之势。红毛夹板船虽已回国，然往来频仍，异时恐生衅端。闽省兵马、钱粮专望协饷，倘若外解不周，即有意外之虑。至数年以来，海禁甚严，迁移之民尽失故业；宜略宽界限，俾获耕渔，稍苏残喘。
以张朝璘为福建总督（原任江西总督）。
十一月，福建巡抚许世昌以病乞休，命以原官致仕。以刘秉政为福建巡抚（以上东华录）。
是年，曾养性补福建巡抚（逆臣传）。
六年（永历二十一年、一六六七）三月，以祖泽溥为福建总督（贰臣传）。
七年（永历二十二年、一六六八）四月，海澄公黄梧奏：海疆底定，非昔日强寇出没可比。福建全省之兵并归经制，独同安城守一营官兵，尚属臣标；请将城守营副将一员、兵一千名悉归经制，听总督、提督管辖。从之（东华录）。
八年（永历二十三年、一六六九）正月（纪事本末作七年事），浙江投诚将孔元璋请往台湾招抚；京中遣大臣明珠、蔡毓英至泉州，加兴化知府慕天颜卿衔，渡海往议。郑经遣柯平、叶亨到泉州，议照朝鲜例称臣奉贡，不剃发、不登岸。议竟不成。经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫、刘国轩等管兵。洪旭病故，其子洪磊及永华侄绳武等皆任用。置凤山、诸罗二县，课耕种、通鱼盐，安抚土番、贸易外国，数年间海上亦相安无事（海上见闻录、三藩纪事本末）。
三月，以刘兆麒为浙江福建总督。
九年（永历二十四年、一六七○）闰二月，复设福建总督一。
四月，复设福建分守兴泉道、巡延建邵道，其福州府、福宁州海防事归驿盐道兼管，兴、泉二府海防事归兴泉道兼管。
以刘斗为福建总督。
十月，浙江福建总督刘兆麒奏：伪宁远将军林柏馨、伪都督施轰率伪官百四十四员、兵千六百九十名、船三十只自台湾赴浙投诚。
十年（永历二十五年、一六七一）正月，耿继茂奏：旧疾日剧，请以长子精忠管理军务；从之（以上东华录）。
耿继茂卒，子和硕额驸精忠袭（皇朝年表）。
五月，予故靖南王耿继茂谥「忠敏」。
八月，福建总督刘斗奏：海寇自撤水师之后，帆樯出没，侵犯靡常，甚至在各岛屿盖造房舍。臣等密商机宜，配发水陆官兵陆续搜剿。今已搜剿六十余岛，斩溺贼众五千三百八十余人（以上东华录）。
十一年（永历二十六年、一六七二）九月，命福建总督自漳州移驻省城（东华录）。
是月，范承谟为福建总督（东华录）。
十二年（永历二十七年、一六七三）二月，郑经将刘国轩下海澄，遂围漳、泉。先是，都统胡图复漳、泉，经奔厦门，国轩亦弃惠州去，凡七府一时俱溃。至是，国轩复出，沿洲堡连下十余处；兵仅数千，飘骤驰突，锋锐不可当。于是都统穆赫林败于湾腰树，将军喇哈达、都统胡图败于镇北山，将军赖塔、提督段应举败于福山头。国轩遂取平和、漳平，进破海澄，斩应举及总兵黄蓝，兵士死者三万余、马万余匹，军势益振；乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑。国轩自围漳，遣兵围泉。康王杰书时驻军福州，不敢进。已而在籍学士李光地为乡导，引赖塔兵由安溪间道出同安