叛贼！今日是汝死日』！冲入逼之，富投水，遇小艇救之得免。已而守高崎将陈升密款于官军，漳州军施琅、黄梧乘潮落援之，耿继茂、李率泰亦各济师，经众寡不敌，退守铜山。黄廷议欲再守数日，全斌以为船多损坏，不可；遂弃两岛而去。官军入，堕其城，收其宝货妇女而北。梧劝率泰乘胜逼铜山。率泰曰：『穷寇勿追，急之则逸，入台湾后难图矣。乘彼人心未定，招抚以散其党羽，计之上也』。乃遣使至铜山，宣布朝廷德意，密通诸将，许生擒郑经者封同安侯，镇守泉州如海澄公例。惟洪旭笑而却之。先是，李率泰给示，准岛中百姓过界。思明州知州黄而辉请准岛民渡海，令下三日，永华复复经禁之。至是清民入岛，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累、童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵搜掠财物，发掘冢墓，至剖郑彩之棺而残其尸；堕城焚屋，斩刈树木，遂空其地，「嘉禾断人种」之谶应焉（海上见闻录、小腆纪年）。
十二月，耿继茂、李率泰等奏：臣等统率大军，渡海攻克厦门，贼众惊溃登舟；水师提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩首千余级，乘胜取浯屿、金门二岛。郑锦、周全斌等势穷宵遁（东华录）。
案此次战事，官军实大败，大将马得功至投水死，乃掩败为胜如此；则经自弃两岛，而官军得以为功耳。
耿继茂等奏：十月二十八日，郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死（东华录）。
总督赵廷臣阅界（福州府志）。
三年（永历十八年、一六六四）正月，管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄眷属等赴闽投诚。
李率泰奏：原任提督马得功攻取厦门、金门二岛，力战死。得旨：从优议恤。
靖南王耿继茂奏：年虽未迈，疾病相仍，子精忠未谙军旅，恳赐遣归，俾臣力疾教之，训以备驱策；允之。
授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
二月，耿继茂等奏：福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛，寇巢破灭，阮春雷、张煌言仅以身免。得旨：从优议叙（以上东华录）。
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，旭亦防之；值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚。旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。林顺亦自镇海投诚。旭谓经曰：『金、厦新破，差官仆仆前来，非为招抚，实窥探以散人心；当速过台湾，迟则变生肘腋矣』。三月，经乃同冯锡范、陈永华等悉众东徙，命黄廷断后。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。旭以二十舟候黄廷同行；廷部兵将多不愿，适黄梧遣陈克竣来招降，廷遂入漳投诚。旭自往东宁。过澎湖，设重镇守之。改东都为东宁，天兴、万年二县为州。分诸将耕屯荒地，造京馆以处宗室遗老之相从者。度曲征歌，示无西意，以与民休息焉。李率泰尽徙诸岛遗民于内地，开界沟、筑界墙，五里设炮台、烟墩，二十里设营将守之。弁兵得贿，纵出入；或睢眦杀人。失业流离之状，不可言矣（海上见闻录、小腆纪年、皇朝年表）。
耿继茂奏：伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚，群贼分■〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地；总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众于陆鳌、破贼巢于下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。
五月，耿继茂等奏：三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半渡海，进拔铜山，斩首三千二百余级；伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。郑经仅存数十艘，乘风遁走台湾。计闽海地界凡数十岛，贼巢布列，至是扫灭殆尽。授投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月，李率泰以病求罢，谕留之。
以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。授投诚黄廷为慕义伯。加致仕福建总督李率泰为正一品。
李率泰奏：总兵官李长荣等出洋会剿张煌言，击败五千余人，擒伪总兵张贤等，并获船只、器械。
七月，管理福建安辑投诚事务贲岱奏：自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只（以上东华录）。
八月，李率泰上疏议取台湾，以福建水师提督施琅为靖海（一作南）将军，承思伯周全斌、太子少师左都督杨富副之，整舟师数百号候风开洋（海上见闻录、皇朝年表）。
十月，耿继茂奏：荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾（东华录）。
四年（永历十九年、一六六五）正月，李率泰奏：闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、