人至者日多，辟土田，建部落，以镇抚土番，而番亦无猜焉。居无何，思齐死，众无所立，乃奉芝龙为首。芝龙最少，才冠其群，陆梁海上，官军莫能抗。朝议招抚。以蔡善继习芝龙，为书招之。芝龙感激归命。及降，善继坐戟门，令芝龙兄弟泥首，芝龙屈意下之，而一军皆哗，竟叛去。复居台湾，劫截商民，往来闽、粤之间。六年，泊于漳浦之白镇，与官军战胜，遂趣中左所。中左所者，厦门也。督师俞咨皋与战败，又佚之。中左人开门纳之。祟祯元年九月，率所部降于督师熊文灿，而其党有留台湾者。当是时，海寇曾一本、李魁奇先后据澎湖，以侵掠福建，嗣为官军所灭。
先是万历初，有葡萄牙船航东海，途过台湾之北。自外望之，山岳如画，树木青葱，名曰科摩沙，译言美丽。是为欧人发见台湾之始。越三十余年，而荷人乃至矣。荷兰为欧洲强国，当明中叶，侵夺瓜哇，殖民略地，以开东洋贸易之利。万历二十九年，荷人驾夹板，携巨炮，薄粤东之香山澳，乞互市。粤吏难之，不敢闻于朝。当是时，中国闭关自守，不知海外大势，而华人之移殖南洋者巳数百万，政府且欲禁之。海澄人李锦久居大年，习荷语。其友潘秀、郭震亦贾于南洋者。锦见荷酋麻韦郎曰：『若欲通商，无如漳州。漳州之南有澎湖，南北交通之要地也，诚能踞而守之，则互市不难』。麻韦郎曰：『守土官不许，奈何』？曰：『税使高寀嗜金钱，无远虑，若厚贿之，必奏闻。得天子一报可，而守土官谁敢抗哉』？锦乃为作书，一移寀及兵备守将，令秀、震赍往。守将陶拱圣大骇，亟白当事，系秀于狱。震惧不敢入。而荷人俟之久，三十七年秋七月，驾二巨舰抵澎湖。时明兵已撤，遂登陆，伐木筑屋，为久居计。锦潜入漳州，诡言被获逃归。守吏知其事，并下狱。遣使说荷人去澎，不谐。高寀亦令密使周之范往见荷人，说以三万金馈寀，即许互市。荷人喜，与约。事垂成矣，总兵施德政侦其事，檄都司沈有容将兵往谕。有容负胆智，大声论辩。荷人心折，曰：『我从未闻此言』。索还所馈金，以货物赠寀。寀不答。福建巡抚徐学聚亦严禁国人下海，犯者诛。锦等旋论死，而荷人亦去澎湖。
天启二年，荷人再乞互市，不许，遂侵掠沿海。冬十月，荷将以船舰十七艘再至澎湖，据之。澎民数千谋拒守。荷人劫以兵，夺渔舟六百余。筑城妈宫，役死者千三百人。复于风柜尾、金龟头、峙裹、白沙、渔翁诸岛各造炮台，以防守海道。初，荷人撤退澎湖之时，巡抚南居益上疏请修防备，未举而荷人再至，复上疏请逐。天启三年夏六月，以兵二千入镇海港，破炮台，进攻妈宫城。荷人恐，潜结海寇，以八船窥福建，出没金、厦间。四年春正月，居益复遣总兵俞咨皋伐之，荷人大败，禽其将高文律，斩之。八月，荷人请和，许之，与互市，乃退澎湖，而东入台湾。先是，海澄人颜思齐居台湾，郑芝宠附之。既去，而荷人来，借地于土番。不可。绐之曰：『愿得地如牛皮，多金不惜』。许之。乃剪皮为缕，周围里许，筑热兰遮城以居，驻兵二千八百人。附近土番多服焉。
六年夏五月，西班牙政府自吕宋派远征军，以朗将之，率战舰入据鸡笼，筑山嘉鲁城，驻兵防守。而台之南北遂为荷、西二国所割据。当荷人入台之前，日本人已先在此；以台湾为南洋所经之地，往来频繁。及荷人至，课丁税；日人以先来之故，不从，法令亦不能强其奉行。于是始与台湾领事有隙。爪哇总督嘉尔匾芝欲挫日本贸易，擢其子俾敕尔卢为台湾领事，且命至长崎理交涉之案。俾敕尔卢莅任未久，而滨田弥兵卫之事起。初，长崎代官末次平藏受幕府命，航海往福州，途次澎湖，为荷人所苦。归大愤，、欲雪耻，谋诸长崎市人滨田弥兵卫。弥兵卫素负勇侠，慨然许之。与其弟小左工明子新藏率市中壮士十二人，以崇祯八年春三月二十日至台。同船华人某告荷人。荷人验其船，搜夺兵器及楫，留之。牒报爪哇总督，请处分。弥兵卫淹留四月，不得归，罄售货物，久之无所得食，愤甚。六月二十九日，率众三人至领事厅，预伏援兵，面求解缆。不听。弥兵卫大怒，直前劫之，左右愕眙，伏兵尽起。有执兵入卫者，新藏挥刀斩之，诸皆畏惧莫敢动。乃拉领事归旅馆。领事告其属，示媾意。若日人果有复仇之心，则以兵拒之。弥兵卫亦虑有变，乃与立约。曰：以领事之子及官一、荷人三为质，而日本亦以末次平藏之侄及五人交质。曰：荷兰领事须放前捕土番十一人及华人通译，并归其财产。曰：应以相抵之物赠弥兵卫，以洗前耻。曰：日本人所失华丝二万觔，须以八万六千盾赔偿之。凡约五日而成，七月初四日交质。明日，囚荷人于长崎。既而领事之子瘐死狱中。其后七年，始放荷人归国。自是日人之势力始震于台湾。及锁港之令行而后绝迹。
二年，西人复入淡水，筑罗岷古城，为犄角，驻领事，辟土田，以镇抚土番。当是时，鸡笼、淡水均为荒秽之地，华人亦少至者，草茀瘴毒，居者辄病死，故西人亦大费经营也。五年，西船遭飓至蛤仔难海岸，为土番劫杀，发兵讨之。六年，西人始至大浪泵，南讫竹堑，谋殖民，而神甫辄遭番害，乃止。