下若解廷谕，速戢兵戈，俾民乐业，当以将礼送归，麾下士卒亦应宥遇。现在台北等处，收容降败残兵，付船送还原籍者，计有八千人。本总督素闻声名，不嫌直告。顺逆之理，维阁下审计之』。永福得书不从，复曰：『中日两国同隶亚洲之土，讲信修睦，载在盟府。不意贵国弃好寻仇，侵我疆域。中国宿将雄师，亦昭忠义，而兵机有失者，李鸿章之误尔。自古兴国之人，必先施仁布泽，而后可以得民心，而后可以感天意。刻下台北时疫大作，贵国兵队病故者多。民情不附，天灾流行，已可概见。而阁下犹不及时省悟，余甚惑之。余奉命驻守台湾，义当与台存亡。来书谓余背戾圣旨，又何见理不明也。夫将在外君命有所不受，况台南百姓遮道攀辕，涕泣请命。余既不敢忘「效死勿去」之语，又何忍视黎庶沈沦之惨？爰整甲兵，以保疆土。台南虽属边陬，然部下数十营，皆经战敢死之士；兼之义民数万，粮饷既足，军械亦精。窃以天之不亡台湾，虽妇孺亦知之。阁下总督全师，为国大将，雄才卓识，超迈寻常，何不上体天心，下揆民意，撒回军旅，归我台北。不唯台湾百姓感戴不忘，而阁下大义昭然千古矣』！资纪知不可说，遂进兵。
初，吴汤兴起兵苗栗。因饷事，与知县李烇龃龉，飞电告急，彼此各执一辞。永福惶惑，令幕僚吴彭年率七星旗兵七百往，利瓦伊义副之。至彰化，台湾府知府黎景嵩请以维义援头份，彭年亦趣赴苗栗。六月二十日，日军攻头份，新楚军副将杨紫云战殁，维义败回。日军攻苗栗，前敌诸军请济师，永福苦无以应。初，台南独立之时，道库仅存银七万余两，府库亦六万余两，乃设官票局，权发钞票，以庄明德理之。一时市上流衍，南北洋大臣各派员视师，谋接济，且有俄人愿任保护之语。四川举人张罗澄寓书永福，请力守，将借韩藩外兵以援。然迫于盟约不成，而饷匮械绌，唯闽、粤总督各贻旧枪一二千杆、弹药数万粒而已。税务司麦嘉林请设邮政局，未旬日而征银五千余两。二十日，责议院筹饷，咸束手无策。而前敌乞援急，乃搜括八千两与之。再令幕僚罗绮章渡厦，吁援各省，辞甚哀痛。
二十八日，日舰三舰窥台南。向午，一舰近安平，开两炮而去。七月朔，复窥枋寮，已而至布袋嘴，以斥候上陆，诘永福所在。总兵谭少宗戍此，未敢战。旬日以来，游弋台南，沿海戒备。盖欲以牵制永福而力扑大甲溪也。先是彭年援苗，急就地召募，未成。二十日，日军破苗栗，李烇奔梧栖港，走福州。维义败回，猝率所部拒战，吴汤兴、徐骧助之，稍胜。初四日，日军以山根支队进攻，大队继之。管带袁锦清、林鸿贵皆战死，吴、徐退守府治。彭年驻兵牛骂头，将扼大甲溪，而募勇夜哗，撤回彰化，电告永福济师。彰化为中路重邑，举人施菼、贡生吴德功设筹防局，谋战事。永福檄安平知县忠满援之，满不可。遣人说永福出战，而己居守。永福怒，以郑文海知县事。乃率四营往，逗留不进。吴汤兴所部索饷，环府门而哗。知府黎景嵩不能制，请彭年兼统之，再电济师。永福疑其规避，不听。而日军巳迫大肚溪矣。城僚议弃城，彭年止之，再电闻。令曰：『兵来御之，死守无恐』。乃移驻城外。次日，遇日军结筏渡溪，徐骧拒之，伏丛莽中狙击。日军将济，而李邦华亦率乡勇数千至。然日军野炮甚厉，死者千余人。吴汤兴、沈仲安来援，截日军为二，击退之。次日，再战于李厝庄，小胜。将夺大甲，而谍报葫芦墩危，提督陈尚志战死。彭年调彰化知县罗树勋援之，会于头家厝庄。庄豪林大春、赖宽预设国姓会，连络数十社，率子弟千人助战，相持一日夜，终不敌。初五日，府城陷，树勋收兵回。而日军亦绕过北投，分两队，以川村为左翼，山根为右翼，进攻彰化。彰城小如斗，八卦山在其东，俯瞰城中，山破即城亦破，故建垒其上。晚，旱雷兵二百自南至，欲布雷于溪畔，而旱雷自海运鹿港，缓且不及。翌日，彭年誓师，以王得标率七星旗兵三百守中寮，刘得胜率先锋营守中庄，孔宪盈守茄苳脚，李士炳、沈福山各率所部守八卦山。初九日黎明，日军以一中队涉溪，迫黑旗营；又以一中队击其背。彭年开壁出，而别队已直捣八卦山。吴汤兴、徐骧拒战，力竭弹罄，汤兴死焉。彭年回军救，率众夺山，中弹死，李士炳、沈福山、汤人贵皆殁，死者几五百人。景嵩、树勋各微服逃，日军入城。
初十日，日军陷云林，进据大莆林。别以一军略埔里社，锋锐甚。永福赴曾文溪筹防。黄荣邦、林义成、简成功及子精华均受抚，愿效死。十一日，副将杨泗洪率镇海中军及格林炮队取大莆林，义成、精华各以所部数千助战。日军北，泗洪追之，中炮死。管带朱乃昌力战，夺尸归，反身再斗。而日军山炮队至，声震山谷。台军伏蔗林中以战，左右奋击。日军退。乃昌麾兵径取大莆林。遥见火光烛天，声喧甚，询之，则荣邦、义成来援也。乘势入大莆林，杀伤过当；乃昌亦血战死。永福令都司萧三发率福军前敌代泗洪，以银三千两犒军。十三日，檄成功统义军。守备王得标、嘉义知县孙育万会师，与精华之兵合克云林。日军入山，遇覆歼焉。又败之于芦竹塘。十六日，三发趣诸军取彰化，自