，卢自鑅知凤山，孙育万知嘉义，欧阳萱知恒春。又以代理安平知县忠满兼护府道之印。惟台东直隶州胡传、南雅同知宋维钊仍旧，余悉失去矣。全台岁入正杂各项，计银三百七十余万两，而藩库尚存六十余万两。然自军兴以来，糈饷浩大，旋奉部拨五十万两，南洋大臣张之洞奏请续拨壹百万两，划交驻沪援台转运局，以资接济。犹恐不足用，林维源首捐一百万两，息借民间公款二十万两。而富商巨室倾资助军者，为数亦多。苍头特起，各备饷械。于是花翎侍卫许肇清起于鹿港，附生吴汤兴起于苗栗，徐骧、姜绍祖起于新竹，简精华起于云林，所部或千人，或数百人，皆乡里子弟愍不畏死者。而粤人吴国华、庞大斌各致其党，分乘小艇入援。部署甫定，而日军至矣。
烟台换约之后，日廷以海军大将桦山资纪为台湾总督。而清廷亦以李经芳为委员，至台授受。闻独立，不敢登。是日会于基隆舟次，立约二条：一曰：『台湾全岛及澎湖列岛各通商口岸并在府、厅、县之城垒、军库及官业，概让日本；二曰：台湾至福建之海底电线，他日两国政府别行商议管理。而台湾划归矣。当是时日廷以近卫师团长能久亲王率师伐台，次中城湾。以少将东乡平八郎为海军司令官，大佐福岛安正为陆军参谋，率浪速、高千穗两舰赴淡水，就英舰询台事。炮台击之，乃驶去，游弋基隆。初六日，攻金包里，以缀台军。而第一旅团长川村景明潜由鼎底澳上陆。总兵曾喜照戌此，未战而溃。初七日，越三貂岭。景崧闻警，命吴国华率粤勇七百趣援。初八日，亭午，遇于瑞芳，接战小胜。景崧复命胡连胜、陈柱波、包干臣各率军助战。诸弁不和，退走基隆，而日军又进矣。基隆为山海险要，炮台在焉。提督张兆连率四营、通判孙道义领二营辅之。日军以度岭之艰，持粮步行。初九夜至基隆，两军互战，各死伤。国华不能支，拔队退。兆连冒雨至，黎明吹角，列阵再战。而日舰松岛、千代田、浪速、高千穗开炮击岸上，兆连被困，亲兵死伤略尽。陈得胜、曾喜照陷阵救之。得胜战死，喜照亦殊伤，炮台遂陷。
十三日，日军以一大队迫狮球岭。台人请景崧驻八堵，为死守计，不从。营官李文魁驰入抚署，大呼曰：『狮球岭亡在旦夕，非大帅督战，诸将不用命』。景崧见其来，悚然立，举案上令架掷地曰：『军令俱在，好自为之』。文魁侧其首以拾，则景崧已不见矣。景崧既入，携巡抚印奔沪尾，乘德商轮船逃。将出口，炮台开炮击之；适德兵舰泊附近，以其击已船也，亦开炮击。当是时溃兵四出，劫藩库，焚抚署，土匪亦乘发，斗死者五百余人，哭声满巷。如是两昼夜。林维源、林朝栋、邱逢甲相率去。艋舺绅士李秉钧、吴联元、陈舜臣等议弹压，而无力可制。往商大稻埕李春生，请赴日军求镇抚，无敢往者。鹿港辜显荣在台北，见事急，目赴基隆，谒总督，请定乱。许之，日兵遂进。十四日夜半至城外，城兵犹守战。黎明乃陷。十五日，川村景明入台北，以骑兵略淡水。十八日，能久亲王至。二十一日，总督桦山资纪亦至，遂开府于此，以理军民之政。
台南既闻台北之报，议奉永福为大总统。不从。请移驻郡治，强之乃许。设议院于府学，以举人许献琛为议长，廪生谢鹏翀、陈凤昌等为议员。郎中陈鸣锵为筹防局长。士民上书论战者项背相望，乃议防守之策。以知州刘成良统福军驻旗后炮台，提督陈罗统翊安军备四草湖，中军游击李英统镇海军备白沙墩，周明标、张占魁两营驻喜树庄，都司柯壬癸统格林炮队，合郑超英、周得启、孔宪盈各军防安平；是为海口之防。以副将袁锡中统镇海后军驻卑南，参将吴世添统练军驻郡城；是为内地之防。其勇营则总兵谭少宗之福字前军、总兵利瓦伊义之新楚军、副将杨泗洪之镇海中军、副将吴光忠之忠字防军、都司萧三发之福军前敌、都司邱启标之台南防军、守备王德标之七星旗队、知县忠满之忠靖营、知县刘光明之左右军，其义民则进士许南英之台南团练、吴汤兴之新竹义军、林得谦之十八堡义军。于时土匪颇发，辄招抚之。各乡均办保甲，沿海亦练渔团，助守望。
日军既得台北，徇属邑。以一军取宜兰，一军攻新竹。二十日，陷南雅，余得胜率隘勇降。夜半，义军猝至，伏险以击，坊城队退据娘仔坑，而围之愈急，弹尽粮罄，者过半，得援始免。其取宜兰者，以二十一日至头围，二十九日入县治。
闰月朔，日军至凤山溪，义军要击之。战至暮，新竹遂陷。大小凡二十余战，北埔富民姜绍祖死焉。
初三日薄暮，日舰二艘窥安平，傍英、德兵船停泊。炮台击之，乃北去。
十二日，桦山资纪介英人移书永福解兵。书曰：『自从客岁构兵以来，我军迭战迭胜。贵国简使议和，订约数款，台湾及澎湖列岛皆为贵国所割让。授受之后，本总督开府台北，抚绥民庶，整理庶务，凡百就绪。迩闻阁下尚踞台南，慢弄兵戈。适会全局莫定之运，独以无援之孤军，防守边陬之危城，大势之不可为，不待智者而知矣。阁下雄才大略，精通公法，然而背戾大清国皇帝之圣旨，徒学愚顽之所为，窃为阁下不取也。阁