化陈周全起事，北路同知朱慧昌、鹿港营游击曾绍龙、副将张无咎、署知县朱澜等均死。总兵哈当阿以兵平之。七月，淡水大水。
嘉庆元年秋，大风雨，晚稻多损。诏曰：『台湾地临海洋，飓风常有。此次风势猛烈、致损禾稻，刮倒房屋，压毙人口，殊堪悯恻。哈当阿等务当查明成灾分数，应行蠲缓之处，据实奏明办理。其坍场民房，照例给与修费。总期使得其所，不可靳费。所有应需赈恤银两，即于藩库内拨解，以资接济。至台湾全藉晚收以资口食，今猝被飓风，粮价未免增长。此或由朕政事有阙或愚民等平日不能共敦淳厚，感召祥和，致有此灾。此时断不可稍存怨尤之念，惟当省过学淳。且风灾过后，勤于耕种，来春仍可稔收，尤当及时力作，不可稍有怠惰。再，福、兴、漳、泉四府夙藉台米接济，今台湾既被风灾，目下仅堪自给。明岁春收后，或米谷充盈，可以运售内地，固属甚善；倘无余米可运，当于各属丰收之处，豫为筹备。并劝令百姓等撙节衣食，家有储蓄，不可再将米谷酿酒花费，致鲜蓄藏。豫为明岁之备，有无相通，随时运贩，以期民食有资，方为妥善』。于是拨解藩库二十万两分恤，并留应运内地兵谷三万四千余石以备赈粜。漳人吴沙入垦蛤仔难，至者日多。
二年，淡水杨兆谋起事，知府遇昌、同知李明心诛之。
三年。
四年，诏蠲乾隆六十年以前未纳正供。
五年冬十月，诏禁天地会及分类械斗。
六年。
七年春，小刀会白启谋起事，诛之。
八年夏六月，海寇蔡牵犯鹿耳门，诏以福建水师提督李长庚平之。自是迭犯台湾。
九年，彰化社番土目潘贤文率族至蛤仔难，与汉人争地。
十年夏四月，蔡牵复犯淡水。十一月，入踞鹿耳门，山贼吴淮泗、洪老四应之。十二月，陷凤山，府治戒严。
十一年春二月，淡水漳泉械斗，巡道庆保平之。蔡牵攻蛤仔难，败走，巳而朱濆亦犯苏澳，海上俶扰。至十四年八月乃平。诏曰：『台湾所属各地方，兹因蔡牵肆逆，间被滋扰。现在官兵云集，即日歼除。惟念贼氛所至，小民耕种未免失时，深为厪念。着该督抚查明被贼蹂躏地方，将本年应征地丁钱粮，概行蠲免。以示朕轸念海隅黎庶之至意』。
十二年，淡水增建义仓。
十三年，设水师游击于艋舺，兼管水陆弁兵。
十四年夏五月，诏曰：『噶玛兰田土膏腴，米价较贱，民番流寓日多。若不官为经理，必致滋生事端。现在检查户口，漳人四万二千五百余丁，泉人二百五十余丁，粤人一百四十余丁，又有生熟各番杂处其中。该处居民大半漳人，以强凌弱，势所不免。必须有所铃制，方可相安无事。其未垦荒埔，查明地界，某处令某籍民人开垦，某处令某社番耕作，尤须分划公平，以杜争端。至所设官职，应视其地方之广挟，酌量议添。或建为一邑，或设为分防厅镇，俱无不可。唯台湾窵处海外，诸务废弛。今方维甸到彼，于地方营伍，力加整顿，酌改章程，若地方官谨守奉行，自可渐有起色。第恐日久生懈，且该处俱系漳、泉民人杂处，素性强悍，总须时有大员前往巡阅，使知儆畏。嗣后福建总督、将军，每隔三年，轮赴台湾巡查一次，用资弹压』。是月，淡水漳、粤与泉分类械斗，知府杨廷理平之。
十五年春三月，总督方维甸至台湾。四月，奏请收入噶玛兰，许之。越二年乃设噶玛兰厅。
十六年。初，台湾岁运福建兵眷米谷，至是积滞。总督汪志伊奏请雇船自运。夏六月，淡水高夔起事，平之。十八夜，凤山东港海中发火，既而大风，火从小琉球屿来，居民惶恐，热气蒸人，数刻乃退，不叶尽焦。
十七年春二月，澎湖饥，诏命镇道发帑赈恤。
十八年，诏禁阿片烟入口，犯者按律治罪。秋七月，澎湖大风，海水骤涨五尺余，坏屋覆船。
十九年春正月，诏曰：『闽省牌甲保长，所有缉拏人犯，催征钱粮，此后毋庸再派管理。至稽查户口，即当予以纠察之权。三年之后，果有成效，加以奖赏。其怠玩者，随时革究。而畬民熟番，久与齐民无异。自当一律办理』。
二十年秋九月，地大震；淡水尤烈，匝月不止。十二月，淡水雨雪，坚冰寸余。
二十一年，移鹿港巡检于大甲。
二十二年，淡水始建学宫。移彰化训导于竹堑。八月，澎湖大风。
二十三年，彰化知县杨桂森议罢台运，省议不可。三月，郡治天后宫火。
二十四。
二十五年，海寇卢天赐犯沪尾，游击李天华逐之，受伤死。夏，淡水大旱。秋，疫。
道光元年夏四月，海寇林鸟兴犯沪尾，逐之。
二年夏六月，大风雨。七月，又大雨，曾文溪决，泥积台江，遂成平陆。
三年春正月，地大震。七月，噶