施世骠伐台。六月，克鹿耳门，迫府治，一贵战不利，被擒，械至京，磔之，余党亦渐平。八月，大风坏民居，天尽赤，军民多溺死，诏蠲征谷，发帑赈恤。时廷议移台镇总兵于澎湖，而设陆路副将于府治，裁水陆两中营归内地。廷珍力争不可，为书满保止之，提督姚堂亦以为言，乃罢议。特命满汉御史各一员，岁巡台湾，察民疾苦。
六十一年夏五月，御史吴达礼、黄叔璥至自京师。满保以沿山一带易藏奸宄，命附山十里以内民居勒令迁徙，自北路起至南路止筑长城以限之，深凿濠堑，永以为界，越界者以盗贼论。廷珍复上书止之，乃饬沿山各隘立石为界，禁民深入。是年阿里山、水沙连各社番皆就抚。夏，凤山赤山裂，火光丈余。
雍正元年。诏曰：『台湾自古不属中国，我皇考神武远屈，拓入版图。末年朱一贵倡乱，攻陷全台。诸臣夙秉方略，士卒感载教养之恩，七日克复。当皇考春秋高迈，威播海外，所有立功将士，其各加等议叙』。于是增设彰化县及淡防厅，升澎湖巡检为海防同知，添置防兵，以守南北。而台湾之局势渐展矣。是年傀儡番乱，讨之。
二年，诏蠲康熙十八年至五十年各省旧欠银米等项。给台湾换班兵丁家眷口粮。是年，初修诸罗县志成。
三年，诏豁番妇丁税。
四年，初，台湾之盐，归民晒用，但征其饷；至是改为官办，归府管理。秋七月，水沙连番乱，兵备道吴昌祚会营讨之。
五年，诏饬福建将弁慎选台湾换班兵丁。巡视台湾御史尹秦奏立社田，以为番人耕种收猎之所，其余草地悉行召垦。诏可。其后复有禁占番地之令。时廷议以台厦道职重事繁，着汉御史兼理提督学政。
六年，改台厦道为台湾道。台湾镇总兵王郡奏言：推班兵丁，内有字识、柁工、缭手、斗手等人请就地招募。不许。
七年，诏给台湾戌守兵丁养赡，每年四万两。二月，山猪毛番乱，总兵王郡讨之。
八年，诏巡视台湾御史新旧并用。又令调台官员到任二年，该督抚另选贤能赴台协办，半年之后乃将旧员调回。
九年冬十二月，大甲西社番乱，总兵吕瑞麟讨之。
十年春三月，凤山吴福生起事，攻埤头。守备张玉战死。原任总兵王郡率军平之。
六月，总督郝玉麟调吕瑞麟回府，檄王郡讨大甲西社番，平之。
同年，诏蠲彰化县雍正八年未收正供等项；以凶番初平，稍纾民力也。大学士鄂尔泰奏言：台湾居民准其挈眷入台，从之，于是至者日多，皆有关田庐长子孙之志矣。
十一年，诏免台湾府属庄租十分之三。总督郝玉麟奏准台湾道员准照镇协之例，三年报满，知府、同知、通判、知县即照参将等例，具奏升补。
十二年，总督郝玉麟奏准调台官员年逾四十无子者，准其擎眷过台。
十三年，诏蠲各省正供及官租三分之一，以高宗登极之典也。冬十月，眉加腊番乱，副将靳光瀚、同知赵奇芳讨之。十二月，诸罗湾裹街地大震，坏民居；恤银三千两。
乾隆元年，诏以台湾四县丁银悉照内地之例，酌中减则，每丁征银二钱，着为例。颁书院规训。禁内地人民偷渡台湾。
二年，诏减台湾番饷，着照民丁之例，每丁征银二钱。禁汉番通婚。
三年，诏曰：『台地如有人民不法等事，嗣后许令武员移送地方官究治。如兵丁生事滋扰，许文员关会营伍责惩。如有彼此推诿者，照例罚俸一年。并饬令各该地方汛防员弁实力奉行，彼此按月稽查，取具并无兵民滋扰印结，转报该上司查核。如或有意徇纵，即将地方官照徇庇例议处』。二月，始设北路义胜、永胜二寨。秋、台、诸二县风灾，诏蠲丁粮。
四年，定台湾举人会试取中之例，从御史诺穆布之奏也。建校士院。禁汉人侵垦番地。
五年，禁台湾居民击眷入台。初，换班兵丁例由台、诸两县官庄支发路费，至是改由福建。闰六月，大风雨，四日始息，盐水港灾尤烈。发帑二百两以赈。
六年，巡台御史书山、张湄奏建府仓，备荒歉；从之。
七年，诏曰：『台湾地隔重洋，一方孤寄，实为数省藩篱，最为紧要，虽素称产米之区，迩来生齿倍繁，土不加辟，偶因雨泽愆期，米价即便昂贵。盖缘拨运四府及各营饷之外，内地采买既多，并商船所带，每年不下四、五十万；又南北各港来台小船，巧借失风名色，私装米谷，透越内地。彼处概给失风船照，奸民恃为护符，运载遂无底止。且游手之徒，乘机偷渡来台，莫可究诘。闻此项人等，俱从厦门所辖之曾厝埯、白石头、大担、南山边、刘武店及金门之料罗、金龙尾、安海、东石等处小口下船。一经放洋，不由鹿耳门入口，任风所之。但得片土，即将人口登岸，其船远棹而去。愚民多受其害。况台湾惟藉鹿耳门为门户，稽查出入，今任游匪潜行往来，海道便熟，将鹿耳门亦难恃其险要，殊非慎重海