商船赴台贸易者，须领照，准其梁头，配载米谷，谓之台运，其事由厦门海防同知司之。福建水陆官兵五十营，与驻防旗兵不下十万，岁征粮米，唯延平、建宁、邵武、汀州、兴化五府产米之区，足给兵食；而福州、福宁、泉州、漳州四府则兵多米少，协济犹不足，半给折色。督标金厦、漳镇、铜山、云霄、龙岩、南澳诸营，且有全折者。雍正间，先后奏请半支本色，以台湾额征供粟内拨运，谓之兵米。嗣增戍台兵眷米，亦以台谷运给。于是台湾岁运福建兵眷米谷八万五千二百九十七石，遇闰加运四千二百九十八石。乾隆十一年，巡抚周学健奏定分配商船，运赴各仓。此台运之由来也。
台湾商船，皆漳、泉富民所造，渡海贸易，以博赢利。一时商务繁盛，故皆急公乐运。自五十九年水灾之后，械斗又起，续以蔡牵之乱，骚扰海上，军兴几二十载，漳、泉之民困焉，台湾亦然。百货萧条，泛海日少，于是台谷不能时运。而福建兵糈孔亟，厅县皆借用备储，而仓谷空矣。商船大者载货六、七千石，小亦二、三千石。定例梁头宽二丈以上者配运一百八十石，一丈六尺以上者一百三十石，石给运费六分六厘。初无所苦，既而仓吏多方挑剔，迁延时日，而民货一石运费三钱，或至六钱，多于官运者数十倍。夫谁肯乐为哉？且台船载货，多赴宁波、上海、胶州、天津，远至盛京，然后还闽。往返数月，官谷在舱久，惧海气蒸变，仓吏不收，故多私易银买货，其还也亦折色交仓。不可，乃买谷以应。官吏特以为利，久之遂成陋规，如江、浙之漕焉。嘉庆十四年，总督方维甸以台谷积滞，奏开八里岔港，与鹿耳门、鹿港一律配运。于是鹿耳门应运四万九千余石，鹿港二万二千余石，八里岔一万四千余石。
初，部议按照梁头，每船配运自一百石至三百石而止。乾隆三十七年，详定糖船应配百六十石，横洋船八十石。四十八年，又奉部议逢闰加运。及开二口之后，议定鹿耳门糖船配三百六十石，横洋船百八十石；鹿港之厦船亦百八十石，蚶江船百四十石，盖以蚶船较小，而八里坌渔船之渡海者，亦令配运，自三十石以至八十石。然有司奉行不谨，商人又巧为规避，而台谷之积滞犹故也。十六年，总督汪志伊奏请自运，饬厦门、蚶江两厅封雇商船二十艘，每艘各载一、二千石，照例给费。每石别给银二分，派丞倅、游守各一员监运，以三回运归十万石。二十二年，复雇运七万。商人虽勉强应命，而台湾一闻专运，米价跃贵，民食被害。彰化知县杨桂森议请改征折色，奏罢台运。省议不可。鹿港卢允霞闻之曰：『此奇货也』！谓所善商人：『我能革陋规』！众信之，以为谋主。设馆，征各船户钱为讼费；然郡中及泉、厦商船未从也。二十五年，巡道叶世倬至鹿港，谂商困，归欲革之，议造官船自运，以语台湾县姚莹。莹曰：『未可，台谷岁十万石，舟以二千为率，当用五十艘。一般以五千为率，当费二十五万圆。弁兵、管驾、舵工、水手每舟不下数十人，岁费又数万圆。海舟驾驶，三年一修，费又数万。而重洋风涛不测，一有沉失，舟谷两亡。是漕艘之外，又增国家一病也』。世倬疑其有私。及为巡抚，力持前说，未及改制而去。巳而赵慎轸、孙尔准为督抚，患商运不前，命台湾府方传穟筹之。传穟以鹿港口门淤浅，商舶不至，道光四年，乃开五条港以利出入。而是年奉旨运米十四万石至天津，免配兵谷者六十艘，配运之船益少。传穟曰：『今虽极力疏通，不足运本年之额。计来岁积欠当十万以上，势又必需雇运，然非善策也。重洋险阻，岁有漂沉。平时配运祗百余石，糖市倍之。失水责偿，为数无多，故行之可久。若雇船专运，每船何止十倍。设有不虞，官商难赔。虽前已三次行之，而未可恃也。昔时商本丰厚，船料坚固；今则商船薄小，沉碎较多。民间买货千石，犹必分寄数船，以防意外。而官谷岂可不重乎？积谷十三万，用船六、七十艘。厦、蚶二厅雇拨，当为四起，或五、六起。每起必有文武正副委员护送，弁兵供应犒赏，取诸四县，赔累已甚；而内地各仓，既失商运之利，则必多所挑驳。此累之在官也。官谷运费，每石六分六厘，较之民货，仅为十分之二；每船以二千石为率，船户仅得运银一百余两，不敷费用。其船本及修整蓬索、桅碇之需，皆于何出？每逢雇运，行商及通港之船，皆科派津贴，而商户仍不免赔。此累之在商也。台湾三口，来往商船祗有此数；既运积谷，则明年新谷必有短配。是疏积欠，反增新欠，亦非计之得者。况台地近年米贵，一闻专运，市价忽腾。是官商既病，复以病民。计唯有渐停新谷，折色支放。请饬厅县查明积谷，照旧配运。其新谷悉易银，接中平市价，每石折番银一圆三角，分四季解至内地。有谷厅县领回，折放兵食。内地番银一圆可易制钱八百余文，以二谷一米计之，每米一斗可折放制钱二百文。俟积谷运竣，仍配新谷。再有屯积，亦可仿此而行，则免雇运之害，而台之积谷可清，内地之仓储可补矣』。慎轸韪之，而水师提督许松年以为不可。适卢允霞入京上控，求罢商运。事下督抚议。司道乃探杨桂森之说，停止商运，请台地供粟，半折本色，以给台营，半收折色，每谷一石征银一两