总兵官署：在台南府治镇北坊。康熙二十五年，总兵杨文魁建。乾隆五年，总兵何勉添筑土城，高一丈一尺，周三百三十丈，辟东西两门。
中营游击署：在台南府治镇北坊。
左营游击署：在台南府治镇北坊。光绪元年，移驻恒春。
右营游击署：在台南府治镇北坊。光绪元年，裁。
城守营参将署：在台南府治镇北坊。
道标营都司署：原镇标右营游击署。
南路营参将署：在凤山县治。
北路营副将署：在彰化县治县署之东。雍正十一年建，乾隆五十三年重建。
噶玛兰营都司署：在宜兰县治。原守备署，嘉庆十八年，守备黄廷耀建。
镇守澎湖水师总兵官署：在妈宫城内，原水师副将署。
左营游击署：在妈宫城。
右营游击署：在妈宫城。
安平水师副将署：在安平镇，乾隆五年，副将王清建。
中营游击署：在安平镇。
左营游击署：原在安平镇。乾隆五十三年，移建鹿港北头。六十年，毁，改建于土城内。
右营游击署；在安平镇。
艋舺水师参将署：在艋钾。原淡水营都司署，嘉庆十三年建。
局所
全台团练总局：在台南府治。咸丰三年设。自后凡有军事，则开办焉。法人之役，台北亦设，各厅县皆设分局。
培元总局：光绪七年，台湾道刘璈改团练总局为培元总局，仍委绅士理之，以办地方公事。法人之役，复为团练。
全台筹防总局：一在台北府治，一在台南府治，均光绪十年设，二十年复设。
保甲局：各府厅县皆设，无事之时则办冬防。
台湾通商总局：在台湾道署。咸丰九年设，以办通商事务。光绪十三年，台北亦设此局，归布政使督办。
全台清赋总局：一在台南府治，一在台北府治，均光绪十二年设。各厅县皆设分局，十八年事竣，裁撤。
全台抚垦总局：在淡水县辖大嵙崁。光绪十二年设。各地多设分局。
转运局：在上海。光绪十年设，委苏松太道办之，以理台湾军械饷项转运之事。
支应局：在台北府治。光绪十一年设，由布政使督办，而台南设分局。
捐输局：在台北府治。光绪十一年设，由布政使督办，而台南设分局。
善后局：在台北府治。光绪十二年设，由布政使督办，以理战后之事。
招垦局：光绪元年设于厦门、汕头、香港，以办闽粤人来台开垦之事。
招商局：光绪十二年设于新嘉坡，以办南洋华侨来台经营之事。
铸钱局：在台南府治东安坊，康熙二十四年设，后裁。
官银号：同治二年设于沪尾，以收解关税。其后旗后、安平、鸡笼以次开办。
官银局：在台北府治，光绪十六年设。
台南官票局：在台南府治，光绪二十一年设。
法审局：在台北抚署内，光绪十二年设。
官医局：在台北考棚内，光绪十二年设，十七年裁。
军器局：在台北大稻埕，光绪十一年八月设，翌年十月竣工，费款十二万余圆，以记名提督刘朝干为总办，聘德国工师以制军器。
电报总局：在台北府治，光绪十二年设，各地多设分局。
厘金总局：在台北府治，由布政使督办。先是通商之后，奏设厘金局于沪尾、安平，以征各贷厘金。其后各处添设，计有三十八分局。
烙号局：同治五年设于沪尾、安平，以烙阿片之号，而征其厘，归道督办，其后改由商人揽办。
金沙局：在基隆厅辖瑞芳，光绪十七年设。而暖暖、六堵、七堵、四脚亭、顶双溪各设分局。
脑磺总局：在台北府治，光绪十三年设，由巡抚督办。而大嵙崁、彰化、恒，春、宜兰各设分局。其外又设支局。十七年，改归抚垦局兼办。
煤务总局：在基隆，光绪五年设，聘用西人，以机器开探煤炭。
磺油局：在苗栗县治，光绪十三年设，十七年裁。
铁路总局：在台北府治，光绪十三年设。
军装局：在台北府治，光绪十一年设，而台南设分局。
火药局：在台北大隆同庄，光绪十二年设；而台南在小北门外。
水雷局：一在沪尾，一在基隆，均光绪十二年设。
硝药局：在台北大稻埕，光绪十二年设，归军器局兼办，以自制火药。
伐木局：在台北大稻埕，光绪十二年设，归军器局兼办，以机器切锯材木，配售上海，并为铁路枕木之用。