门：在南雅厅治，光绪十二年，帮办抚垦林维源就其别庄暂用。
分巡台澎道署：在台南府治西定坊，康熙二十三年，巡道周昌建。
台南府：在府治东安坊，原台湾府署。雍正七年，知府倪象恺就明承天府改建。
经历司：在府署东南。
台北府：在府治，光绪四年，知府陈星聚建。
经历司：在府署之南。
台湾府：未建，暂设彰化县治，以旧时北路理番厅署充用。
经历司：在府署。
台东直隶州：光绪十三年，南路抚民理番同知袁闻柝建。十四年秋，番乱被毁。十二月，知州吴本杰乃就故址之南畔详请筑垒，四围各宽三十丈。
台湾海防厅：旧在鹿耳门。雍正八年，移建台南府治西定坊。光绪十一年裁。今废。
淡水海防厅：原在竹堑士林庄。雍正二年，同知王汧建。乾隆二十一年，同知王锡缙移建于厅治。光绪元年，裁，暂充台北府署。
澎湖海防厅：原巡检署，在大山屿西澳，康熙二十三年建。
北路理番厅：原在彰化县治。乾隆五十三年，移鹿港。嘉庆二年，同知汪楠建于粟仓南畔。光绪九年，裁。
中路理番厅：在埔里社大埔城。光绪四年，总兵吴光亮建。
基隆海防厅：原基隆通判署。
南雅理番厅：在大嵙崁庄，光绪二十年建。
噶玛兰通判署：在厅治东街。嘉庆十八年，通判翟淦建。光绪元年，改为宜兰县署。
基隆通判署：在厅治。光绪元年建。十三年，改为海防同知署。
卑南州同署：在卑南庄，寄治于安抚军营内。
花莲港州判署：未建。
安平县署：原台湾县署，旧在台南府治东安坊。乾隆十五年，知县鲁鼎梅移建镇北坊。
典史署：在县署之右。
凤山县署：原在旧城。康熙四十三年，知县宋永清建。乾隆五十三年，移建今治埤头街。
典史署：原在旧城，后移治县署之右。
嘉义县署：原在佳里兴。康熙四十三年，移驻今治。四十五年，摄县事同知孙元衡建。乾隆二十七年，知县卫克堉重建。
典史署：在县署之右，雍正二年建。
恒春县署：在县治。光绪元年，知县周有基建。
典史署：在县署之右。
淡水县署：在台北府治，光绪四年建。
典史署：在县署之右。
新竹县署：在县治，光绪元年建。
典史署：在县署之右。
宜兰县署：原噶玛兰厅署。
典史署：在县署之右。
台湾县署：在府治新庄仔庄，光绪十四年建。
典史署：在县署之右。
彰化县署：在县治之中。雍正六年，知县汤启声建。林爽文之役，毁。乾隆五十三年，知县宋学灏重建。戴潮春之役，复毁。同治十二年，知县孙继祖再建。
典史署：在县署之右。乾隆十二年，典史朱江重建。
云林县署：原斗六门巡检署。
典史署：在县署之右。
苗栗县署：在县治，光绪十四年建。
典史署：在县署之右。
罗汉门县丞署：乾隆二十七年建，五十四年改为巡检署。
万丹县丞署：乾隆二十六年，移驻阿里港。
笨港县丞署：原在笨港。雍正十一年，移建于坂头厝。
下淡水县丞署：原下淡水巡检署。
头围县丞署：嘉庆二十五年，县丕朱懋移建于乌石港之南。
南投县丞署：乾隆二十四年，县丞张成器建。林爽文之役，毁。五十三年，县丞徐英重建。
新庄县丞署：乾隆五十五年建，后移驻艋舺。
大武陇巡检署：康熙间建。
佳里兴巡检署：雍正十年建。
新港巡检署：康熙间建。
斗六门巡检署：乾隆二十六年建，后改为云林县署。
鹿仔港巡检署：雍正六年建。
大甲巡检署：嘉庆十四年建。
猫雾捒巡检署：在犁头店，雍正十年建。乾隆五十三年重建。今废。
葫芦墩巡检署：光绪十一年建。
枋寮巡检署：光绪元年建。
竹堑巡检署：乾隆二十一年建。
八里坌巡检署：雍正十一年建，乾隆十五年风灾圯，移驻新庄。
罗汉门巡检署：原县丞署。
八罩巡检署：光绪十一年建。
镇守台澎