，贼人因得乘隙复相纠结，蚁聚成群，未得速就扑灭。常青到台湾后，务悉心调度，加之鼓舞。若能就现有官兵一鼓歼灭贼众，固属甚善；倘必须添兵接济，即遵昨降谕旨，一面具奏、一面飞调内地暨粤省附近兵丁应用，以期妥速蒇事。若贼匪本不甚多，竟系绿营官弁增数谎报，必当据实严参示儆，勿稍回护』。
二十九日（丁卯），谕军机大臣曰：『刘志贤一犯，前有旨令该督等派员解京审办。今既据讯明无紧要情节，业已先行斩枭；自因未接前旨，如此办理。但该犯身充县书，受贼伪职，其子嗣未便宽宥；即不至拟以重辟，亦当发往伊犁给厄鲁特为奴，以示惩儆。着常青于抵台湾后，即查明遵照办理。又据前奏：海坛官兵赴台湾剿贼，船至澎湖洋面陡遇狂风，淹毙各员弁、兵丁等；殊堪恻悯！着常青查明，照例咨部分别议恤。其受伤病重者，即酌量加赏，用示轸恤。再，前因徐嗣曾等以覆奏事件由六百里驰奏，徒劳驿递；曾降旨饬谕。但现在尚未扑灭，着传谕徐嗣曾：如目下得有剿贼捷音及紧要信息，仍当由六百里迅速驰奏；其寻常覆奏事件，即遵前旨不必纷纷驰递，以省邮传。至李侍尧由京赴闽，仅于浙江途中拜折一次。虽该督到泉州、厦门尚须时日，然此时自早入闽境，接见属员及阅看禀报，于近日剿贼情形亦必得有信息，即当于入境后随时具奏；何以未见只字提及！岂该督竟不知朕悬盼军报，宵旰焦劳、无时或释耶』！
--以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百七十五。
三月己巳朔，福建水师提督黄仕简奏：『二月初三日，接任承恩咨称：「现在分兵进攻贼巢，需添兵力」；臣即飞檄徐鼎士带兵前赴鹿港剿捕，合计北路官兵共有七千名，足资剿洗。至南路贼伙虽迭被官兵剿杀，但岗山贼势尚属鸱张；现又派拨官兵由后路抄袭，与郝壮猷等会合夹攻，迅期殄灭。再，柴大纪拏获之伪官侯辰等五人槛解到郡，嗣因侯辰、吴映、张请先三名先后病危，当即正法。惟是台地办理多人，实恐不便；嗣后拏获之犯，应请解交督臣办理』。汀州镇总兵普吉保奏：『提臣任承恩前报林爽文潜回大里杙，势复猖獗；臣随于二月初七日自诸罗起程，带兵会剿。至大埔尾地方，有贼匪千余人迎拒；当即督兵攻剿，擒获贼目张贵等四名、杀毙贼人甚多。初十日，行抵鹿港，即将张贵等讯明正法。现与提臣任承恩整合兵力，筹剿贼巢』。谕军机大臣等：『此事初起时，柴大纪止能于扼要处所堵御，自不能进捣贼巢，悉数擒捕。今大兵云集，黄仕简惟安坐郡城，留兵卫己；且称台湾拏获之犯，本处不便办理多人，更不成话：即此足见其畏葸。任承恩亦以巡防堵御为词，分派弁兵零星打仗；俱不亲身会合，前往剿捕。似此办理，何时事了耶！从来用兵之道，合则势盛、分则力单；黄仕简、任承恩带兵前往，不特官兵不应零星分拨，即乡勇、义民等亦应加之鼓舞，俾与官兵团聚一处，庶伊等见军威壮盛，益加奋励，踊跃从事。乃该提督等如此漫无筹划，致兵气不能振作。倘义勇等稍有失利，其良善者即不至从贼，亦难望其仍前出力；其狡黠之徒甚或转为贼用，别滋事端，尚复成何事体！着将本日朱批普吉保各折，发交常青阅看。该督一到台湾后，即将交查黄仕简、任承恩迟误之处，详细确查；并本日批出情节，面加严审具奏，毋稍存回护。再，任承恩折内所奏各路之贼，动则数百至数千不等；而斩获贼匪首级不过一、二十颗，生擒者不过一、二名：看来皆不实在。并着常青一体严查，毋任朦混。又，昨据徐嗣曾委员将受贼伪职之逆犯高文麟等三名解到，令军机大臣研审，究出林爽文等与通事杜美有勾结生番、希图将来窜匿内山等事。着将原审奏片发交常青阅看，令其严密搜查；勿致首要各犯遁入内山，致稽显戮。事竣后，即将内外界址重加勘定，以期周密，不致再滋事端。其平日防守疏虞之文武员弁，一并查参；并将杜美一犯严拏务获，解京审办』。
初四日（壬申），谕军机大臣等：『前以贼匪不过乌合之众，无难立时扑灭；是以曾谕常青到台湾后，即令任承恩来京，常青在彼督同黄仕简办理搜捕事宜。今任承恩、黄仕简并不带兵前进，甚不如前，竟不可恃矣；即如常青折内所称「贼匪退守巢穴，于诸罗之斗六门、大里杙等处群聚滋扰，任承恩所带之兵势觉单薄」。又李侍尧奏称：「现在两提臣南北两处信息，虽已从海边彼此知会，而腹地道路尚未相通」等语。贼匪既团聚斗六门、大里杙等处，两提督如果彼此知会，奋勇夹攻，军威壮盛，自可迅捣贼巢；何至贼匪得负嵎团聚，文报尚从海边知会！伊二人观望迟误之咎已无可解免，屡经降旨交常青到彼严查参奏。该督此折自系未接谕旨时所发；计目下该督已可到彼，务宜遵照秉公严审，据实具奏，不可稍事姑息。至一切剿贼善后事宜，全在常青妥协经理；该督须于奋勇之中加意持重，以期克期蒇事，慰此廑怀。其兵丁接应口粮及稽查内地各口岸，亦系要务；李侍尧向能办事，自能就近妥办，不至贻误。所奏台湾军务既由常青专折具奏，李侍尧即不复由驿驰奏；所见甚是。自应如此，以省驿马之劳』。
初五日（癸酉