察邪教之督、抚及文武大小员弁彻底查明，据实参奏。其办理杨光勋一案，将「天地」二字改作「添弟」字样之台湾地方官，其咎更重；并着确查严参，以示惩儆。至许阿协供出勾引入教之赖阿边等犯俱籍隶漳州，该督等俟台匪办完后，即饬属严缉务获，讯明党羽，按名究办；毋任奸徒漏网』。
初七日（乙巳），调任湖广总督、仍办台湾军务常青奏：『贼匪于十二月三十、正月初一等日分路攻逼郡城，经镇、道等督率弁兵义勇协力剿杀，毙贼甚多。又，台湾府知府，现饬福州府同知杨绍裘署理』。谕军机大臣等：『此次与贼打仗，文武官弁及兵民义勇人等协力剿杀，奋勇得胜，保护郡城，实属可嘉！俟常青抵台湾于剿捕完竣后，查明实在出力人员，分别奏请交部议叙。所有义民乡勇激发公义、协力剿贼，尤堪嘉奖；仅令地方官分别奖赏，尚不足以示鼓励。着常青于抵台湾后，查明各义民乡勇内如系务农经商生理者，即酌免交纳赋税；若系首先倡义绅衿本有顶带者，即开列名单，奏明酌予职衔，以示优异。至黄仕简、任承恩于正月初四、初六前后抵台，迄今已一月有余，何以尚未据奏报剿贼消息？该提督等系专阃大员，抵台湾已久，即待厚集兵力克期进攻，亦应将贼匪情形随时奏报；乃至今总无消息，所办何事？黄仕简、任承恩着传旨严行申饬。看来黄仕简、任承恩全不谙事理轻重缓急，且彼此俱系提督、不相统摄，竟有互相观望之意，于剿捕事宜不能得力。近来常青屡次奏报甚有主见，筹办一切颇合机宜；此时李侍尧自已抵泉州，常青交印后，即速渡台湾，督同黄仕简等剿捕贼匪，务将贼首林爽文、王芬及此外有名头目擒拏解京，尽法惩治，不可任其逸入内山。原任山东按察使杨廷桦曾任台湾道，且在闽省年久，于该处情形自所熟习；其获咎因监犯越狱，究非私罪可比。前已有旨，交与李侍尧带往差遣委用；现值用人之际，即着杨廷桦补授台湾府知府，仍带革职留任。并传谕常青：俟李侍尧到后，即令杨廷桦渡台湾接印任事』。
又谕曰：『闽省匪徒私行倡立天地会，已阅二十年之久。在其党者，自必随同抢夺；而被抢者，岂有甘心隐忍、不行呈控之理？乃从未见该督有查办会匪抢夺之案。若被抢之人呈控到案，该地方官又何所回护，竟置不办？其故殊不可解！且事历多年，其党羽必多。着李侍尧、常青均俟剿捕完竣后，李侍尧在闽省内地各属密访严拏、常青在台湾地方即速严行搜捕，毋得稍留余孽。仍应不动声色，妥协办理；并将此会究系起自何年？该省有无被抢控告地方官沉搁不办之案？确查参劾』。
初九日（丁未），福建巡抚徐嗣曾奏：『连日接据台湾镇、道具报，凤山贼首王启郎、曾锦等亦被拏获。该镇、道等又侦知贼匪于三十日分路来攻，豫为准备，杀贼数百名；游击蔡攀龙复督率民兵奋勇截杀，余匪逃散』。谕军机大臣曰：『王启郎、曾锦系凤山滋事贼首，与高文麟等四犯无异；既经拏获，着该督、抚等派员押解来京，听候审办。其游击蔡攀龙督率兵民奋勇杀贼，尚属可嘉；并着事竣后，给咨送部引见。此时各路官兵早已齐抵台湾，贼人望风胆落，势必纷纷逃窜；各口岸巡防堵缉，尤为最要。李侍尧于二月初二日经过杭州，计日内已可抵泉州；常青交印后，迅即前往台湾，遵节次所降谕旨妥协督办，总期迅速蒇事』。
十一日（己酉），谕军机大臣曰：『黄仕简虽系病后，但身为专阃大员，既抵台湾，理应亲身带兵剿贼，何得仅以派员前往了事；且彰化县城久经守备陈邦光收复，而该提督折内何以尚称令柴大纪前往收复彰化等处？任承恩由鹿仔港登岸，系在北路，即当知会黄仕简分路夹攻，办理方中■〈穴上疑下〉要；乃迄今月余，尚无进兵确信。看来伊二人竟各不相下，心存观望；此即朕于起事时，不欲令任承恩去之意，今竟不出所料。常青不可不迅渡台湾，督率办理。并着常青于到台湾后，即行秉公严查；如该提督等实有观望不前之处，即当据实严参，不可因已调任，意存回护、两可完事。再，任承恩似此迟延不奏，则该提督及副将徐鼎士前后奏「守风待渡」之说，亦恐不足信；并着常青一并据实查奏。如该督稍有瞻徇，将来经朕查出，即首领亦不能保；不可不慎也。至该督虽已调任湖广，但此事究系伊在闽浙任内之事；尤宜督同妥速办竣，方可将功补过。即李侍尧以现任闽浙总督驻札泉州，凡台湾剿捕等事亦应听常青就近调度，协同帮办，和衷共济。其各弁兵内如有因常青系别省总督，呼应不灵、致误机宜者，该督不妨按军法从事，使士卒咸知儆惕。现在带兵大员有总兵柴大纪、郝壮猷、普吉保三人，足以分路剿捕；着常青于抵台湾后留心察看，若黄仕简实系病体末愈，即留于彼处亦属无益，可令其回至厦门本任调养。又常青「审明贼伙正法」折内，称「刘实、林天球二犯据供并末伤人，惟携木棍随同附和」等语。此等叛贼岂可复以寻常附和而论；况该二犯业于审明后正法，折内又何必为之声说，致蹈办常案故套！着该督嗣后于拏获逆匪时，其首要各犯仍遵旨派员解京；其余各犯审明后，即一面正法、一面具奏，以净根株」。