月，气候即已炎热；所有各省派调兵丁难于在彼久驻。将来福康安办理善后事宜，固须酌留官兵数千以资弹压，此外兵丁为数甚多，留于该处亦属无用；自应陆续撤回，令其各归本处。着福康安于南、北两路一律肃清大功告蒇后，除台湾应留额兵外，应将素耐炎热之贵州、湖南二省兵丁内择其强壮得力者挑择数千，留彼弹压。其余如屯练兵最不耐炎热及伤残病废者，俱应先撤回；次则各省驻防满兵及浙江、两广、福建绿营兵丁，俱应次第令其渡回内地，各归原伍。庶随征出力兵丁既不至久留受热，以致不习水土，染患疾病；而福康安办理善后，有兵数千，亦尽足敷用』。
三十日（癸巳），谕：『贼匪起事之初，柴大纪于巡察彰化时若一闻信息即亲自带兵剿捕，无难实时扑灭。乃托称派兵，回至郡城；及闻彰化失陷，柴大纪仍观望迟徊，并不速往援救。直至数日，始带兵起程，复于离城三里地方即行驻札：致贼匪得以辗转蔓延，日肆鸱张。是柴大纪不但平日贪纵营私、废弛营伍，而且怯懦迁延，酿成巨案。现经朕面询押解台湾逆匪到京之侍卫额勒登保，据称：「逆匪攻扰嘉义时，俱系义民等出力守御，并非柴大纪之功；其不肯带兵出城一节，亦系义民等不肯将伊放出，柴大纪亦畏贼不敢出城」等语。额勒登保系在台湾带兵之员，所言更属确实；则柴大纪前奏「不忍将数万生灵尽委贼手，仍忍饥固守待援」之语，竟属捏词巧诈、全不足信，守城亦非其功。柴大纪既贪纵酿变于前，又复巧诈欺罔于后；种种劣迹，难以枚举。此而不加以惩治，又何以肃军纪而整官方！朕办理庶务从不豫存适莫之见，而信赏必罚乃用人行政大柄；况现值用兵之际，赏功罚罪，尤贵严明。如柴大纪前奏不肯带兵出城一节，朕以其勤苦出力，甚有良心；览其奏折之言，自属实情。初不为逆诈、不亿不信之见，而其种种捏饰之处，彼时亦尚未有人摘发；朕焉肯泯其劳绩不加之恩赏乎！所谓「君子可欺以其方」者此也。迨柴大纪贪劣各款迹节次败露，经李侍尧等逐款查明，俱已确凿有据；是以即将柴大纪革职拏问。至常青在闽浙总督任已及年余，且渡台湾后身为将军；近在府城，岂无闻见？乃于柴大纪劣迹并无一字奏及，实属辜恩；特将常青交福康安审讯。又，李侍尧原欲俟蒇功之日，给还伊原袭伯爵。乃此事经朕节次降旨询问，李侍尧知难隐饰，始行具折陈奏，似此有心徇隐，更为辜负重恩，李侍尧不应出此也；前已晋加宫衔、赏戴双眼花翎已为侥幸，岂可复膺懋赏。并着交部严加议处。琅玕并不自行陈奏，及降旨询问，始将风闻柴大纪各款具奏，亦难辞咎；着一并交部分别严加议处。朕于臣下功罪轻重，惟视其人之自取，初不稍存成见；虽不逆诈，不亿不信，实已先觉。其李侍尧续行参奏柴大纪各款，并着交福康安一并严审定拟具奏』。
是月，闽浙总督李侍尧奏：『闽省各营兵节次派赴台湾，本营不敷差防；随经陆续召募，共新兵二万名。今首逆就擒，军务克期告蒇，征兵即可归伍；如将新兵全汰，似觉过骤。然俟出一缺、方补一兵，又未免需时过久，仍属多糜粮饷。现在通饬各营如有额兵缺出，无庸另募，即以新兵拨补。其所募较少之营分，遇有缺出，即于所募较多之附近营内移拨；其不愿赴别营就伍者，准其辞退。又，上年调派随征兵内伤亡散失约数千名，所带余丁甚少，本不敷顶补；请于新兵内酌留五千名抵补。如补额无需此数，亦即递行减退』。得旨：『周到妥协』。又奏：『查闽省及各省调赴台湾征兵不下四万有余，今军务克期告蒇，酌留弹压之外，自应分起撤回。查前鹿仔港现存船三百余号，足敷配载；惟鹿耳门仅留船七十只，应再拨六十号前往候渡』。得旨：『妥当之极』！
--以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百九十七。
二月甲午朔，上御重华宫，召大学士及内廷翰林等茶宴，以平定台湾联句。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、领侍卫内大臣参赞公海兰察、成都将军参赞鄂辉奏：『贼首逃入内山，经臣等节次分派官兵堵截要隘，于正月初一日拏获假扮林爽文之赖达；据供林爽文自狮子头社痛剿后，即从打铁寮一带山沟内藏匿。当派官兵等由虾骨社、合欢社追捕，直至炭窑地方。查炭窑与南港仔山口相通，出山即系海岸；恐其潜向海口逃逸，复派各营官兵由后垄至中港、又自竹堑至桃仔园，沿山密布。臣等亦各分隘口，四面围截。又恐逆首惊惧自戕，不能生获；因拣巴图鲁侍卫二十员，贵州、广东、屯练兵数百名扮作民人，同淡水义民、差役及社丁、通事等分投搜缉。旋于初四日，在老衢崎地方，将逆首林爽文、贼目陈传、何有志、林琴、吴万宗、赖其垄等一同擒获。现在搜查余匪；并令入山各兵休息数日，即行统率大兵肃清南路。至县丞洪智陷贼拘禁，自刎两次，均被贼目将刀夺去，手上现有伤痕。但身系职官，究属偷生无耻；应请即行正法』。谕曰：『福康安等自鹿仔港进兵后，督率将弁奋勇攻剿，连次克捷；前于嘉义县破贼解围，业经降旨将福康安、海兰察晋封公爵，赏给红宝石顶、四团龙褂以示优奖。今逆首林爽文经福康安