瑞到后随同打仗能否自知罪戾、奋勇出力，抑仍系随众出力、应遵前旨令其回京之处，一并秉公据实具奏。福康安不可因系亲戚，稍为瞻徇』。
十五日（戊申），谕：『据李侍尧等奏：『台湾府属各厅、县本年应征兵榖及耗羡、庄租、杂税等项，请分作四年带征」等语。台湾自剿捕逆匪以来，节经降旨将乾隆五十二、三两年钱粮并嘉义县五十四年钱粮全行蠲免矣。今此项应征兵榖及耗羡、租税固应照例征收，以备供支；但念该处经贼匪滋扰后被难归庄之民未遑耕种、生理艰难，若仍分年带征，民力不无拮据。所有台湾各属本年应征兵榖十九万九百余石及耗羡、庄租、杂税银六万九千余两、粟一千八百余石，俱着加恩全行宽免，以副朕惠爱被难边黎、有加无已至意。该部即遵谕行』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务福康安、护军统领参赞海兰察、福州将军恒瑞、成都将军鄂辉奏：『自诸罗围解时贼匪逃入内山潜匿，随令海兰察等沿山搜查，贼匪遁入斗六门据守；大兵进攻，山径杂出，惟有探明路径，方可长驱直入。至恒瑞前次不敢轻进者，恐盐水港海口有失，所关匪细。自克复鹿仔草后招集义民五十余庄，以清后路；原拟剿抚兼施、连营前进，无如过于持重，转涉迟延，尚非有心畏葸。又，蔡攀龙在诸罗西门外札营，并无自诸罗杀出之事；臣面加询问，据称因系损失多兵，贼围仍不能解。惟有据实陈明，恳请革职。但观其人尚奋勉，可否酌留海坛镇总兵原任？查诸罗被围数月终未失陷者，实由众民一心奋勇，又略得饷银接济，方能保守；与昔日希波军营被围绝饷，景象迥不相同。柴大纪人本诡诈，甚染绿营习气，不可倚任，是以仍使伊屯驻诸罗；将来事竣入都，自难逃圣明洞鉴』。谕军机大臣等：『本日福康安奏称：贼匪经官兵屡次歼戮，穷蹙奔逃。若由海道窜逸，官兵乘船追捕，转不免稍需时日。如果逃入内山，该处俱系生番居住，若番众等畏其逼处，竟将贼首擒献，固属甚善；即或容其潜匿，不肯献出，亦可趁官兵全盛之势，直入内山分兵搜捕，即将助逆生番一并剿戮，亦非难事。福康安等务须迅速搜捕，将贼首设法生擒，勿令久匿稽诛为要。又据奏恒瑞带兵援应、途中观望各情节，以恒瑞过于持重，致涉迟延，总由不谙机宜，办理不能得手；所论甚公。至蔡攀龙前此应援入城，虽未能带兵出城剿杀贼目；但伊屡次与贼打仗奋勇出力，业已加恩擢用提督，其过尚可宽免。至所遗失兵丁，是否实系阵亡抑系逃散从贼之处？必当严切查究。若随征兵丁不顾主将、临阵逃散，此而不加以惩创，将来何以用兵！此内从贼之兵，其罪更甚于从贼之民。福康安于查办时，尤当严加区别，从重办理，不可稍存姑息之见』。
又谕：『据福康安奏称：「查明柴大纪、蔡攀龙各情节，请将普吉保调任台湾镇总兵」等语；所奏固是。但柴大纪究能保守嘉义，数月间屡经剿杀贼匪，曾经加恩封为伯爵、赏戴双眼花翎；即蔡攀龙亦因从前李侍尧称其领兵攻解嘉义县之围，曾经授为提督、赏给巴图鲁名号。今当进兵之际，遽将伊二人更调，殊觉未便！着暂留令其驻守，弹压官兵；并传谕李侍尧俟擒渠魁后，伊等任内果有卑陋情弊，再行查明补参治罪。至从前降旨：大功告竣，留蔡攀龙帮同常青办理善后事宜；今阅福康安所奏，蔡攀龙既属无能，彼时着即遣回。普吉保尚属干练，即着留彼处随同常青办理善后事宜』。
--以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百九十四。
十六日（己酉），谕曰：『台湾贼匪滋扰嘉义县城时，普吉保、恒瑞先后带兵前往援应，俱未能奋勇杀散贼匪、直抵县城，均难辞咎。但普吉保由鹿仔港进兵，收复笨港、移驻元长庄，并经屡次打仗杀贼，尚能自知奋勉。所有台湾镇总兵员缺，即着普吉保调补，以观后效；其所遗汀州镇总兵员缺，着福康安于军营出力副将各员内拣选一员，奏明候朕简放。至恒瑞在盐水港一味株守、毫无寸进，实属无能，难胜将军之任；着即来京候旨。至福州将军员缺，前曾有旨欲将鄂辉调补；因现在保宁已补授伊犁将军、李世杰仍补四川总督，该省地方紧要，且毗连西藏，统辖番夷，俱有应办事件，李世杰系属汉人、且年已老，恐办理公务精神不能周到，鄂辉在川有年，于该处事宜较为熟谙，将来台湾事竣后，应令仍回成都将军原任，以资驾轻就熟。至常青剿捕台湾逆匪，虽未能督率将弁，克期奏绩；但自驻守郡城以来，贼匪屡经攻扰，伊已年老，尚能临阵杀贼，将郡城保护无虞，并节次派拨弁兵援应嘉义，调度尚属有方。虽不宜复任总督，但伊从前曾任福州将军，熟悉该处情形，且以闽浙总督调补该处将军，呼应较灵，于办理一切善后事宜更为得力；所有福州将军员缺，即着常青补授。将来大功告成后，即留于台湾带同普吉保办理善后事宜。其湖广总督员缺，即着舒常补授；所有工部尚书员缺，着福长安补授』。
谕军机大臣曰：『孙士毅自办理调兵运饷诸务以来，俱能不分畛域，实心经理，甚属可嘉；俟大功告竣后，赏给世职，着先赏戴双眼花翎以示优眷。至昨据福康安奏柴大纪、蔡攀龙