船遭风各案摘要照会各国领事，其不候照覆即举兵入境与生番开仗各情形亦分次照会，令其公评曲直，并拟购买铁甲船、水雷及各项军火器械，均着照所议行。并准其将闽省存款移缓就急，酌量动用；如有不敷，即照所请暂借洋款，以应急需。调赴浙江之「伏波」等轮船，着沈葆桢迅速调回；直隶、江苏、广东沿海各口轮船应如何调拨之处？着沈葆桢等与李鸿章、李宗羲、张树声、瑞麟、张兆栋咨商妥办。前署台湾道黎兆棠，据沈葆桢奏称该员洞悉洋情；着瑞麟、张兆栋饬令即行起程赴闽，以资得力。所请设电线以通消息，亦着沈葆桢等迅速办理。该大臣此时计已起程前赴台湾，着即察看情形，妥速筹办；一面详悉具奏，用慰廑系。罗大春、潘霨到台湾后，沈葆桢即与该员等随时会商办理。该省防务，沈葆桢、文煜、李鹤年当统筹全局，妥为布置。另片奏「请派员稽查船政」等语；沈葆桢现在赴台，着文煜等传谕前陕西布政使林寿图前往船厂认真稽查，随时察看海口情形。如有紧要事宜，与文煜、李鹤年妥为备御，并着会衔具奏。将此由六百里密谕沈葆桢、瑞麟、李鸿章、文煜、李宗羲、李鹤年、张树声、张兆栋，并传谕潘霨知之』。
十一日（壬子），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「据报台湾近日情形」一折，日本已分三路进攻番社，生番逃散，遂将牡丹社等处焚烧，并欲攻龟仔角社；是其乘隙寻仇，意图深入，已可概见。若再不亟筹办法，则生番更遭荼毒，该国必愈肆欺陵。沈葆桢已与潘霨起程赴台，邀集各国领事，公评曲直：日本兴兵显背条约，固属理曲辞穷；若能就我范围，敛兵回国，自可消弭衅端。倘仍肆意妄为，悍然不顾，即当声罪致讨；不得迁就因循，转误事机，致将来办理愈形棘手。沈葆桢与潘霨当相度机宜，悉心筹办。应如何调拨官兵前往，藉壮声势之处？着会商文煜、李鹤年妥速布置，以维大局。本日有旨谕令王凯泰即行起程回任，毋庸来京陛见；该抚回任后，着李鹤年随时和衷商办，以期共济时艰。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之』。
又谕：『李鹤年奏「闽省海防紧要，请饬抚臣迅回本任」一折，福建巡抚王凯泰前经行抵苏州，因病奏请开缺，当经降旨赏假两个月，无庸开缺；现在闽省自日本违约兴师、占踞台湾牡丹社一带，该省海防关系紧要，着李宗羲、张树声即行传知该抚速行回任，以重地方。王凯泰于接奉此旨后，即日起程赴闽，毋庸来京陛见；不得俟假期届满，致有迟误。将此由五百里各谕令知之』。
二十五日（丙寅），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「到台日期、筹办大概情形，并番目吁乞归化，台、澎防兵拟另招精壮充补，请台湾课税等银拨充经费」各折片，沈葆桢、潘霨先后行抵台湾察看该处情形，沈葆桢给与日本西乡从道照会词义颇为严正；潘霨于本月初八日亲赴琅峤，面加诘问，彼族狡诈性成，中藏叵测，设防之事自属万不容缓。沈葆桢等拟于海口建筑炮台、安放巨炮，使不得停泊兵船；北路淡水等处派兵驻扎，由提督罗大春督率巡防，并另招劲勇、多备军火等事：所筹均是，即着该大臣等分别妥速办理。日本借口他国积年旧案违约称兵，曲直是非，中外共见。沈葆桢等务当与之极力理论，断不可任其妄为；倘该国悍然不顾，亦当示以兵威，不得稍涉迁就，致误事机。该国如何照覆，潘霨到琅峤后如何辩论情形？着随时详细奏闻，以慰廑系。生番本隶中国版图，朝廷一视同仁；迭谕该大臣等设法抚绥，不得视同化外，任其惨罹荼毒。现据各社番目吁乞归化，即着该大臣等酌度机宜，妥为收抚，联络声势，以固其心，俾不至为彼族所诱。台湾向用内地班兵，率皆疲弱；现在因时制宜，自不妨变通办理。沈葆桢等拟将班兵疲弱者撤令归伍，另招本地精壮充补，事平之后，察看情形再行酌办；即着照所议行。台湾盐课、关税、厘金等款，准其尽数截留，拨充海防经费，归台湾道衙门支销；不敷之款，着文煜、李鹏年筹拨接济，毋令缺乏。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之』。
二十六日（丁卯），谕内阁：『………署福建盐法道陆心源，前在广东高廉道任内，本系开缺送部引见之员，着即开署缺，仍遵前旨送部引见』。
二十七日（戊辰），谕军机大臣等：『文煜、李鹤年奏「筹办沿海各口防务」一折，马祖澳及白犬洋面已有日本铁甲船、木轮舟在彼游弋，并有孟春兵船自厦门测水直至中岐，意存恫喝；此时防务万难稍缓，自应严密布置，以备不虞。览文煜、李鹤年所奏筹防情形，半属空言，并无切实办法；当此事机紧要之际，若再掉以轻心，必致临时张惶，贻误大局。究竟福、厦各口何处最为扼要？现应如何设防？福宁、连江沿海一带作何准备？是否已臻周密？着文煜、李鹤年悉心筹划，立见施行；不得以含混一奏，遂为了事。沈葆桢现于淡水等处派兵驻扎，由罗大春督率巡防，责任綦重；仍当遵奉前旨，檄令即日赴台，以资得力。着文煜、李鹤年另派得力之员统兵驻扎厦门，并会商李新燕妥为筹布。近省情形，当随时知照沈葆桢、潘霨，以期声息互通。将