港、刘仲、黄番婆、陈连、江七、蔡恭、侯虎等分屯茅港尾、曾文溪等十二处，互相声援，渐逼府城；而彰化黄城、府城旧社贼林海、凤山贼许成各纠众响应，淫杀焚掠，全台大震。
十月二十日，陆路马提军济胜率兵由厦门渡鹿耳门登岸攻其南，窦镇军振彪由蚶江渡鹿港仔登岸攻其北，谢副将朝恩由五虎门渡八里坌防其入海，署闽督魏抚军元烺遣凤臬使来会，水师陈提军化成备兵厦门策应。诏以瑚将军松额为钦差大臣、哈都统郎阿为参赞大臣，率侍卫巴图鲁等驰驿赴军。程制军祖洛至，复征粤、浙两省兵会剿。十月二十八日，马提军兵抵台湾府城。二十九日，窦镇军兵入番仔坑登岸；贼众据茅港尾并力以拒。
初，黄城纠九庄贼围攻斗六久门守备马步衢力御之；贼退而复集。十一月初三日，贼大至，实草涂泥浆蔽以进，枪炮皆不能洞。护都司许荆山见事急，领兵破栅走。网民陈马等以步衢素勤明得士心，讽其去；步衢不听，与县丞方振声、署千总陈玉成矢死守。已而知不能御，令家属避贼。时惟步衢无亲随，而振声妻张氏、玉成妻唐氏皆愿殉难；振声有庶子纔五岁，乃命其母同一雇媪挈之，乘居民纷出杂沓，遂同匿蔗林。署中人争出走，方之客沈志勇考毅然独留，而志勇子联辉复愿与父同生死；于是，方之雇仆江承惠、曾大祥、邱新、许厨皆愿同死。马步衢等急草文书，预列诸殉难人姓名，加钤记，强陈继昌易服潜赴刘镇军处投递。部署甫毕，而贼已夺栅入。步衢等恐火药为贼所得，然之；欲自戕，皆以药少不死。持刀巷战，各刃数人，力竭为贼所执；十一人均遇害。而马步衢、方振声、张氏、唐氏四人均因忿激骂贼，被割鼻剜舌，其死为尤烈云。陈继昌逃出，投刘镇军达其文书。自团乡兵杀贼，获黄城逆党江宾、赖来，官兵后亦擒黄城，同至斗六门磔之。当贼围攻时，刘镇军侦知内地兵已至，募土人效贼装告急于马提军，促北路兵往援。以道梗辗转纡回，故十一人终及于难。
十一月初五日，马提军率兵抵茅港尾；贼来拒，败之。初八、初十两战，皆捷。十二日，贼复据铁线桥设险以拒。十八日，我兵分三道进战，夺其险；又追败之于湾里溪，溺死者无算。二十日，窦镇军自彰化入嘉义县城。时贼悉众南犯，呼噪动原野。马提军坚壁以待，觇贼渐疲，挥兵突出，用子母炮轰击；翼以鸟枪，连环进步，顺风掷火弹入贼阵。贼惊溃，自相跆藉；我兵乘之，擒斩甚众。夜半，复焚其新营埔各贼寮。次晨，分道进攻，贼望风披靡，斩馘不可胜计；余贼奔溃。贼首詹通着黄褂、佩伪印，众拥之疾走；官兵纵马追至安溪寮，适有乡兵截其前，遂擒之。贼既大败，无所得食，渐解散，或数十人、数百人窜伏内山。马提军移营盐水港，窦镇军亦引兵来会，遣将安抚店仔口各庄。于是，张丙各贼目均次第就擒。惟旧社、凤山贼尚合扰二喃沟等处，乃留窦镇军守嘉义、刘镇军守彰化，马提军仍领兵南下督谢副将等击林海、许成，斩之。北路兵亦获陈办：台湾平。
附论
嘉义之变，不旬日警报至粤，遣兵赴南澳防堵策应；羽书络绎，故得备其始末而为此记。然传闻庞□，必一事而两证之，取其同者；否则仍阙疑焉。如斗六门马、方诸君死事之烈，则以钦使会疏请恤之文彰着人口，故序次尤详。呜呼！忠孝义烈萃于一时，诸君素所树立可想矣。用能以大义相激发，各尽于伦纪之间，下至仆夫佣保皆以身殉为难能也。且仓皇之顷，草文书、缄封钤印，使诸人姓名不同泯于冷烟荒草，即以安其死难之心而毋或苟免者，处事精审不乱，一若平日，可谓从容就义者矣。
或谓嘉义为全台适中地，宜移郡城、处重兵以居中御外。昔林逆之乱，必欲陷之以通道南犯，故攻之最力。今贼既围城，则南北军报不相闻，非其明验欤？然此专就地势论之，而未筹夫缓急之际也。何也？台湾孤悬重洋之中，惟恃澎、厦诸岛为之声援；必郡城紧接鹿耳门，则诸岛之声息可通，内地之兵饷无阻。盖台湾门户，惟鹿耳门能通大舟。若嘉义四面平原，无险可扼，又距海口最远，缓急既不足恃，形势因之亦轻：则移置郡城，未可轻议也。
或又谓台湾宜防山而不必防海者，以土番为足患，且朱、林各逆多起于山也。然蔡骞、朱濆寇艇数百，一旦击□而来，攻城掠野；不又晓然于海之当防有更急于山者乎？
总之，台之召乱起于流民之多，流民之多由于土地之广。然地利有尽，来者无穷；昔患地广，今又患民稠矣。昔之乱，以贫而无教者多，今之乱，又以贫而无业者众矣。斯患也，岂独台郡为然哉！
市舶考
汉武帝既平南越、灭朝鲜，中国东南全际大海，通外区；舟航译使献见，贸易兴焉；于是，市舶自建元时始。市舶立官司，设结好使于广州，立交易纲首。自唐开元时始，禁私物奸人下海。自宋崇宁时始，禁贩易金银；自淳熙时始，禁铜钱下海；自端平时始，禁运米出粜。自元至元时始，年愈久、法愈密、弊亦愈深，于是禁下番船只，罢提举司；自至大时始，令番商止集舶所，不许入城，通番者有厉禁。